鸡热休克蛋白70基因克隆、单核苷酸多态性检测及生物信息学分析

中国畜牧兽医

鸡热休克蛋白70基因克隆、单核苷酸多态性检测及生物信息学分析

晁哲¹^,2，林哲敏^{1，刘海隆¹^,2，张星^{1^,2，郑心力^{1，黄丽丽¹，谢亮¹，王峰^1,2}}}

（1.海南省农业科学院畜牧兽医研究所，海南海口 571100；2.海南省热带动物繁育与疫病研究重点实验室，海南海口 571100）

收稿日期:2013-10-21 出版日期:2014-03-20 发布日期:2014-05-15
通讯作者: 王峰（1973—），男，海南人，学士，副研究员，研究方向：动物遗传育种。E-mail:wfeng73cn@sina.com
作者简介:晁哲（1984—），男，河南人，博士，助理研究员，研究方向：分子遗传学与动物育种。
基金资助:
海南省自然科学基金项目（311043、313099）；海南省科学事业费项目（琼财预［2013］131号）；现代农业产业技术体系专项资金项目（CARS-42）。

Cloning, Single Nucleotide Polymorphism and Bioinformatics Analysis of HSP70 Gene in Chicken

CHAO Zhe¹^,2, LIN Zhe-min¹, LIU Hai-long¹^,2, ZHANG Xing¹^,2, ZHENG Xin-li¹, HUANG Li-li¹,XIE Liang¹, WANG Feng¹^，2

(1. Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Hainan Academy of Agricultural Sciences, Haikou 571100, China；2. Hainan Key Laboratory of Tropical Animal Reproduction & Breeding and Epidemic Disease Research, Haikou 571100, China)

Received:2013-10-21 Online:2014-03-20 Published:2014-05-15

摘要/Abstract

摘要： 试验旨在克隆鸡热休克蛋白70（heat shock protein 70，HSP70）基因，获得基因序列并分析基因结构和相关遗传变异，检测单核苷酸多态性（SNP）位点在文昌鸡和北京油鸡群体中的分布。试验利用PCR扩增鸡HSP70基因组序列，通过克隆测序寻找基因中的突变位点。在鸡HSP70基因组中共发现3处突变位点，分别位于启动子区（T-564C）、5′非翻译区（A-68G）和编码区（A-1044G）。使用PCR-RFLP方法检测T-564C位点后发现，等位基因C在文昌鸡和北京油鸡中的基因频率分别为0.87和0.55。利用生物信息学分析发现，鸡HSP70基因启动子区域存在一些潜在的转录因子结合位点，如Sp1、AP-1、GATA-1、CREB、MZF1和HSF2等。

关键词: 鸡; 热休克蛋白70基因; 多态性; 生物信息学分析

Abstract: This study aimed to clone the heat shock protein 70 (HSP70) gene, analyze its structure, and reveal the distribution of SNP in Wenchang chicken and Beijing-You chicken. HSP70 gene was amplified by PCR. Then the gene mutation was identified by sequencing. Three mutations were detected in the HSP70 genomic fragment, one in the coding region (A-1044G) and two in the 5′regulatory region (T-564C, A-68G). PCR-RFLP was used to analyze the polymorphisms of T-564C locus in our experimental chicken populations. The frequency of C allele was 0.87 in Wenchang chicken, 0.55 in Beijing-You chicken. Bioinformatics analysis of the promoter region had revealed that some transcription factor Sp1, AP-1, GATA-1, CREB, MZF1 and HSF2 were represented in this region.

Key words: chicken; HSP70 gene; polymorphism; bioinformatics analysis

晁哲，林哲敏，刘海隆，张星，郑心力，黄丽丽，谢亮，王峰. 鸡热休克蛋白70基因克隆、单核苷酸多态性检测及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医.

CHAO Zhe, LIN Zhe-min, LIU Hai-long, ZHANG Xing, ZHENG Xin-li, HUANG Li-li,XIE Liang, WANG Feng. Cloning, Single Nucleotide Polymorphism and Bioinformatics Analysis of HSP70 Gene in Chicken[J]. .

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