猪H-FABP基因第2内含子SNPs分布及连锁不平衡遗传模式研究

›› 2011, Vol. 38 ›› Issue (1): 122-125.

猪H-FABP基因第2内含子SNPs分布及连锁不平衡遗传模式研究

王立刚，张龙超，赵克斌，颜华，王立贤

（中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，北京 100193）

收稿日期:1900-01-01 修回日期:1900-01-01 出版日期:2011-01-01 发布日期:2011-01-01
通讯作者: 王立贤

Nucleotide Variability and Linkage Disequilibrium Patterns at the Porcine H-FABP Gene

WANG Li-gang，ZHANG Long-chao，ZHAO Ke-bin，YAN Hua，WANG Li-xian

（Insititute of Animal Sciences，Chinese Academy of Agricultural Sciences, Beijing 100193，China）

Received:1900-01-01 Revised:1900-01-01 Online:2011-01-01 Published:2011-01-01
Contact: WANG Li-xian

摘要/Abstract

摘要： 本研究以藏猪、鄂西黑猪、大白猪、莱芜黑猪、北京黑猪、野猪、荣昌猪、八眉猪和里岔黑猪等国内外9个品种16头猪为研究对象，应用Primer Premier 5.0软件设计引物对心脏脂肪酸结合蛋白（heart fatty acid binding protein,H-FABP）基因第2内含子进行扩增测序后拼接，获得了长2078 bp的第2内含子全序列，发现了14个位点的SNPs；对所有突变进行Hudson-Kreitman-Aguade测验等遗传分布分析结果发现，西南型、高原型猪核酸分布值（π）、Tajima’s D测验值（DT）、Fu和Li’s D测验值（DFu and Li）分别为0.18％、-0.52和-0.30，华北型猪π、DT和DFu and Li分别为0.25％、0.76和0.72，培育和国外品种猪π值为0.29％；对所有类型的猪进行分析，其π、DT和DFu and Li分别为0.25％、-0.60和-0.17，在不同的猪种中各个位点的SNPs变异很大，对其进行构建进化树等一系列分析，得到相似结论，并最终推断出可能会影响肌内脂肪（intra muscular fat,IMF）含量的突变位点，为研究H-FABP与IMF的关系提供了理论基础。

关键词: 猪; H-FABP基因; 多态性; 肌内脂肪; 候选基因

Abstract: DNA resequencing of the H-FABP gene intron 2 in 16 pigs from 9 breeds which were Zang pig, Exi pig，Large White pig，Laiwu Black pig，Beijing Black pig, Wild pig, Rongchang pig, Bamei pig and Licha Black pig respectively revealed 14 polymorphisms in 2078 bp. Hudson-Kreitman-Aguade’s results showed that a nucleotide diversity(π) of south west type pigs, north type pigs, deloped and imported breeds and all breeds were 0.18％, 0.25％, 0.29％, 0.25%, respectively; the Tajima’s D value of south west type pigs, north type pigs and all breeds were -0.52, 0.76 and -0.60, respectively; the Fu and Li’s D value of south west type pigs, north type pigs and all breeds were -0.30, 0.72 and -0.17, respectively. This results indicated that the SNPs of H-FABP intron 2 were very polymorphic in different breeds, and also, the Neighbour-Joining trees of their haplotypes did not show a geographical arrangement for any of the genes, we inferred some loci which may infect intra muscular fat(IMF).

Key words: pig; H-FABP gene; polymorphism; IMF; candidate gene

中图分类号:

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