5个猪品种3个拷贝数变异区的多态性分析

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2016.03.025

›› 2016, Vol. 43 ›› Issue (3): 730-737.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2016.03.025

5个猪品种3个拷贝数变异区的多态性分析

黄世会¹, 冉雪琴¹, 王嘉福², 潘华¹, 李蓉蓉²

1. 贵州大学动物科学学院, 贵阳 550025;
2. 贵州大学农业生物工程研究院, 贵阳 550025

收稿日期:2015-11-17 出版日期:2016-03-20 发布日期:2016-03-30
通讯作者: 冉雪琴 E-mail:as.xqran@gzu.edu.cn
作者简介:黄世会(1989-),女,贵州独山人,硕士生,研究方向:动物生物化学与分子生物学,E-mail:2649804849@qq.com
基金资助:
国家高技术研究发展计划(863计划)课题(2013AA102503);贵州省农业科技攻关项目(黔科合NY[2013]3073号);贵州省科技创新人才团队建设专项(黔科合人才团队2009-4006);贵州大学"本科教学工程"项目(BKJX2012007)

Analysis on Polymorphisms of Three CNV Regions in Five Pig Breeds

HUANG Shi-hui¹, RAN Xue-qin¹, WANG Jia-fu², PAN Hua¹, LI Rong-rong²

1. College of Animal Science, Guizhou University, Guiyang 550025, China;
2. Institute of Agro-bioengineering, Guizhou University, Guiyang 550025, China

Received:2015-11-17 Online:2016-03-20 Published:2016-03-30

摘要/Abstract

摘要： 为了探究拷贝数变异(copy number variation,CNV)在不同猪品种间的多态性,本试验根据猪SNP60芯片检测结果,以大白猪、香猪、柯乐猪、糯谷猪、荣昌猪为主要研究对象,采用实时荧光定量PCR方法,对5个猪品种基因组中3个CNV区域(CNVR91、CNVR92和CNVR143)的拷贝数进行测定。结果显示,香猪的CNVR91以拷贝数缺失为主,其他4个猪品种的拷贝数以正常为主;香猪、大白猪、柯乐猪、荣昌猪的CNVR92以拷贝数缺失为主,糯谷猪以拷贝数正常为主;香猪和糯谷猪的CNVR143以拷贝数增加为主,其他3个猪品种以拷贝数正常为主。表明3个拷贝数变异区在5个猪品种之间具有多态性,可能通过剂量效应影响香猪、糯谷猪和柯乐猪等相关基因的表达和生理功能。

关键词: 拷贝数变异; 猪品种; 实时荧光定量PCR; 多态性

Abstract: The paper was aimed to investigate the polymorphism of copy number variation (CNV) in different pig breeds.Three CNV regions of CNVR91,CNVR92 and CNVR143 were chosen from the porcine SNP60 chip genotyping results.The polymorphisms of three CNVs were determined by Real-time quantitative PCR method,taking five pig breeds as samples,including Yorkshire pig,Xiang pig,Kele pig,Nuogu pig and Rongchang pig breeds.The results showed that the dominant status of CNVR91 was loss in Xiang pig,while it was normal in other four pig breeds.The major type of CNVR92 was deletion in Xiang pig,Yorkshire pig,Kele pig and Rongchang pig breeds,with a high normal percent in Nuogu pig.For CNVR143,the dominant event was gain in Xiang pig and Nuogu pig breeds,but it was not diverse in other three pig breeds.These results indicated that three CNV regions emerged with polymorphism in five pig breeds,which might have effects on gene expression in CNV regions and physiological function by dosage effect especially in Xiang pig,Nuogu pig and Kele pig breeds.

Key words: copy number variation; pig breeds; Real-time quantitative PCR; polymorphism

中图分类号:

S813.3

黄世会, 冉雪琴, 王嘉福, 潘华, 李蓉蓉. 5个猪品种3个拷贝数变异区的多态性分析[J]. , 2016, 43(3): 730-737.

HUANG Shi-hui, RAN Xue-qin, WANG Jia-fu, PAN Hua, LI Rong-rong. Analysis on Polymorphisms of Three CNV Regions in Five Pig Breeds[J]. , 2016, 43(3): 730-737.

参考文献

[1] Sebat J,Lakshmi B,Troge J,et al.Large-scale copy number polymorphism in the human genome[J].Science,2004,305(5683):525-528.
[2] 周学崖,张学工.基于拷贝数变异的遗传关联研究[J].科学通报,2011,56(6):370-382.
[3] 何阳花,俞英,张沅.拷贝数变异与疾病的关系及其在动物抗病育种中的应用前景[J].遗传,2008,30(11):1385-1391.
[4] Seo B Y,Park E W,Ahn S J,et al.An accuratemethod for quantifying and analyzing copy number variation in porcine KIT by an oligonucleotide ligationassay[J].BMC Genetics,2007,8:81.
[5] 何淑芳,冉雪琴,王嘉福.贵州地方猪品种毛色与KIT基因拷贝数之间的关联分析[J].中国畜牧兽医,2015,42(3):676-684.
[6] Wright D,Boije H,Meadows J R,et al.Copy number variation in intron 1 of SOX5 causes the pea-comb phenotype in chickens[J].PLoS Genet,2009,5(6):e1000512.
[7] Fontanesi L,Beretti F,Riggio V,et al.Copy number variation and missense mutations of theagouti signaling protein (ASIP) gene in goat breeds with different coat colors[J].Cytogenet Genome Res,2009,126(4):333-347.
[8] Schiavo G,Dolezal M A,Scotti E,et al.Copy number variants in Italian Large White pigs detected using high-density single nucleotide polymorphisms and their association with back fat thickness[J].Anim Genet,2014,45(5):745-749.
[9] 王继英,郭建凤,张大龙,等.拷贝数变异的研究方法及其在畜禽中的研究进展[J].农业生物技术学报,2013,21(4):464-474.
[10] Tu H J,Xu C J,Zhang W H,et al.GABA_B receptor activation protects neurons from apoptosis via IGF-1 receptor transactivation[J].J Neurosci,2010,30(2):749-759.
[11] Hamann J,Aust G,Arac D,et al.International Union of Basic and Clinical Pharmacology.XCIV.Adhesion G prottein-coupled receptors[J]. Pharmacol Rev,2015,67(2):338-367.
[12] Niaudet C,Hofmann J J,Mäe M A,et al.Gpr116 receptor regulates distinctive functions in pneumocytes and vascular endothelium[J].PLoS One,2015,10(9):e0137949.
[13] Nie T,Hui X Y,Gao X F,et al.Adipose tissue deletion of GPR116 impairs insulin sensitivity through modulation of adipose function[J]. FEBS Letters,2012,586(20):3618-3625.
[14] Schmidtke G,Aichem A,Groettrup M.FAT10ylation as a signal for proteasomal degradation[J]. Biochim Biophys Acta,2014,1843(1):97-102.
[15] Lukasiak S,Schiller C,Oehlschlaeger P,et al.Proinflammatory cytokines cause FAT10 upregulation in cancers of liver and colon[J]. Oncogene,2008,27(46):6068-6074.
[16] 申阳,邵江华,彭小刚,等.类泛素蛋白FAT10:一个具有抵抗心肌细胞凋亡作用的新分子[J].临床心血管病杂志,2014,30(5):447-450.
[17] Spinnenhirn V,Farhan H,Basler M,et al.The ubiquitin-like modifier FAT10 decorates autophagy-Targeted Salmonellaand contributes to Salmonella resistance in mice[J].Journal of Cell Science,2014,127(22):4883-4893.

5个猪品种3个拷贝数变异区的多态性分析

Analysis on Polymorphisms of Three CNV Regions in Five Pig Breeds

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价

[1]	王泽平, 王飞飞, 张芮铭, 付言峰, 赵为民, 戴超辉, 程金花, 廖超, 李辉. 苏紫猪SLA-1基因多态性及其抗病潜能分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1918-1927.
[2]	张蕊, 穆春宇, 汤青萍, 卜柱, 杨明军, 夏爱萍, 杨晓明. 鸽GnIH基因多态性及其与产蛋性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1412-1421.
[3]	李中波, 侯强红, 段德勇. 不同种群白纹伊蚊单倍型多态性、遗传分化及种系发育关系分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1452-1460.
[4]	谭元成, 罗华伦, 张依裕, 杨酸, 王盈童, 王春源. 白羽王鸽MyoG基因多态性及其与体尺和肉质性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1461-1471.
[5]	刘泽林, 杨娟, 许铭洙, 张年, 熊琪, 刘静波, 陶虎. 山羊ZBP1基因多态性及与产羔性能的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(1): 161-173.
[6]	龙安炬, 杨酸, 艾锦新, 翁吉梅, 张依裕, 蔡惠芬, 罗卫星. 黔北麻羊MC4R基因多态性及其与生长性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(1): 198-209.
[7]	徐昊祺, 许静漪, 胡丽蓉, 张帆, 罗汉鹏, 张海亮, 师睿, 李想, 刘林, 刘巧香, 郭刚, 王雅春. 中国荷斯坦牛PIK3CB基因多态性及其与繁殖和产奶性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(9): 3438-3452.
[8]	丁梦琴, 黑达西·巴哈提, 彭凤强, 胡雅丽, 沙尔山别克·阿不地力大. 拜城油鸡FSHR基因多态性及其与生产性能的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(8): 3044-3053.
[9]	周迪, 敖叶, 蒋桂荣, 赵忠海, 李俊, 杨蓉, 龚菲, 陈昌雪, 沈银, 李辉. 黔东南小香鸡MEF2C基因外显子多态性及其与体重、体尺性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(7): 2613-2621.
[10]	马彦茹, 于永生, 曹阳, 秦立红, 赵玉民, 吴健. 中国草原红牛PDK4基因多态性及其与肉质性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(6): 2186-2194.
[11]	柴志欣, 武志娟, 王吉坤, 张成福, 钟金城, 信金伟. CTGF、Gprin3基因多态性及其与牦牛体尺性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(6): 2216-2227.
[12]	麻宝艺, 盛陈艳, 刘宏莹, 马青霞, 汪婷婷, 李健明, 时坤, 杜锐, 冷雪. BVDV 1型和2型TaqMan双重实时荧光定量PCR检测方法的建立[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(6): 2326-2335.
[13]	阮涌, 陈祥, 代林刚, 黄家锦, 安冬伟, 邹启顺. F3代波杂山羊VNN1基因多态性及其与产羔数的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(4): 1384-1392.
[14]	张永浩, 肖逸, 郭丽君, 阿布都热合曼·吐尔逊, 王玉涛. 马可·波罗盘羊和5种家养绵羊MHC-DRB3基因第2外显子遗传多态性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(3): 962-972.
[15]	吕晓楠, 徐立蒲, 张文, 王娜, 曹欢, 王小亮, 王姝, 王静波. 感染鲤浮肿病毒镜鲤的组织病理变化及病毒分布规律研究[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(3): 1077-1084.