贵州半细毛羊ADAMTS1基因部分外显子多态性研究

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2015.01.027

›› 2015, Vol. 42 ›› Issue (1): 172-178.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2015.01.027

贵州半细毛羊ADAMTS1基因部分外显子多态性研究

张琼娣¹, 宋德荣¹, 刘若余², 彭华¹, 周大荣¹, 吴蕊汝¹, 吴萍¹

1. 毕节市畜牧兽医科学研究所, 毕节 551700;
2. 贵州大学动物科学学院, 贵阳 550025

收稿日期:2014-06-09 出版日期:2015-01-20 发布日期:2015-02-06
通讯作者: 周大荣 E-mail:mkszdr@126.com
作者简介:张琼娣(1970-), 女, 贵州毕节人, 硕士, 助理研究员, 研究方向:分子生物学与繁殖, E-mail:zqd_joan@126.com
基金资助:
国家现代农业产业技术体系专项资金(CARS-40-30、CARS-40-46);贵州省农业动植物育种专项(黔农育专字[2011]016号);毕节地区科技计划项目(毕科合字[2010]05号);贵州省科技厅、毕节地区行署、中科院昆明分院科技合作项目(省地院合2010-05);毕节试验区肉羊产业发展研究人才团队(毕人领办通[2013]7号)

Study on SNP for Part of ADAMTS1 Exons in Guizhou Semifine-wool Sheep

ZHANG Qiong-di¹, SONG De-rong¹, LIU Ruo-yu², PENG Hua¹, ZHOU Da-rong¹, WU Rui-ru¹, WU Ping¹

1. Institute of Animal Husbandry and Veterinary Science of Bijie City, Bijie 551700, China;
2. College of Animal Science, Guizhou University, Guiyang 550025, China

Received:2014-06-09 Online:2015-01-20 Published:2015-02-06

摘要/Abstract

摘要： 为探索ADAMTS1基因在绵羊繁殖中的作用,本研究以贵州半细毛羊为试验对象构建DNA池,分别设计引物扩增第1、2、5-7和9外显子,研究ADAMTS1基因的遗传多态性.结果显示,ADAMTS1基因第6外显子有1个SNP (A255C),第9外显子有4个SNPs (A127G、G243T、G303T、A401G).生物信息学分析表明,SNPs位点对ADAMTS1基因RNA二级结构和蛋白结构均有一定影响.ADAMTS1基因可能影响贵州半细毛羊的繁殖性状.

关键词: 贵州半细毛羊; ADAMTS1基因; 核苷酸; 遗传多态性

Abstract: In order to explore the role of ADAMTS1 gene in sheep breeding, in this study, Guizhou semifine-wool sheep were used to construct DNA pools.The complete sequences of the 1th, 2th, 5-7th and 9th exons and part of introns in ADAMTS1 were obtained by designing specific primers to study the genetic polymorphism of ADAMTS1 gene.The results showed that one SNP (A255C) was found in exon 6, and four (A127G, G243T, G303T, A401G) SNPs were found in exon 9. Bioinformatics analysis showed that the polymorphisms led to the changes of RNA secondary structure and protein structure.ADAMTS1 gene might affect reproductive performance of Guizhou semifine-wool sheep.

Key words: Guizhou semifine-wool sheep; ADAMTS1 gene; nucleotide; genetic polymorphisms

中图分类号:

S813.3

张琼娣, 宋德荣, 刘若余, 彭华, 周大荣, 吴蕊汝, 吴萍. 贵州半细毛羊ADAMTS1基因部分外显子多态性研究[J]. , 2015, 42(1): 172-178.

ZHANG Qiong-di, SONG De-rong, LIU Ruo-yu, PENG Hua, ZHOU Da-rong, WU Rui-ru, WU Ping. Study on SNP for Part of ADAMTS1 Exons in Guizhou Semifine-wool Sheep[J]. , 2015, 42(1): 172-178.

参考文献

[1] 陈荣,雷莉萍.贵州半细毛羊几个性状的观察分析[J].贵州农业科学,1992,1:34-35.
[2] 李丽娟,申小云.贵州半细毛羊的培育历程与养殖现状[J].贵州农业科学,2010,38(11):182-184.
[3] 刘江,吴延庆.ADAMTS1与血管损伤关系的研究进展[J].南昌大学学报(医学版),2011,51(2):99-101.
[4] 申锷,陈瑞珍,杨英珍, 等.ADAMTS1的基础研究与临床意义[J].国际病理科学与临床杂志,2006,26(1):29-31.
[5] 向春和,贺小东,赵志超,等. ADAMTS-1基因多态性与母猪产仔数的关系[J].安徽农业科学,2011,39(1):275-276.
[6] Russell D L,Ochsner S A,Hsieh M,et al.Regulated expression and localization of versican in the rodent ovary[J].Endocrinology,2003,144:1020-1031.
[7] Lee N V,Sato M,Annis D S,et al.ADAMTS1 mediates the release of antiangiogenic polypeptides from TSP1 and 2[J].The EMBO Journal,2006,25:5270-5283.
[8] Lee N V,Rodriguez-Manzanegue J C,Thai S N,et al.Fibullin-1 acts as a cofactor for the matrix metalloprotease ADAMTS1 [J].Journal of Biological Chemistry,2005,41:34796-34803.
[9] Thai S N,Iruela-Arispe M L.Expression of ADAMTS1 during murine development[J].Mechanisms of Development,2002,115:181-185.
[10] 郜军伟.猪NCOA1基因和ADAMTS1基因多态性及其与繁殖性状相关性分析[M].保定:河北农业大学,2012.
[11] Iliescu R,Fernandez S R,Kelsen S,et al.Role of renal microcirculation in experimental renovascular disease[J].Nephrol Dial Transplant,2010,25(2):1079-1087.
[12] Lind T,Birch M A,Mckie N.Purification of an insect derived recombinant human ADAMTS-1 reveals novel gelatin (type Ⅰ collagen) degrading activities[J].Molecular and Cellular Biochemistry,2006,281(1):95-102.
[13] Yung Y,Maman E,Konopnicki S,et al.ADAMTS-1:A new human ovulatory gene and a cumulus marker for fertileization capacity[J]. Mol Cell Endocrinol,2010,328(1-2):104-108.
[14] 徐珊珊.猪排卵率候选基因ADAMTS1基因的遗传效应分析[D].武汉:华中农业大学,2008.
[15] 乐凯.猪ADAMTS1基因的克隆、定位、表达规律、遗传效应和调控机理的研究[D].武汉:华中农业大学,2008.
[16] 何小龙,刘永斌,王峰,等.蒙古羊卵巢组织差异表达基因ADAMTS1的电子克隆及RT-PCR验证[J].华北农学报,2010,25(3):47-51.
[17] 李敬瑞,丁远华,向程举,等.猪DAZ基因的DNA池测序分析[J].中国畜牧兽医,2011,38(8):60-62.
[18] 崔建勋,杜红丽,张细权.利用 DNA 池和测序技术快速筛查SNPs及估算基因频率[J].遗传学报,2005,32(4):372-377.
[19] 谢海强,杨永强,孙岩岩,等.贵州白山羊和黔北麻羊TFAM基因部分外显子多态性研究[J].广东农业科学,2013,40(16):138-140.
[20] Russell D L,Ochsner S A,Hsieh M,et al.Regulated expression and localization of versican in the rodent ovary[J].Endocrinology,2003,144:1020-1031.
[21] Sham P,Bader J S,Craig I,et al.DNA pooling:A tool for large-scale association studies[J].Nature Reviews Genetics,2002,3(11):862-871.

贵州半细毛羊ADAMTS1基因部分外显子多态性研究

Study on SNP for Part of ADAMTS1 Exons in Guizhou Semifine-wool Sheep

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价

[1]	张蕊, 穆春宇, 汤青萍, 卜柱, 杨明军, 夏爱萍, 杨晓明. 鸽GnIH基因多态性及其与产蛋性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1412-1421.
[2]	韩大勇, 周春宝, 倪黎纲, 陈章言, 赵锦明. 苏姜猪mtDNA D-loop序列的遗传多样性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1472-1479.
[3]	龙安炬, 杨酸, 艾锦新, 翁吉梅, 张依裕, 蔡惠芬, 罗卫星. 黔北麻羊MC4R基因多态性及其与生长性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(1): 198-209.
[4]	徐昊祺, 许静漪, 胡丽蓉, 张帆, 罗汉鹏, 张海亮, 师睿, 李想, 刘林, 刘巧香, 郭刚, 王雅春. 中国荷斯坦牛PIK3CB基因多态性及其与繁殖和产奶性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(9): 3438-3452.
[5]	阮涌, 陈祥, 代林刚, 黄家锦, 安冬伟, 邹启顺. F3代波杂山羊VNN1基因多态性及其与产羔数的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(4): 1384-1392.
[6]	张永浩, 肖逸, 郭丽君, 阿布都热合曼·吐尔逊, 王玉涛. 马可·波罗盘羊和5种家养绵羊MHC-DRB3基因第2外显子遗传多态性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(3): 962-972.
[7]	李明明, 吴庆伟, 邓玉婷, 靳生伟, 贺娜, 张军霞. 藏羊BMPRⅡ基因多态性及其单倍型与产羔性状相关分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(2): 587-597.
[8]	赵玉强, 陈鑫, 李清春, 马继林, 董银河, 汪德明, 郭凌云, 黄涛. 大白猪ENO3基因多态性及其与生长性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(1): 188-196.
[9]	朴政玉, 夏广军, 严昌国, 冯健. 延边黄牛SCD1基因多态性及其与经济性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2019, 46(9): 2642-2650.
[10]	王思伟, 王学清, 王昆. 中国不同牛种DGAT1基因遗传多样性及经济性状关联分析研究进展[J]. 《中国畜牧兽医》, 2019, 46(3): 808-817.
[11]	王旭平, 杨胜林, 柳诚刚, 陆曼, 杨汝才, 谭斌, 周美迪, 王达娜, 李潇蒙. 番鸭下丘脑组织的RNA-Seq特征分析[J]. 《中国畜牧兽医》, 2018, 45(3): 604-611.
[12]	胡伟, 李明丽, 张燕林, 严达伟, 李中昌, 董新星, 计春律, 兰国湘, 潘玉春, 鲁绍雄. 长白猪prepro-orexin基因多态性及其与采食和生长性状的关联分析[J]. 《中国畜牧兽医》, 2018, 45(3): 712-720.
[13]	岳静伟, 郭红洲, 周伟伟, 刘欣, 王立刚, 高红梅, 侯欣华, 张跃博, 颜华, 魏霞, 张龙超, 王立贤. TGFβ3基因多态位点及其与猪脊椎数性状的关联分析[J]. 《中国畜牧兽医》, 2018, 45(3): 738-744.
[14]	霍自双, 刘宗岳, 岳志刚, 杜智恒, 丛波, 刘琳玲, 杨福合, 孙余卓, 白秀娟. 红眼白水貂FSHβ和NCOA1基因多态性及其与繁殖性状的相关分析[J]. 《中国畜牧兽医》, 2018, 45(2): 429-438.
[15]	杨广礼, 付冬丽, 郎侠, 王玉涛, 王乾坤, 罗玉柱. 中国地方绵羊群体TYRP1基因遗传变异研究[J]. 《中国畜牧兽医》, 2018, 45(10): 2772-2786.