牛病毒性腹泻病毒BVDV-JL分离株全基因序列测定与分析

›› 2014, Vol. 41 ›› Issue (10): 23-27.

牛病毒性腹泻病毒BVDV-JL分离株全基因序列测定与分析

张淑琴, 谭斌, 王凤雪, 程世鹏

中国农业科学院特产研究所, 特种经济动物分子生物学重点实验室, 吉林长春 130112

收稿日期:2014-05-22 出版日期:2014-10-20 发布日期:2014-10-29
通讯作者: 程世鹏
作者简介:张淑琴(1978－),女,内蒙古人,博士,研究方向:动物病毒和生物制品研究。
基金资助:
中央级公益性科研院所基本科研业务费(00320-14016)

Complete Genome Sequence Analysis of Bovine Viral Diarrhea Virus BVDV-JL in China

ZHANG Shu-qin, TAN Bin, WANG Feng-xue, CHENG Shi-peng

State Key Laboratory for Molecular Biology of Special Economic Animals, Institute of Special Economic Animal and Plant, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Changchun 130112, China

Received:2014-05-22 Online:2014-10-20 Published:2014-10-29

摘要/Abstract

摘要： 为了解中国农业科学院特产研究所分子生物学重点实验室前期分离的牛病毒性腹泻病毒BVDV-JL毒株完整的基因序列信息,本试验对BVDV-JL F6代毒株进行了完整基因序列测定。利用反转录—聚合酶链式反应(RT-PCR)方法分段扩增了BVDV-JL分离毒株的7段cDNA片段,分别克隆于pMD18-T载体并进行测序。BVDV-JL株基因组序列全长为12276 bp,编码3901个氨基酸。基因组两端为非编码区5'UTR和3'UTR。基因比对及进化树分析结果表明BVDV-JL与BVDV CP7同源性最高,核苷酸同源性为93.2%,归类于BVDV-1b2基因亚型。BVDV-JL是第1个在中国报道的BVDV-1b2亚型毒株。了解BVDV-JL完整基因序列有利于中国BVDV流行病学调查。

关键词: 牛病毒性腹泻病毒; 全基因组; 进化树

Abstract: The bovine viral diarrhea virus (BVDV) JL strain was isolated from a cattle showing clinical diarrhea signs in Jilin province. In order to analyze the complete genome of BVDV-JL,7 fragments of BVDV-JL were amplified by RT-PCR and cloned into pMD18-T vector then sent for sequencing by commercial serves. Complete genome of the virus was 12276 bp in length and contains a 5'UTR,one open reading frame encoding a polyprotein of 3901 amino acids and a 3'UTR. The results of genomic comparison and phylogenetic analysis showed that BVDV-JL fell into BVDV-1b2 subtype and was most similar to CP7,the nucleotide was 93.2%. BVDV-JL was the first reported BVDV-1b2 strains,BVDV-JL complete genomic sequences enriched the available genomic sequences and it would be benefit to epidemiological surveys of BVDV detected in China.

Key words: bovine viral diarrhea virus; complete genome; phylogeny

中图分类号:

S852.65

张淑琴, 谭斌, 王凤雪, 程世鹏. 牛病毒性腹泻病毒BVDV-JL分离株全基因序列测定与分析[J]. , 2014, 41(10): 23-27.

ZHANG Shu-qin, TAN Bin, WANG Feng-xue, CHENG Shi-peng. Complete Genome Sequence Analysis of Bovine Viral Diarrhea Virus BVDV-JL in China[J]. , 2014, 41(10): 23-27.

参考文献

1 刘华,付培芬,李岩,等. 牛病毒性腹泻病毒基因Ⅱ型HLJ-10分离株全基因组克隆及其序列特征分析[J]. 中国预防兽医学报,2012,34(1):24~27.
2 张淑琴,郭利,武华,等. 牛病毒性腹泻病毒BVDV-JL株的分离鉴定[J]. 中国预防兽医学报,2011,33(3):181~184.
3 张淑琴,郭利,武华,等. 牛病毒性腹泻弱毒活疫苗免疫持续期的研究[J]. 中国畜牧兽医,2012,39(6):231~234.
4 李佑民,刘振润,武银莲,等. 牛病毒性腹泻—粘膜病病毒株(长春184) 的分离与鉴定[J]. 中国人民解放军兽医大学学报,1983,3(2):113~121.
5 Bolin S,Ridpath J. Prevalence of bovine viral diarrhea virus genotypes and antibody against those viral genotypes in fetal bovine serum[J]. J Vet Diagn Invest,1998,10:135~139.
6 Deng Y,Sun C,Cao S,et al.High prevalence of bovine viral diarrhea virus 1 in Chinese swine herds[J]. Vet Microbiol,2012,159:490~493.
7 Gao S,Luo J,Du J,et al.Serological and molecular evidence for natural infection of Bactrian camels with multiple subgenotypes of bovine viral diarrhea virus in Western China[J]. Vet Microbiol,2013a,163:172~176.
8 Gao S,Shao J,Du J,et al.Characterization of a bovine viral diarrhea virus originated from cattle in Gansu province,China[J]. Virus Genes,2013b,47(1):178~180.
9 Goyal S,Ridpath J. Bovine viral diarrhea virus diagnosis,management,and control[M]. USA:Blackwell Publishing,2005.
10 Liu L,Kampa J,Belak S,et al.Virus recovery and full-length sequence analysis of atypical bovine pestivirus Th/04_KhonKaen[J]. Veterinary Microbiology,2009,138:62~68.
11 Jackova A,Novackova M,Pelletier C,et al.The extended genetic diversity of BVDV-1:Typing of BVDV isolates from France[J]. Vet Res Commun,2008,32:7~11.
12 Ridpath J,Bolin S. Differentiation of types 1a,1b and 2 bovine viral diarrhoea virus (BVDV) by PCR[J]. Molecular and Cellular Probes,1998,12:101~106.
13 Xue F,Zhu Y,LiJ,et al.Genotyping of bovine viral diarrhea viruses from cattle in China between 2005 and 2008[J]. Vet Microbiol,2010,143:379~383.

[1]	余大新, 刘文静, 刘大鹏, 刘同, 张鹤, 盖凯, 李姝楠, 张贝贝, 侯水生, 周正奎. 鸭胸肌矿物元素含量全基因组关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1287-1295.
[2]	王乐平, 潘艳, 谭奕舟, 李磊, 韩凯欧, 曹雅洁, 李军, 周雨晴, 廖玉英, 马东鑫, 龚俞, 彭昊, 王晓晔. 1株大肠杆菌噬菌体vB_EcoP_GN07的分离鉴定及全基因组分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1522-1531.
[3]	李翠函, 曲志娜, 高玉斌, 李彦, 王娟, 段笑笑, 王琳, 张喜悦, 赵格, 黄秀梅, 赵建梅, 张青青, 王君玮, 黄保续, 刘俊辉. 三类禽源碳青霉烯类耐药大肠杆菌流行病学调查及全基因组测序分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1653-1662.
[4]	黄巧辰, 廖彬如, 余春燕, 莫玉鹏, 黄炜乾, 李磊, 韩凯欧, 王乐平, 李珣, 王晓晔. 1株大肠杆菌噬菌体EP_H11的分离鉴定及生物学特性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1684-1694.
[5]	刘可欣, 王超, 张傲, 刘佳利, 谭斌, 张淑琴. 牛病毒性腹泻病毒LN-1株的分离鉴定及基因组序列分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 1150-1159.
[6]	赵逢淼, 郭婷, 周雅坪, 赵红梅, 王宇琛, 田广原, 孙雅婕, 卞宇晨, 于佳梁, 郝永清. 牛病毒性腹泻病毒对新西兰白兔致病性分析及E2蛋白免疫效果的评价[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(9): 3549-3558.
[7]	邵百卉, 姜东君, 谢艺萌, 刘思雨, 邵子益, 张泽财, 计红, 朱战波. 青蒿素与牛病毒性腹泻病毒NS5B蛋白的分子对接预测及其抗病毒作用[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(9): 3581-3588.
[8]	王炜, 韩慧慧, 丁乃峥, 何成强. 牛病毒性腹泻病毒E0蛋白的原核表达及多克隆抗体制备[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(8): 3131-3139.
[9]	翟新国, 郑培培, 苏金辉, 李庆阳, 焦贺静, 张若冰, 李朋辉. 猪流行性腹泻病毒HB/HEBEU/2020株全基因组遗传变异与重组分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(8): 3140-3150.
[10]	王慧慧, 冯茜莉, 蒲飞洋, 李易聪, 汪梦竹, 周小凯, 赵泽阳, 马忠仁, 李倬, 马晓霞. 牦牛源BVDV非结构蛋白NS5A的原核表达及抗原表位分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(8): 3180-3189.
[11]	周雨晴, 马东鑫, 吴洁, 王晓晔. 宽谱大肠杆菌O157∶H7 CVCC4050噬菌体vB_EcoM_GXBP08的分离鉴定及特性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(7): 2735-2745.
[12]	任杰, 林泠, 汤德元, 曾智勇, 王彬, 禹光美, 郑如雯, 吴道义, 黄涛. 牛病毒性腹泻病毒E0-E2基因融合腺病毒的构建及小鼠免疫效果评价[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(6): 2056-2063.
[13]	麻宝艺, 盛陈艳, 刘宏莹, 马青霞, 汪婷婷, 李健明, 时坤, 杜锐, 冷雪. BVDV 1型和2型TaqMan双重实时荧光定量PCR检测方法的建立[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(6): 2326-2335.
[14]	何金明, 孙智禹, 刘玉玲, 徐凯, 牛庆生. 新疆黑蜂基因组选择信号分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(5): 1786-1795.
[15]	姜宏正, 杨德智, 马中华, 荀文娟, 施力光, 侯冠彧. 儋州鸡体尺性状全基因组关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(2): 598-607.