绵羊DECR1基因exon 5部分序列多态性分

›› 2010, Vol. 37 ›› Issue (11): 132-135.

绵羊DECR1基因exon 5部分序列多态性分

刘冬1，刘桂林2

(1.山西农业大学文理学院，太谷 030801；2.山西农业大学动物科技学院，太谷 030801)

收稿日期:1900-01-01 修回日期:1900-01-01 出版日期:2010-11-20 发布日期:2010-11-20
通讯作者: 刘桂林

Polymorphism Analysis of Exon5 of 2,4-dienoyl-CoA Reductase1 Gene in Sheep

LIU Dong1，LIU Gui-lin2

(1.College of Arts and Science，Shanxi Agricultural University，Taigu 030801，China；2.College of Animal Science and Veterinary Medicine，Shanxi Agricultural University，Taigu 030801，China)

Received:1900-01-01 Revised:1900-01-01 Online:2010-11-20 Published:2010-11-20

摘要/Abstract

摘要： 试验根据GenBank登录的牛2,4-双烯-CoA还原酶1（2,4-dienoyl-CoA reductase1，DECR1）基因序列（NP_001068891）设计引物，应用PCR技术对德国美利奴绵羊、杜泊绵羊、特克塞尔绵羊DECR1基因的exon 5部分序列进行克隆测序；利用PCR-SSCP技术检测了3个绵羊群体exon 5单链构象多态性（SNP），所获序列与GenBank中其他物种exon 5序列进行了同源性比较，并构建了亲缘关系聚类分析图。结果表明，绵羊DECR1基因exon 5长为137 bp，3个绵羊群体中exon 5均不存在SNPs，各种动物之间DECR1基因exon 5的同源性较高，在81.02%（鸡）～97.08%（牛）之间，其中绵羊和牛同源性最高，达到97.08%；与鸡的同源性最低，为81.02%；聚类分析结果显示，绵羊首先与牛聚为一类，再分别与兔子、狗聚为一类，最后分别与人、猪聚为一类，绵羊与牛的亲缘关系最近，与鸡的亲缘关系最远，与传统分类相一致，说明DECR1基因exon 5在动物进化过程中高度保守。

关键词: 绵羊; DECR1基因; exon 5; 序列; SNP

Abstract: According to exon 5 sequences published by GenBank of 2, 4-dienoyl-CoA reductase 1(DECR1) gene of bovine（NP_001068891）, one pair primer was designed to amplifiy exon 5 of DECR1 gene by using PCR technique for three sheep populations including of German MuttanMerino sheep, Dorper sheep and Texel sheep, the single nucleotide polymorphism of three sheep populations were detected by PCR-SSCP, and compared and analyzed with other species of chicken, rat, sheep, pig, human, bovine, rabbit, dog from GenBank. The results showed that the size of DECR1 gene exon 5 was 137 bp, SNPs was not found in exon 5 of DECR1 gene by PCR-SSCP. By means of sequence homology aligment between sequence of exon 5 of sheep DECR1 gene and others species, the results showed that homology of different species DECR1 gene was 81.02% to -97.08%, the highest similarity was 97.08％ between sheep and bovine. The molecular phylogenetic tree constructed by DECR1 gene exon 5 sequences showed that sheep clustered with bovine firstly，and secondly with rabbit and dog, and then human and pig. This results indicated that sheep had the most nearest relative relationship with bovine, but the far-thest with chicken. It was consistent with the orthodox taxonomic results, and DECR1 gene was very conservative in the progress of animal evolution

Key words: sheep; DECR1 gene; exon5; sequence; SNP

中图分类号:

Q753

刘冬;刘桂林. 绵羊DECR1基因exon 5部分序列多态性分[J]. , 2010, 37(11): 132-135.

LIU Dong;LIU Gui-lin. Polymorphism Analysis of Exon5 of 2,4-dienoyl-CoA Reductase1 Gene in Sheep[J]. , 2010, 37(11): 132-135.

[1]	杨初蕾, 李星瑶, 张译元, 唐红, 郭延华, 王立民, 周平. 绵羊骨形态发生蛋白受体-1B基因研究进展[J]. 中国畜牧兽医, 2024, 51(2): 649-658.
[2]	王永飞, 邓博文, 刘晓艳, 哈尔勒哈·阿曼太, 郭嘉栋, 周正国, 蔡江, 李有文. 绵羊肺炎支原体EF-Tu蛋白的原核表达及多克隆抗体制备[J]. 中国畜牧兽医, 2024, 51(2): 689-699.
[3]	窦俊峰, 汪最, 李丽, 卢琴, 金鑫鑫, 凌小淳, 罗青平, 翟新国. A、B、J亚群禽白血病病毒混合感染的鉴定及gp85基因序列分析[J]. 中国畜牧兽医, 2024, 51(1): 302-311.
[4]	宋祥彬, 赵晓雨, 李传溥, 门晓冬, 梁萌, 魏秀丽, 李有志, 杨志昆, 张德琛, 郭玉秋, 汤文利. 山东省禽源产超广谱β-内酰胺酶大肠杆菌的分子流行病学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2024, 51(1): 407-416.
[5]	乐云峰, 黄卫平, 刘敏, 金素钰, 黄林, 郑玉才. 基于线粒体Cytb基因的凉山黑绵羊群体遗传多样性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(9): 3671-3679.
[6]	李晓杰, 韩建刚, 梁奔梦, 叶绍辉, 蒋琳, 马月辉. 绵羊重要经济性状可用遗传标记研究进展[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(8): 3142-3156.
[7]	孙丽侠, 卢曾奎, 袁超, 张丹, 刘建斌. ROH及其在绵羊遗传育种中的应用研究进展[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(8): 3258-3266.
[8]	肖璐, 于吉锋, 罗燕, 谢晶, 叶勇刚, 吴学婧, 毛从剑, 李兴玉, 曹冶, 林毅, 潘梦, 叶健强, 魏勇, 康润敏. Kozak序列引导的表达兔出血症病毒2型VP60蛋白重组腺病毒的构建及鉴定[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(8): 3336-3344.
[9]	仇亚伟, 季辉, 彭麟, 江善祥, 高修歌. 超高效液相色谱-串联质谱法检测绵羊组织中地昔尼尔残留的方法学研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(8): 3403-3412.
[10]	晏航, 郝文, 王成倩, 王惠娥. 绵羊超数排卵卵巢差异表达基因及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(7): 2740-2754.
[11]	陶毛孩, 孟科, 荣轩, 强浩, 聂玮, 郭晨浩, 冯登侦. 绵羊MSTN基因多态性及其与肉质性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(7): 2766-2776.
[12]	王赛桥, 赵路, 翟振翰, 张丙雷, 贾万航, 王玉琴. 绵羊miR-449a/b前体序列组织表达及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2175-2184.
[13]	刘锦钰, 张杨, 马旭梅, 周千, 周扬, 张春香, 石磊, 任有蛇. 谷胱甘肽对绵羊精液低温保存效果的影响[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2388-2394.
[14]	李佳富, 莫小兵. 多杀性巴氏杆菌CRISPR-Cas系统生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1742-1753.
[15]	李翠函, 曲志娜, 高玉斌, 李彦, 王娟, 段笑笑, 王琳, 张喜悦, 赵格, 黄秀梅, 赵建梅, 张青青, 王君玮, 黄保续, 刘俊辉. 三类禽源碳青霉烯类耐药大肠杆菌流行病学调查及全基因组测序分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1653-1662.