麦洼牦牛基因组三碱基重复微卫星的挖掘及其遗传多态性分析

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.05.026

《中国畜牧兽医》 ›› 2017, Vol. 44 ›› Issue (5): 1438-1445.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.05.026

麦洼牦牛基因组三碱基重复微卫星的挖掘及其遗传多态性分析

罗辉, 赵芳芳, 孙磊, 伍仕鑫, 徐传飞, 蔡欣

西南科技大学生命科学与工程学院, 绵阳 621010

收稿日期:2017-01-16 出版日期:2017-05-20 发布日期:2017-05-18
通讯作者: 蔡欣 E-mail:caixin2323@126.com
作者简介:罗辉(1994-),男,四川大竹人,本科,研究方向:动物分子遗传学,E-mail:228847150@qq.com
基金资助:
中国博士后科学基金资助项目（20090461336）；中国博士后科学基金特别资助项目（201003703）

Screening the Polymorphic Tri-nucleotide Repeat Microsatellites from the Genome of Maiwa Yak and Their Genetic Diversity Analysis

LUO Hui, ZHAO Fang-fang, SUN Lei, WU Shi-xin, XU Chuan-fei, CAI Xin

School of Life Science and Engineering, Southwest University of Science and Technology, Mianyang 621010, China

Received:2017-01-16 Online:2017-05-20 Published:2017-05-18

摘要/Abstract

摘要：

为了解麦洼牦牛现有群体的遗传多样性及种群遗传分化特征，试验通过生物信息学方法从已公布的牦牛基因组中筛选到9 466个三碱基重复微卫星位点，以191个麦洼牦牛基因组DNA样品为模板对各个位点进行PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳基因分型。经过哈迪-温伯格平衡检验，在15个三碱基微卫星位点中，有5个位点偏离哈迪-温伯格平衡（P<0.05）。15个微卫星位点均为高度多态性（PIC>0.5），群体平均观测杂合度（Ho）、平均期望杂合度（He）和平均多态信息含量（PIC）分别达到0.5041、0.8152和0.7831。进一步通过Structure 3.0软件分析发现，麦洼牦牛群体结构单一，无分化特征，表明麦洼牦牛品种虽然具有较高的遗传多态性但是无分化迹象。

关键词: 麦洼牦牛; 三碱基; 微卫星位点; 遗传多态性

Abstract:

In order to study the genetic diversity and differentiation characteristics of the existing population of Maiwa yak and provide a theoretical basis for utilization in the future, a total of 9 466 tri-nucleotide repeats microsatellites loci were screened based on the release of genome of yaks by bioinformatics method. The tri-nucleotide repeats microsatellites were amplified by PCR using the genomic DNA of 191 Maiwa yaks as templates,and the polymorphic microsatellite loci were genotyped through polyacrylamide electrophoresis experiment. After the Hardy-Weinberg equilibrium test, 5 tri-nucleotide microsatellite loci were deviated from the Hardy-Weinberg equilibrium (P <0.05). 15 microsatellite loci were highly polymorphic (PIC >0.5), the mean observed heterozygosity (Ho),mean expected heterozygosity(He) and mean polymorphic information content(PIC) were 0.5041,0.8152 and 0.7831,respectively. Maiwa yak population exhibited no characteristics of differentiation by Structure 3.0 software analysis. Therefore, Maiwa yak had plentiful genetic polymorphism while no signs of genetic differentiation were observed within the population.

Key words: Maiwa yak; tri-nucleotide; microsatellite loci; genetic polymorphism

中图分类号:

S823.8⁺5

罗辉, 赵芳芳, 孙磊, 伍仕鑫, 徐传飞, 蔡欣. 麦洼牦牛基因组三碱基重复微卫星的挖掘及其遗传多态性分析[J]. 《中国畜牧兽医》, 2017, 44(5): 1438-1445.

LUO Hui, ZHAO Fang-fang, SUN Lei, WU Shi-xin, XU Chuan-fei, CAI Xin. Screening the Polymorphic Tri-nucleotide Repeat Microsatellites from the Genome of Maiwa Yak and Their Genetic Diversity Analysis[J]. , 2017, 44(5): 1438-1445.

参考文献

[1] 钟金城, 陈志华, 马志杰, 等. 牦牛分子育种的理论与实践[J]. 西南民族大学学报(自然科学版), 2006, 32(1):114-119.
[2] Hadonou A M, Sargent D J, Wi lson F, et al. Development of microsatell ite markers inFragaria, their use in genetic diversity analysis, and their potential for genetic linkage mapping[J].Genome, 2004, 47(3):429-438.
[3] Staten R, Schully S D, Noor M A. A microsatellite linkage map of Drosophila mojavensis[J].BMC Genetics, 2004, 5(1):1-12.
[4] Romero C, Pedryc A, Munoz V, et al. Genetic diversity of different apricot geographical groups det-ermined by SSR markers[J]. Genome, 2003, 46(2):244-252.
[5] Sakurai K, Horiuchi Y, Ikeda H, et al. A novel susceptibility locus for moyamoya disease on chromosome 8 q23[J]. Journal of Human Genetics, 2004, 49(5):278-281.
[6] 王曦, 李红霞, 许尚忠,等. 中国西门塔尔牛产奶性状与微卫星标记相关分析[J]. 畜牧兽医学报, 2004, 35(4):372-374.
[7] Ritz L R, Glowatzki-Mullis M L, MacHugh D E, et al. Phylogenetic analysis of the tribe Bovini using microsatellites[J].Animal Genetics,2000, 31(3):178-185.
[8] 李铎, 柴志欣, 姬秋梅,等. 西藏牦牛微卫星DNA的遗传多样性[J]. 遗传, 2013, 35(2):175-184.
[9] Li Q, Wan J M. SSRHunter:Development of a local searching software for SSR sites[J]. Yi Chuan,2005,27(5):808-810.
[10] 李红梅. 基于基因组信息的大黄鱼(Pseudosciaena crocea)微卫星标记开发及应用[D]. 舟山:浙江海洋学院,2014.
[11] Müllenbach R, Lagoda P J, Welter C. An efficient salt-chloroform extraction of DNA from blood and tissues[J]. Trends in Genetics, 1989,5(12):391.
[12] Kalinowski S T, Taper M L, Marshall T C. Revising how the computer program CERVUS accommodates genotyping error increases success in paternity assignment[J]. Molecular Ecology, 2007, 16(5):1099-1106.
[13] Pritchard J K, Stephens M, Donnelly P. Inference of population structure using multilocus genotype data[J]. Genetics, 2000, 155(2):945-959.
[14] 戚文华, 蒋雪梅, 肖国生,等. 牛和绵羊全基因组微卫星序列的搜索及其生物信息学分析[J]. 畜牧兽医学报, 2013, 44(11):1724-1733.
[15] 闫秋良, 张英汉, 李宏滨,等. 从绵羊UniGene数据库中筛选微卫星标记的初步研究[J]. 西北农林科大学学报(自然科学版), 2007, 11:15-18.
[16] 戚文华, 蒋雪梅, 肖国生,等. 猪全基因组中微卫星分布规律[J]. 畜牧与兽医, 2014, 8:9-13.
[17] 黄杰, 杜联明, 李玉芝,等. 红原鸡全基因组中微卫星分布规律研究[J]. 四川动物, 2012, 3:358-363.
[18] Cai X, Mipam T, Zhao F, et al. Isolation and characterization of polymorphic microsatellites in the genome of yak (Bos grunniens)[J]. Molecular Biology Reports,2014,41(6):3829-3837.
[19] Li Q F, Zhao Z B, Li Y H, et al. Construction of microsatellite-enriched library of yak and phylogenetic study of six Chinese yak populations using yak-specific microsatellites[A]. In:Proceedings of the Fourth International Congress on Yak[C]. 2004.

麦洼牦牛基因组三碱基重复微卫星的挖掘及其遗传多态性分析

Screening the Polymorphic Tri-nucleotide Repeat Microsatellites from the Genome of Maiwa Yak and Their Genetic Diversity Analysis

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价

[1]	张永浩, 肖逸, 郭丽君, 阿布都热合曼·吐尔逊, 王玉涛. 马可·波罗盘羊和5种家养绵羊MHC-DRB3基因第2外显子遗传多态性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(3): 962-972.
[2]	王思伟, 王学清, 王昆. 中国不同牛种DGAT1基因遗传多样性及经济性状关联分析研究进展[J]. 《中国畜牧兽医》, 2019, 46(3): 808-817.
[3]	李娜, 李红波, 周振勇, 张金山, 闫向民, 杜玮, 袁理星, 张杨. 基因多态性与超声波活体测定相结合对肉牛主要肉质性状的研究[J]. 《中国畜牧兽医》, 2017, 44(3): 825-831.
[4]	段荟芹, 王利, 李键, 熊显荣. 牦牛低氧诱导因子-1α基因克隆及蛋白质结构分析[J]. , 2016, 43(6): 1430-1436.
[5]	黄勋和, 张金枫, 陈洁波, 叶伟庆, 李威娜, 钟福生, 杜炳旺. 贵妃鸡MHC-B区域微卫星位点LEI0258遗传多样性研究[J]. 《中国畜牧兽医》, 2016, 43(12): 3300-3305.
[6]	杨香娣, 曹骥, 杨春, 李瑗, 周玲丽, 罗旺, 王谷洋, 李科志. 荧光标记微卫星分析广西树鼩群体的遗传多态性[J]. , 2016, 43(1): 182-190.
[7]	赵静, 王利, 李键, 字向东, 钟金城, 江明锋, 王海娟, 李雪峰. 麦洼牦牛G蛋白信号转导调节因子5克隆及蛋白结构分析[J]. , 2015, 42(1): 38-43.
[8]	田月珍, 黄锡霞, 田可川, 狄江, 柏妍, 马依拉·吐尔逊, 艾买提·买买提, 徐新明, 吴伟伟, 哈尼克孜·吐拉甫, 付雪峰. 细毛羊KRT26基因多态性及其与羊毛细度的关联性分析[J]. , 2015, 42(1): 161-166.
[9]	张琼娣, 宋德荣, 刘若余, 彭华, 周大荣, 吴蕊汝, 吴萍. 贵州半细毛羊ADAMTS1基因部分外显子多态性研究[J]. , 2015, 42(1): 172-178.
[10]	杨春, 刘振, 李春义. 草原红牛胰岛素样生长因子结合蛋白6基因外显子2的遗传多态性及遗传效应分析[J]. , 2014, 41(11): 227-231.
[11]	王康环，金红，蒋利，何孝凡，於建国，蒋小松，徐亚欧. 藏系绵羊、新疆细毛羊及阿勒泰羊mtDNA D-loop基因序列分析及系统进化研究[J]. 中国畜牧兽医, 2014, 41(1): 160-166.
[12]	李钰璨, 邓霄禹, 江明锋. 牦牛乳脂合成关键酶基因全泌乳期的表达研究[J]. , 2013, 40(4): 59-64.
[13]	刘仲娜, 钟金城, 柴志欣, 马志杰, 曾贤彬, 宋乔乔. 麦洼牦牛SRY基因克隆及序列分析[J]. , 2013, 40(12): 5-11.
[14]	何旭江;汪志平;秦秋红;吴小波;陈利华. 中蜂与意蜂营养杂交对意蜂微卫星遗传多态性的影响[J]. , 2011, 38(6): 107-110.
[15]	李玉萍;卢帮敏;金素钰;汤富彬;林亚秋;刘征鑫;郑玉才. 九龙藏黄牛乳蛋白的组成及遗传多态性研究[J]. , 2011, 38(6): 123-125.