牦牛低氧诱导因子-1α基因克隆及蛋白质结构分析

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2016.06.005

›› 2016, Vol. 43 ›› Issue (6): 1430-1436.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2016.06.005

牦牛低氧诱导因子-1α基因克隆及蛋白质结构分析

段荟芹¹, 王利², 李键¹, 熊显荣²

1. 西南民族大学青藏高原研究院, 成都 610041;
2. 西南民族大学生命科学与技术学院, 成都 610041

收稿日期:2016-01-04 出版日期:2016-06-20 发布日期:2016-07-11
通讯作者: 王利 E-mail:qinxin916@aliyun.com
作者简介:段荟芹(1990-),女,山东莱芜人,硕士生,研究方向:动物遗传学,E-mail:917077886@qq.com
基金资助:
西南民族大学研究生"创新型科研项目"(CX2016SZ072);中央高校青年教师基金项目(2015NZYQN60);国家民委牦牛团队项目(13CXTD01)

Cloning and Protein Structure Analysis of Hypoxia Inducible Factor-1α Gene in Yak

DUAN Hui-qin¹, WANG Li², LI Jian¹, XIONG Xian-rong²

1. Institute of Qinghai-tibet Plateau, Southwest University for Nationalities, Chengdu 610041, China;
2. College of Life Science and Technology, Southwest University for Nationalities, Chengdu 610041, China

Received:2016-01-04 Online:2016-06-20 Published:2016-07-11

摘要/Abstract

摘要： 试验采用RT-PCR方法,以麦洼牦牛脾脏cDNA为模板扩增牦牛低氧诱导因子-1α(hypoxia inducible factor-1α,HIF-1α)基因,并运用生物信息学软件对其序列进行分析。结果发现,扩增得到的麦洼牦牛HIF-1α基因编码区长为2 472 bp,编码823个氨基酸;蛋白质预测结果显示,该蛋白质分子质量为92.13 ku,等电点5.09,为亲水性蛋白,二级结构以随机卷曲和α-螺旋为主,有69个磷酸化位点和4个N-糖基化位点;系统进化树显示,麦洼牦牛与牦牛、野牦牛、普通牛亲缘关系最近。本试验成功克隆麦洼牦牛HIF-1α基因并对其序列进行了分析,为进一步研究HIF-1α基因的功能提供参考。

关键词: 麦洼牦牛; 低氧诱导因子-1α; 克隆; 蛋白质分析

Abstract: In this study,hypoxia inducible factor-1α(HIF-1α) gene was cloned from yak spleen by RT-PCR,and it was divided into two sections for amplification.The sequence and protein structure were analyzed using related bioinformatics tools.The length of the coding region was 2 472 bp,which encoded 823 amino acids.Its molecule mass was 92.13 ku,and PI was 5.09.It displayed as a hydrophilic protein,whose secondary structure was mainly composed of random coil and α-helix.It had 69 phosphorylation sites and 4 N-glycosylation sites.Phylogenetic tree displayed that Maiwa yak,Bos grunniens,Bos mutus and Bos taurus gathered into one cluster.Maiwa yak HIF-1α gene was successfully cloned in this study,it provided a viable reference for further study of genetic characteristics of HIF-1α.

Key words: Maiwa yak; hypoxia inducible factor-1α; cloning; protein analysis

中图分类号:

Q785

段荟芹, 王利, 李键, 熊显荣. 牦牛低氧诱导因子-1α基因克隆及蛋白质结构分析[J]. , 2016, 43(6): 1430-1436.

DUAN Hui-qin, WANG Li, LI Jian, XIONG Xian-rong. Cloning and Protein Structure Analysis of Hypoxia Inducible Factor-1α Gene in Yak[J]. , 2016, 43(6): 1430-1436.

参考文献

[1] Maroni P,Matteucci E,Drago L,et al.Hypoxia induced E-cadherin involving regulators of Hippo pathway due to HIF-1α stabilization/nuclear translocation in bone metastasis from breast carcinoma[J].Exp Cell Res,2015,330(2):287-299.
[2] 刘芳,刘伟,吴穹,等.高原鼠兔低氧诱导因子-2α基因的克隆[J].青海医学院学报,2011,32(3):151-158.
[3] 仝颜娜.不同生境鱼类HIF-1α基因的克隆和差异性分析[D].新乡:河南师范大学,2012.
[4] 王苹苹,孔繁平,陈学群,等.低氧细胞应激的HIF-1信号通路[J].浙江大学学报(医学版),2011,40(5):559-566.
[5] 李永金,杨开勇,张谊,等.低氧诱导因子-1α在喹啉酸诱导的PC12细胞损伤中的作用[J].中国药理学通报,2015,31(4):493-499.
[6] 王媛媛,窦志杰.低氧诱导因子-1α、脑红蛋白与缺血性脑卒中严重程度及预后的相关性[J].中国老年学杂志,2015,35(4):2051-2053.
[7] Yang Y,Ma W,Huang Y,et al.MiR-17 partly promotes hematopoietic cell expansion through augmenting HIF-1α in osteoblasts[J].PLoS One,2013,8(7):e70232.
[8] Dolt K S,Mishra M K,Karar J,et al.cDNA cloning,gene organization and variant specific expression of HIF-1 alpha in high altitude yak (Bos grunniens)[J].Gene,2007,386(1-2):73-80.
[9] Wang D P,Li H G,Li Y J,et al.Hypoxia-inducible factor 1alpha cDNA cloning and its mRNA and protein tissue specific expression in domestic yak (Bos grunniens) from Qinghai-Tibetan plateau[J].Biochem Biophys Res Commun,2006,348(1):310-319.
[10] Xiong X R,Fu M,Lan D L,et al.Yak response to high-altitude hypoxic stress by altering mRNA expression and DNA methylation of hypoxia-inducible factors[J].Anim Biotechnol,2015,26(3):222-229.
[11] 张振,王君,吕苗苗,等.大鼠低氧诱导因子-1α基因克隆和表达载体的构建[J].现代生物医学进展,2010,10(14):2611-2614.
[12] 陈森洲,王险峰,骆耐香,等.低氧诱导因子-1α的基因克隆[J].右江医学,2007,35(5):498-500.
[13] 张志伟.鲢低氧应激相关基因的克隆与表达分析[D].武汉:华中农业大学,2011.
[14] 王德朋,李红阁,郭松长,等.青海家牦牛HIF-1α基因组织特异性表达[J].安徽农业科学,2007,35(29):9173-9175.
[15] 段荟芹,王利.麦洼牦牛TF基因的克隆及蛋白质结构分析[J].生物技术,2015,25(1):13-16.
[16] 赵静,王利,李键,等.麦洼牦牛G蛋白信号转导调节因子5克隆及蛋白质结构分析[J].中国畜牧兽医,2015,42(1):38-43.
[17] 林宝山,兰道亮,陈亚冰,等.麦洼牦牛TLR1~10基因克隆及分子生物学特征分析[J].畜牧兽医学报,2015,46(5):728-737.
[18] 蒋晓东,戴鹏,宋大安,等.HIF-1α、VEGF、VEGFR₂在非小细胞肺癌组织中的表达及临床意义[J].临床肺科杂志,2011,16(3):386-388.
[19] 张雨良,张智俊,杨峰山,等.新疆盐生植物车前PmNHX1基因的克隆及生物信息学分析[J].中国生物工程,2009,29(1):27-33.
[20] 赵广珍.MyoDⅠ基因与猪肉质性状相关性分析[D].保定:河北农业大学,2012.
[21] Blythe M,Flower D.Benchmarking B cell epitope prediction:Underpreformance of exsiting methods[J].Protein Sco,2015,14:1246-1248.
[22] 邓彦飞,石顺德,刘庆友,等.水牛转录因子c-Myc克隆和表达研究[J].中国畜牧杂志,2014,50(7):14-18.

牦牛低氧诱导因子-1α基因克隆及蛋白质结构分析

Cloning and Protein Structure Analysis of Hypoxia Inducible Factor-1α Gene in Yak

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价

[1]	焦琳琳, 成玉婷, 吴庆国, 吴双, 吴植, 朱善元, 钱莺娟. 鸭坦布苏病毒Capsid蛋白原核表达及多克隆抗体制备[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2395-2402.
[2]	欧云文, 潘琴, 汪洋, 代军飞, 任绍科, 张洋, 张杰. 猪细小病毒6型ORF2基因的截短表达及多克隆抗体制备[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2487-2495.
[3]	刘佳隆, 张译文, 张悦然, 孙奇娟, 陈建, 何雷, 贾艳艳, 丁轲, 余祖华. 鸡ELAVL1基因克隆、原核表达及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1807-1817.
[4]	王雪平, 张孝俊, 李晓月, 王国栋, 张福良, 宋玉伟, 张明亮, 马磊. 高致病性禽腺病毒血清4型Hexon蛋白的原核表达及多克隆抗体的制备[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 2053-2060.
[5]	范冰峰, 李文, 刘理想, 赵向远, 邵静, 林乐丰, 孙慧敏, 张旭林, 许保增. 水貂AANAT基因克隆及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1307-1318.
[6]	刘红润, 朱思燃, 奉玲丽, 张坤, 颜港, 王钰滨, 张帅, 江山, 许迪, 兰干球, 梁晶. 大白猪CDO1基因克隆、生物信息学分析及组织表达定位[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1352-1363.
[7]	胡乐玉, 胡欣瑶, 李颖, 赵盛淼, 沈凤臻, 王长法, 李亮亮, 王彤彤, 任慧英. 德州驴HO-1基因生物信息学分析及多克隆抗体制备[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1499-1510.
[8]	王文婕, 茹鹏辉, 郁川, 杜付熙, 陈松彪, 尚珂, 张春杰, 程相朝. 猫细小病毒洛阳分离株VP2蛋白原核表达及多克隆抗体制备[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1511-1521.
[9]	张永杰, 隋志远, 张志帅, 王晨光, 李孝君, 邢凤. 多浪羊NPTX1基因克隆、生物信息学分析及在初情期的表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 1048-1058.
[10]	牛小杰, 徐明国, 肖莉, 刘文豪, 陈创夫, 王勇. 鸡白痢沙门氏菌IPAJ蛋白的表达纯化、多克隆抗体制备及ELISA方法的建立[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 1218-1228.
[11]	侯浩宇, 郑南南, 吴宏举, 陈寅龙, 李潮, 张昂克, 姬鹏超, 万博, 杜永坤, 张改平. 非洲猪瘟病毒p30蛋白单克隆抗体制备和鉴定[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 1241-1249.
[12]	韦义荣, 郑自华, 张叁保, 宋颖, 蒋海玉, 孙雯玥, 程鹏飞, 刘雨帆, 邹剑伟, 黄艳娜, 潘艳, 蒋钦杨. 努比亚山羊UCP1基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(2): 440-450.
[13]	吕双飞, 马勋, 王静, 孔翠莲, 寇丽君, 刘彩霞, 史唯地, 康立超, 任慧杰. 炭疽芽孢杆菌PA-LF1融合蛋白的原核表达及其反应原性研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(2): 674-683.
[14]	张梦杨, 何健, 刘阳坤, 姚伦广. 非洲猪瘟病毒p37蛋白生物信息学分析及其多克隆抗体制备[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(1): 300-309.
[15]	朱丽霖, 王后坤, 陈雪阳, 刘晶, 梁雄燕, 方春, 杨玉莹. 鸡IFIT5对J亚群禽白血病病毒在DF-1细胞内复制的影响[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(1): 310-316.