五指山猪FUT1基因SNP检测及生物信息学分析

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2015.11.015

›› 2015, Vol. 42 ›› Issue (11): 2915-2920.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2015.11.015

五指山猪FUT1基因SNP检测及生物信息学分析

晁哲, 王峰, 黄丽丽, 刘海隆, 孙瑞萍, 郑心力

海南省农业科学院畜牧兽医研究所, 海口 571100

收稿日期:2015-06-17 出版日期:2015-11-20 发布日期:2015-11-26
通讯作者: 郑心力 E-mail:710850651@qq.com
作者简介:晁哲(1984-),男,河南许昌人,博士,副研究员,研究方向:分子遗传学与动物育种,E-mail:chaozhe.cn@126.com
基金资助:
国家"863"项目(2011AA100302);海南省科学事业费项目(13-214002-0001);海南省省属科研院所技术开发研究专项(KYYS-2015-02);海南省农业科学院农业科技创新专项经费项目(CXZX201414)

SNP Detection and Bioinformatics Analysis of FUT1 Gene of Wuzhishan Pig

CHAO Zhe, WANG Feng, HUANG Li-li, LIU Hai-long, SUN Rui-ping, ZHENG Xin-li

Institute of Animal Science and Veterinary Medicine, Hainan Academy of Agricultural Sciences, Haikou 571100, China

Received:2015-06-17 Online:2015-11-20 Published:2015-11-26

摘要/Abstract

摘要： 为获得五指山猪FUT1基因序列并分析其基因结构,检测FUT1基因中的单核苷酸多态性(SNP)位点在五指山猪群体中的分布情况,本试验利用PCR扩增猪FUT1基因组序列,通过基因测序寻找该基因中的SNP位点,使用PCR-RFLP方法对120头五指山猪进行了FUT1基因型检测,并运用生物信息学方法对FUT1基因序列进行分析。在猪FUT1基因组中共发现两个单碱基突变,分别位于编码区(A+307G)和3'非翻译区(A+1856C);在FUT1基因A+307G突变位点上,五指山猪均为GG基因型;此外,FUT1基因启动子区域和第2外显子处存在CpG岛。本研究成功获得五指山猪FUT1基因序列信息,为下一步五指山猪FUT1基因的功能研究奠定基础。

关键词: 五指山猪; FUT1基因; 多态性; 生物信息学分析

Abstract: This study was aimed to detect FUT1 gene,analyze its structure,and reveal the distribution of SNP in Wuzhishan pig.FUT1 gene was amplified by PCR.Then the gene mutation was identified by sequencing.PCR-RFLP method was used to detect the FUT1 gene of 120 Wuzhishan pigs.Some characters of FUT1 gene were analyzed by bioinformatics tools.Two mutations were detected in the FUT1 genomic fragment,one in the coding region (A+307G) and the other in the 3'regulatory region (A+1856C).At the A+307G locus of coding region in FUT1 gene,100% of Wuzhishan pigs were GG genotype.In addition,bioinformatics analysis revealed that FUT1 gene promoter and the second exon region contained CpG islands.In this study,we obtained the sequences of FUT1 gene which laid a foundation for further studying its functions in Wuzhishan pig.

Key words: Wuzhishan pig; FUT1 gene; polymorphism; bioinformatics analysis

中图分类号:

晁哲, 王峰, 黄丽丽, 刘海隆, 孙瑞萍, 郑心力. 五指山猪FUT1基因SNP检测及生物信息学分析[J]. , 2015, 42(11): 2915-2920.

CHAO Zhe, WANG Feng, HUANG Li-li, LIU Hai-long, SUN Rui-ping, ZHENG Xin-li. SNP Detection and Bioinformatics Analysis of FUT1 Gene of Wuzhishan Pig[J]. , 2015, 42(11): 2915-2920.

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SNP Detection and Bioinformatics Analysis of FUT1 Gene of Wuzhishan Pig

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