利用微卫星标记分析天山马鹿两个圈养种群遗传多样性

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2015.09.033

《中国畜牧兽医》---唯一指定的官方网站 ›› 2015, Vol. 42 ›› Issue (9): 2436-2443.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2015.09.033

利用微卫星标记分析天山马鹿两个圈养种群遗传多样性

热木图拉·阿卜杜克热木, 孜拉吉古丽·西克然木, 宁礼群, 古再努尔·孜比比拉, 艾孜孜江·乃比, 布左拉·吐尔逊, 夏米西丁·阿不都热依木, 马合木提·哈力克

新疆大学生命科学与技术学院, 乌鲁木齐 830046

收稿日期:2015-03-04 出版日期:2015-09-20 发布日期:2015-09-25
通讯作者: 马合木提·哈力克 E-mail:mahmuthalic@xju.edu.cn
作者简介:热木图拉·阿卜杜克热木(1988-),男,维吾尔族,新疆喀什人,硕士生,研究方向:保护遗传学,E-mail:1730323331@qq.com
基金资助:
国家自然科学基金项目(31060152、31360266);新疆维吾尔自治区自然科学基金项目(2010211A02);新疆大学自治区重点学科——动物学科资助

Genetic Diversity Analysis of Two Population of Captive Tianshan Red Deer Using Microsatellite Markers

Rahmutulla·Abdukerim, Zilajigvl·Ekram, NING Li-qun, Guzalnur·Zibibilla, Ezizjan·Nabi, Buzohra·Tursun, Shamshidin·Abduriyim, Mahmut·Halik

College of Life Science and Technology, Xinjiang University, Urumqi 830046, China

Received:2015-03-04 Online:2015-09-20 Published:2015-09-25

摘要/Abstract

摘要： 为科学评价、保护和利用天山马鹿资源,以昌吉市新疆盛华马鹿驯养繁育基地(CJ)与哈密军马场(HM)两地鹿场圈养的53头天山马鹿为研究对象(CJ,n=31;HM,n =22),8个微卫星位点为分子标记,对其遗传多样性进行分析,并探讨了保持圈养天山马鹿遗传多样性的方法。微卫星数据表明,8个基因座的等位基因数为3~7个,共检测到37个等位基因;盛华马鹿驯养繁育基地圈养种群的遗传多样性水平为:A=4.625,He=0.6398,Ho=0.5887,PIC=0.5851,Ne=2.8357,Fis=0.0338;哈密军马场马鹿种群为A=4.375,He=0.6888,Ho=0.6818,PIC=0.6238,Ne=3.2078,Fis=-0.0175。两地区马鹿种群没有显著偏离 Hardy-Weinberg平衡。由此可见,圈养天山马鹿种群的遗传多样丰富,但F统计量结果表明,盛华马鹿驯养繁育基地圈养种群个体之间存在一定程度的近交,因此,现阶段圈养马鹿种群的管理重点是避免近交和遗传多样性丧失上。

关键词: 圈养天山马鹿; 微卫星; 遗传多样性

Abstract: For scientific evaluation, protection and utilization of the valuable resources of 53 captive Tianshan Red deers (CJ, n=31;HM, n =22), the genetic polymorphisms of 8 microsatellites, analyzed the genetic diversity, genetic diversity and kept in captivity Tianshan Red deer was discussed.Microsatellite data indicated that 8 loci alleles were 3 to 7, 37 alleles were detected.The results showed that genetic diversity of Shenghua domesticated Red deer breeding base were A=4.625, He=0.6398, Ho=0.5887, PIC=0.5851, Ne=2.8357, Fis=0.0338, Hami Red deer farm field were A=4.375, He=0.6888, Ho=0.6818, PIC=0.6238, Ne=3.2078, Fis=-0.0175.The two population was not significantly deviated from Hardy-Weinberg equilibrium (HWE).It suggested that the genetic diversity of the captive Tianshan Red deer from two areas was still higher, however the date of F-statistics indicated that the captive Tianshan Red deer in Changji exchanged individuals resulting to inbreeding. Therefore, at the present, the focus of management of captive Red deer population should shift to avoiding the inbreeding and the loss of genetic diversity.

Key words: captive Tianshan Red deer; microsatellite; genetic diversity

中图分类号:

Q786

热木图拉·阿卜杜克热木, 孜拉吉古丽·西克然木, 宁礼群, 古再努尔·孜比比拉, 艾孜孜江·乃比, 布左拉·吐尔逊, 夏米西丁·阿不都热依木, 马合木提·哈力克. 利用微卫星标记分析天山马鹿两个圈养种群遗传多样性[J]. 《中国畜牧兽医》---唯一指定的官方网站, 2015, 42(9): 2436-2443.

Rahmutulla·Abdukerim, Zilajigvl·Ekram, NING Li-qun, Guzalnur·Zibibilla, Ezizjan·Nabi, Buzohra·Tursun, Shamshidin·Abduriyim, Mahmut·Halik. Genetic Diversity Analysis of Two Population of Captive Tianshan Red Deer Using Microsatellite Markers[J]. , 2015, 42(9): 2436-2443.

参考文献

[1] 艾孜孜江·乃比,夏米西丁·阿不都热依木,布左拉·吐尔逊,等.使用粪球形态指标快速判别天山马鹿的性别[J].中国畜牧兽医,2014,41(9):189-193.

[2] ?idek R,Pokorádi J,Bandry L.Biodiversity in deer population observed by microsatellite markers[J].Journal of Agrobiology, 2008, 25:113-115.

[3] Haanes H.Genetic variation and structure in Norwegian Red deer [D].Norwegian School of Veterinary Science,2008.

[4] 贾斌,张苏云,王建华,等.利用微卫星标记分析新疆天山马鹿3个群体的遗传多样性[J].草食家畜,2006,2:17-20.

[5] 王洪亮.新疆3个马鹿亚种系统发育与遗传多样性研究[D].杨凌:西北农林科技大学,2008.

[6] 萨姆布鲁克 J,拉塞尔 W.分子克隆实验指南[M].第3版.北京:科学出版社,2002.

[7] 尹君,张明海,谢绪昌.STR在野生东北马鹿个体识别中的应用[J].野生动物,2007,28(3):42-44.

[8] Bishop M D,Kappes S M,Keele J W,et al.A genetic linkage map of cattle[J]. Genetics, 1994,136:619-639.

[9] Mahmut H,Ganzorig S,Onuma M,et al.A preliminary study of the genetic diversity of Xinjiang Tarim Red deer (Cervus elaphus yarkandensis) using the micro satellite DNA method[J]. Jpn J Vet Res, 2001, 49(3):231-237.

[10] 孙海涛,李馨,耿忠诚,等.梅花鹿3个种群遗传多样性的微卫星标记分析[J].动物学杂志,2009,44(3):30-35.

[11] Jones K C,Levine K F,Banks J D.Characterization of 11 polymorphic tetranucleotide microsatellites for forensic applications in California Elk (Gervus elaphus canadensis)[J].Molecular Ecology Notes,2002,2:425-427.

[12] Moore S S,Barendse W,Berger K T,et al.Bovine and ovine DNA microsatellites from the EMBL and GenBank database[J]. Animal Genetics,1992,23:463-467.

[13] 石锐,郭长虹.聚丙烯酰胺凝胶中DNA的银染方法[J].生物技术,1998,8(5):46-48.

[14] Raymond M,Rousset F.Genpop (version):Population genetics software for exact tests and ecumenicism[J].Heredity,1995,86(3):248-249.

[15] Kalinowski S T,Taper M L,Marshall T C.Revising how the computer program CERVUS accommodates genotyping error increases success in paternity[J]. Mol Ecol,2007,16(5):1099-1106.

[16] 艾斯卡尔·买买提.新疆哈密山区野生天山马鹿种群结构和遗传多样性研究[D].乌鲁木齐:新疆大学,2012.

[17] 日沙来提·吐尔地.新疆南山山区天山马鹿(Cervus.elaphus.songaricus)种群结构和遗传多样性研究[D].乌鲁木齐:新疆大学,2012.

[18] Halik M,Tumur A,Abliz O,et al.Geographical variations of skull morphology in Red deer(Cervus elaphus)in Xinjiang,China[J].Acta Theriologica Sinica, 2005,25(4):313-318.

[19] van Zeveren A,Peelman L,van de Weghe A,et al.A genetic study of our Belgian pig populations by means of seven microsatellite loci[J].Journal of Animal Breeding Genetics,1995,112(1-6):191-204.

[20] Jia B,Li R Y,Zhao Z S,et al.Analysis of genetic diversity and phylogenetic relationship of Red deer subspecies in Xinjiang, China[J]. Animal Science Journal,2010,82:517-522.

[21] Weir B S,Cockerham C C.Estimating F-statistics for the analysis of population structure[J].Evolution,1984,38:1358-1370.

利用微卫星标记分析天山马鹿两个圈养种群遗传多样性

Genetic Diversity Analysis of Two Population of Captive Tianshan Red Deer Using Microsatellite Markers

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价

[1]	熊陈勇, 尹彦文, 施开创, 李军, 郑敏, 韦显凯, 冯淑萍, 龙凤, 屈素洁, 陆文俊, 周洪槿, 黄海莲, 谢守玉, 黎宗强. 2019-2021年鸭坦布苏病毒广西流行毒株遗传多样性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(8): 3099-3111.
[2]	彭彩淳, 李斌强, 王野影, 粟海军. 基于线粒体Cytb基因的贵州野猪(Sus scrofa) 群体遗传多样性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(7): 2601-2612.
[3]	张强, 洛桑顿珠, 巴桑旺堆, 彭阳洋, 俄广鑫, 尼玛次仁, 索朗多吉, 巴多, 旦巴, 鲜莉莉, 旦巴加参, 支张, 平措占堆. 利用微卫星遗传标记评估5个西藏牦牛群体遗传多样性及群体结构[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(6): 2228-2238.
[4]	郭銮英, 李家磊, 金芹芹, 马骏, 刘全. 牛丙型肝炎病毒研究进展[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(5): 1994-2000.
[5]	刘晓玮, 李瑞香, 王兴龙, 李晓. 基于mtDNA Cytb基因和D-loop区序列的陕西林麝遗传多样性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(4): 1352-1363.
[6]	李中波, 侯强红. 湖南省怀化地区白纹伊蚊核糖体18S rRNA和线粒体cox1基因的序列测定及分析[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(8): 2736-2745.
[7]	房瑞新, 田雪琪, 邹晨, 董依萌, 李洋, 邢秀梅, 刘欣. 利用Y染色体SRY基因分析马鹿的父系起源和遗传多样性[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(7): 2457-2466.
[8]	胡明月, 刘正喜, 赵中利, 曹阳, 马惠海, 闫守庆. 绵羊(ATAG)_n四碱基微卫星位点的筛选及其在亲子鉴定中的应用[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(7): 2484-2494.
[9]	李广祯, 马志杰, 陈生梅, 尕布藏, 李瑞哲. 基于mtDNA D-loop序列探究门源白牦牛与天祝白牦牛间的遗传差异[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(5): 1647-1654.
[10]	肖逸, 王孟文, 张秀英, 古丽扎尔·阿不都克力木, 韩建林, 王玉涛. 基于mtDNA Cytb基因的马可·波罗盘羊遗传多样性与起源进化分析[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(5): 1681-1690.
[11]	房瑞新, 田雪琪, 邹晨, 董依萌, 刘欣, 邢秀梅. 马鹿的起源进化与遗传多样性研究进展[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(12): 4575-4587.
[12]	李静, 郭丽君, 王莉, 胡平, 肖逸, 韩建林, 王玉涛. 喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛mtDNA D-loop区遗传多样性及系统发育分析[J]. 中国畜牧兽医, 2020, 47(8): 2481-2492.
[13]	李彬, 任亭亭, 邱梅玉, 李志强, 阎晓菲, 韩冰, 刘明军, 贺三刚, 依明·苏来曼. 基于微卫星多重PCR技术的特克塞尔×哈萨克杂交羊亲子鉴定[J]. 中国畜牧兽医, 2020, 47(7): 2171-2180.
[14]	迟浩斌, 郎侠, 王彩莲, 刘立山. 盘羊及其杂交后代微卫星遗传多样性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2020, 47(4): 1109-1120.
[15]	李莹, 何国戈, 王艳, 何静怡, 黄爱珍, 郑经成, 葛影影, 罗成龙. 4个优质鸡群体mtDNA D-loop区遗传多样性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2020, 47(2): 469-478.