贵州黑山羊细胞因子诱导的SH2包含蛋白基因5′调控区SNP研究

中国畜牧兽医

贵州黑山羊细胞因子诱导的SH2包含蛋白基因5′调控区SNP研究

蒋会梅，张义玲，张贵祥,曹娟

贵州省毕节市畜牧技术推广站，贵州毕节 551700

收稿日期:2013-12-20 出版日期:2014-07-20 发布日期:2014-08-21
通讯作者: 张义玲，女，贵州人，学士，高级畜牧师，研究方向：动物遗传育种。E-mail：zzz9612@126.com
作者简介:蒋会梅（1963—），女，贵州人，学士，高级畜牧师，研究方向：动物遗传育种。
基金资助:
应用分子育种技术培育贵州黑山羊和产业化示范（黔科合NY字（2012）3003号）。

Study on the SNP of 5′-flanking Region of CISH Gene in Guizhou Black Goat

JIANG Hui-mei, ZHANG Yi-ling, ZHANG Gui-xiang, CAO Juan

Animal Science and Technology Station of Guizhou, Bijie 551700, China

Received:2013-12-20 Online:2014-07-20 Published:2014-08-21

摘要/Abstract

摘要： 本试验为改善贵州本地优良品种贵州黑山羊生长性能，寻找生长相关基因细胞因子诱导的SH2（Src-homology 2）包含蛋白(cytokine inducible SH2-containing protein, CISH)启动子区多态性位点，并研究其对启动子功能元件的影响。将贵州本地优良品种贵州黑山羊构建DNA池，直接测序筛选SNP位点，生物信息学软件预测核心启动子区域、转录因子、CpG岛。结果发现，CISH基因5′调控区存在1个SNP位点为G-95C，得到CISH基因核心启动子区和CpG岛，SNP位点导致附近转录因子新位点产生和原来结合位点消失，但并不改变CpG岛大小。CISH基因5′调控区存在1个对启动子功能元件有较大影响的SNP位点，研究结果为进一步确定CISH基因启动子功能奠定基础。

关键词: 贵州黑山羊; 细胞因子诱导的SH2包含蛋白; SNP; 启动子

Abstract: In order to improve the growth performance of Guizhou Black goat, the SNP site in the promoter region of CISH gene in goat was screened and the effect of SNPs on function elements of promoter was analyzed. Guizhou Black goat were selected to construct DNA pools, SNP site was screened by direct sequencing subsequently. Bioinformatics tools were used to predict the core region of the promoter, transfer factor and CpG island. 1 single nucleotide polymorphism(SNP) G-95C was found in the 5′-flanking region of CISH gene. Furthermore, the core region of the promoter and CpG island were obtained. It demonstrated that various novel transcription factors binding sites emerged while a large amount of transcription factors binding sites existed before disappeared based on the SNP found in this study, while it didn’t affect the range of CpG island dramaticlly by using various softwares. There was one SNP existed in the 5′-flanking region of CISH gene that had important effects on promoter elements. This study could lay the experimental foundation for the identification of function of CISH promoter.

Key words:

Guizhou Black goat; CISH; SNP; promoter

蒋会梅，张义玲，张贵祥,曹娟. 贵州黑山羊细胞因子诱导的SH2包含蛋白基因5′调控区SNP研究[J]. 中国畜牧兽医.

JIANG Hui-mei, ZHANG Yi-ling, ZHANG Gui-xiang, CAO Juan. Study on the SNP of 5′-flanking Region of CISH Gene in Guizhou Black Goat[J]. China Animal Husbandry & Veterinary Medicine.

参考文献

1 田兴贵，朱红刚，主性，等. 贵州黑山羊母羊血液生化指标测定分析［J］. 家畜生态学报, 2010, 31（6): 57～60.
2 陈建芳，姚忠祥. SOCS 家族在中枢神经系统的研究进展［J］. 生理科学进展, 2006, 37(2): 108～111.
3 何贵阳. 贵州黑山羊的发展现状与保护［J］. 畜牧兽医科技信息, 2007, 4:39～40.
4 李敬瑞，丁远华，向程举，等. 猪DAZ基因的DNA池测序分析［J］. 中国畜牧兽医, 2011, 38(8): 60～62.
5 宋丽琴，杨思维，周大荣. 贵州黑山羊羔羊早期断奶育肥试验［J］. 贵州畜牧兽医, 2011, 35(3): 10～12.
6 宋章会. 贵州山羊生产现状调查与发展对策［J］. 贵州畜牧兽医, 2007, 31(5): 12～13.
7 宋德荣，彭华，周大荣，等. 贵州黑山羊高效养殖技术与应用效果［J］. 中国畜禽种业, 2009, 5(5)：48～51.
8 杨永强，龚俞，焦仁刚，等. 牛CIS基因启动子区SNP及生物信息学研究［J］. 中国畜牧杂志, 2013,49(11): 9～13.
9 苑晓玲，陈家佩. 细胞因子信号转导负调控蛋白——SOCS 家族研究进展［J］. 国外医学内分泌学分册, 2001, 21(2):83～85.
10 谢海强，杨永强，孙岩岩，等. 贵州白山羊和黔北麻羊TFAM基因部分外显子多态性研究［J］. 广东农业科学, 2013, 40(16): 138～140.
11 魏秀青，余平，黎明. 细胞因子信号转导抑制分子的研究进展［J］. 国外医学：生理病理科学与临床分册, 2005, 25(1): 14～17.
12 Ferrero D, Gioia D, Cilloni D, et al. P137 response to erythropoietin(EPO) with or without differentiating treatment with 13-cis-retinoic-acid and dihydroxylated vitamin D₃ in myelodysplastic syndromes(MDS)［J］. Leukemia Research, 2007, 31(1):114～115.
13 González L, Miquet J,Sotelo A, et al. Cytokine-inducible SH2 protein up-regulation is associated with desensitization of GH signaling in GHRH-transgenic mice［J］. Endocrinology, 2002, 143(2): 386～394.
14 Khor C C, Vannberg F O, Chapman S J, et al. CISH and susceptibility to infectious diseases［J］. New England Journal of Medicine, 2010, 362(22): 2092～2101.
15 Sham P, Bader J S, Craig I, et al. DNA pooling: A tool for large-scale association studies［J］. Nature Reviews Genetics, 2002, 3(11): 862～871.
16 Starr R, Willson T A, Viney E M, et al. A family of cytokine-inducible inhibitors of signalling［J］. Nature, 1997, 387(6636): 917～921.
17 Verdier F, Chrétien S, Muller O, et al. Proteasomes regulate erythropoietin receptor and signal transducer and activator of transcription 5(STAT5) activation possible involvement of the ubiquitinated CIS protein［J］. Journal of Biological Chemistry, 1998, 273(43): 28185～28190.
18 Yoshimura A, Ohkubo T, Kiguchi T, et al. A novel cytokine-inducible gene CIS encodes an SH2-containing protein that binds to tyrosine-phosphorylated interleukin 3 and erythropoietin receptors［J］. The EMBO Journal, 1995, 14(12): 2816～2826.

[1]	管凇, 施力光, 林雨, 蒋剑箫, 武洪志, 彭维祺. 海南黑山羊GDF9基因nsSNP功能性预测及与产羔数的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(5): 2166-2176.
[2]	杨洋, 袁超, 陈浩林, 粟朝芝, 韩勇, 赵彦频. 努贵杂交F1代羊与贵州黑山羊屠宰性能及肉品质比较研究[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(4): 1694-1704.
[3]	赵中龙, 张勇, 杨红, 杨润黔, 艾照碧, 叶丽, 舒畅. 织金白鹅PPP3CA基因多态性及其与体尺性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(4): 1729-1738.
[4]	屠云洁, 栾德琴, 章明, 巨晓军, 刘一帆, 单艳菊, 姬改革, 邹剑敏, 束婧婷, 赵伟东, 郑国庆. ALDH7A1和EDNRB2基因分型及其与乌骨鸡皮肤乌色度关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2024, 51(7): 2923-2932.
[5]	赵永, 杨齐心, 李维, 熊力, 杨红文, 王春源, 吴燕, 向进, 张依裕. 柯乐猪KRT10基因多态性及其与繁殖性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2024, 51(6): 2508-2516.
[6]	肖文, 韩勇, 杨红文, 龙勇, 粟朝芝, 袁超, 杨洋, 王德凤, 赵彦频, 秦杨, 殷富跃. 黑山羊及其杂交后代育肥性能、屠宰性能及肉质性状的比较研究[J]. 中国畜牧兽医, 2024, 51(6): 2429-2439.
[7]	郑春婷, 胡云洋, 张春光, 叶子源, 张琛, 罗云燕, 秦蕾, 彭子璇, 于亦飞, 冼旺莹, 楚菡, 洪亮, 张建斌, 蒲蕾. 一种外三元纯种猪、二元猪、三元猪和多元回交猪的鉴定方法研究[J]. 中国畜牧兽医, 2024, 51(3): 1160-1170.
[8]	顾小龙, 薛毅, 方素芳, 班成怿, 施宇博, 杨舰航, 杜芳辰, 齐珍珍, 崔平. 柔嫩艾美耳球虫莫能菌素耐药株筛选及其与敏感株基因组SNP密度分布差异分析[J]. 中国畜牧兽医, 2024, 51(11): 5108-5116.
[9]	贾雪纯, 戎艳花, 朱芷葳, 李鹏飞. 全基因组重测序探究晋南牛优势性状的分子基础[J]. 中国畜牧兽医, 2024, 51(1): 1-10.
[10]	张蕊, 穆春宇, 汤青萍, 卜柱, 杨明军, 夏爱萍, 杨晓明. 鸽GnIH基因多态性及其与产蛋性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1412-1421.
[11]	张双双, 贾琪, 王丹, 王卓, 柳俭强, 张立春, 戢爽. 绵羊卷曲受体1基因克隆、表达谱与多态性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(12): 4805-4815.
[12]	龙安炬, 杨酸, 艾锦新, 翁吉梅, 张依裕, 蔡惠芬, 罗卫星. 黔北麻羊MC4R基因多态性及其与生长性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(1): 198-209.
[13]	徐昊祺, 许静漪, 胡丽蓉, 张帆, 罗汉鹏, 张海亮, 师睿, 李想, 刘林, 刘巧香, 郭刚, 王雅春. 中国荷斯坦牛PIK3CB基因多态性及其与繁殖和产奶性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(9): 3438-3452.
[14]	冯小品, 李隐侠, 张晨俭, 张俊, 孟春花, 钱勇, 曹少先. 波尔山羊PLAG1基因克隆、多态性鉴定及其与出生体重、体尺性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(9): 3465-3474.
[15]	周雅, 张禾垟, 刘琳玲, 李浩东, 郑军军, 王桂武. 梅花鹿成纤维细胞因子受体2基因多态性及其与茸重性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(8): 3006-3014.