基于UniGene寻找山羊新的miRNA及其试验验证

›› 2013, Vol. 40 ›› Issue (11): 7-11.

基于UniGene寻找山羊新的miRNA及其试验验证

苏蕊, 吕晓曼, 赵德超, 韩志玲, 付绍印, 孟丽云, 张文广, 李金泉

内蒙古农业大学动物科学学院/动物遗传育种与繁殖自治区重点实验室, 内蒙古呼和浩特 010018

收稿日期:2013-03-25 出版日期:2013-11-20 发布日期:2013-12-19
通讯作者: 张文广
作者简介:苏蕊(1980-),女,内蒙古人,博士,讲师,研究方向:动物遗传育种。吕晓曼(1985-),女,湖北人,硕士生,研究方向:绒山羊遗传育种。
基金资助:
国家科技支撑项目(2011BAD28B05);国家自然科学基金(30960246);内蒙古自治区自然科学基金(2011BS0407)。

Identification and Experimental Verification of Novel miRNA on UniGene in Goat

SU Rui, LV Xiao-man, ZHAO De-chao, HAN Zhi-ling, FU Shao-yin, MENG Li-yun, ZHANG Wen-guang, LI Jin-quan

Key Laboratory of Animal Genetics, Breeding and Reproduction, Inner Mongolia Autonomous Region, College of Animal Science, Inner Mongolia Agricultural University, Hohhot 010018, China

Received:2013-03-25 Online:2013-11-20 Published:2013-12-19

摘要/Abstract

摘要： 根据miRNA进化的保守性,以已知动物的miRNA为搜索序列与山羊的UniGene进行BLAST比对,预测山羊新的miRNA,并通过RT-PCR和克隆测序进行验证。对新发现的山羊miRNA进行实时荧光定量,检测其在12个月皮肤及肌肉中的表达量;用基于UniGene的方法获得了5条山羊miRNA候选分子,通过RT-PCR和克隆测序验证,发现这5条miRNA分子在山羊的皮肤和肌肉中均有表达,其中由chi-miR-374b、chi-miR-421和chi-miR-421*构成了山羊miRNA基因簇,chi-miR-2284n是牛和山羊特异的。实时荧光定量结果显示,chi-miR-1839、chi-miR-374b和chi-miR-2284n在2月份皮肤中的表达量明显高于其他月份,chi-miR-421和chi-miR-421*在10月份皮肤中的表达量最高;发现了5条山羊新的miRNA(chi-miR-2284n、chi-miR-421*、chi-miR-421、chi-miR-1839和chi-miR-374b,登录号:JQ002550-JQ002554),补充了山羊miRNA数据库的不足。

关键词: UniGene; miRNA; 山羊; 皮肤; 肌肉

Abstract: Using goat UniGene to identify miRNA and RT-PCR was used to validate the predicted miRNA, and then Real-time PCR was performed to detect the miRNA expression during one year in goat skin and muscle. Results revealed that 5 new miRNA were identified and all of these miRNA were expressed in goat skin and muscle, in which a miRNA cluster was discovered which was composed of chi-miR-421*,chi-miR-421 and chi-miR-374b. miRNA expression results indicated that chi-miR-1839,chi-miR-374b and chi-miR-2284n in skin gave a highest expression level on February, chi-miR-421 and chi-miR-421*expression increased remarkably on October. The identification of 5 new miRNA in goat(chi-miR-2284n, chi-miR-421*, chi-miR-421, chi-miR-1839 and chi-miR-374b,accession number:JQ002550-JQ002554) was a useful complement for goat miRNA database.

Key words: UniGene; miRNA; goat; skin; muscle

中图分类号:

苏蕊, 吕晓曼, 赵德超, 韩志玲, 付绍印, 孟丽云, 张文广, 李金泉. 基于UniGene寻找山羊新的miRNA及其试验验证[J]. , 2013, 40(11): 7-11.

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