贵州地方猪脂肪特异蛋白27基因SNPs筛查与生物信息学分析

›› 2012, Vol. 39 ›› Issue (7): 83-86.

贵州地方猪脂肪特异蛋白27基因SNPs筛查与生物信息学分析

惠嫣婷, 刘若余, 张依裕, 杨永强

贵州大学动物科学学院,高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室,贵州贵阳 550025

收稿日期:2012-01-13 出版日期:2012-07-20 发布日期:2012-07-16
通讯作者: 刘若余(1963－),男,博士,教授,研究方向:分子遗传与动物育种。E-mail:liury04@163.com E-mail:liury04@163.com
作者简介:惠嫣婷(1985－),女,河北人,硕士生,研究方向:分子遗传与动物育种。
基金资助:
贵州省农业科技攻关项目。

SNPs Screening and Bioinformatics Analysis of Fsp27 Gene in the Breeds of Guizhou Local Pigs

HUI Yan-ting, LIU Ruo-yu, ZHANG Yi-yu, YANG Yong-qiang

Key Laboratory of Genetics,Breeding and Reproduction in the Plateau Mountainous Region,Ministry of Education, College of Animal Science,Guizhou University,Guiyang 550025,China

Received:2012-01-13 Online:2012-07-20 Published:2012-07-16

摘要/Abstract

摘要： 以3个贵州地方猪种(可乐猪、贵州白香猪、黔北黑猪)为试验素材构建品种DNA池,采用直接测序技术对猪脂肪特异蛋白27(fat-specific protein 27,Fsp27)基因的第4~5外显子区域进行SNPs快速筛查,共检测出4个SNPs位点:intron3-T2169C,exon4-G5A,intron4-G21C和exon5-C5G,其中exon4-G5A和exon5-C5G使编码氨基酸发生Arg→Gln,Thr→Ser的改变。进一步的生物信息学分析显示,exon4-G5A位点的变异导致mRNA的二级结构改变,exon5-C5G多态位点使蛋白质的二级结构发生变化,且当exon4-G5A和exon5-C5G位点的碱基分别为A和G时蛋白质三级结构与其它3种碱基组合(G与G,G与C,A与C)的三级结构明显不同。

关键词: Fsp27基因; SNPs; 生物信息学; DNA池

Abstract: Three breeds of pig (Kele pig, Guizhou White Xiang pig and Qianbei Black pig) were used to constructed DNA pooling, the SNP in exon4 to exon5 of Fsp27 gene were rapidly screened by DNA sequencing. Four SNPs were detected in the three breeds of pig totally, they were intron3-T2169C,exon4-G5A,intron4-G21C and exon5-C5G, the exon4-G5A and exon5-C5G sites led to coding amino acids change from Arginine to Glutarnine, from Threoine to Serine respectively. The results of the bioinformatics analysis indicated that the mutation in loci exon4-G5A could cause the change of mRNA secondary structure, while the exon5-C5G site led to the protein secondary structure change,when the locus was A,G in the exon4-G5A and exon5-C5G respectively the protein tertiary structure would be different from other(G and G,G and C,A and C) base combinations.

Key words: Fsp27 gene; SNPs; bioinformatics; DNA pooling

中图分类号:

惠嫣婷, 刘若余, 张依裕, 杨永强. 贵州地方猪脂肪特异蛋白27基因SNPs筛查与生物信息学分析[J]. , 2012, 39(7): 83-86.

HUI Yan-ting, LIU Ruo-yu, ZHANG Yi-yu, YANG Yong-qiang. SNPs Screening and Bioinformatics Analysis of Fsp27 Gene in the Breeds of Guizhou Local Pigs[J]. China Animal Husbandry & Veterinary Medicine, 2012, 39(7): 83-86.

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