基于线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)序列分析贵妃鸡的遗传多样性

›› 2012, Vol. 39 ›› Issue (12): 137-140.

基于线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)序列分析贵妃鸡的遗传多样性

吴婵^1,2, 李辉², 李敬瑞², 张大权¹, 谢国午¹, 孔嫣¹, 易恒洁²

1. 贵州省晴隆县草地畜牧中心,贵州晴隆 561400;
2. 贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖教育部重点实验室,贵州贵阳 550025

收稿日期:2012-06-14 出版日期:2012-12-20 发布日期:2012-12-19
作者简介:吴婵(1986-),女,贵州人,硕士,研究方向:养殖。
基金资助:
贵州大学引进人才基金(Z065052)。

Genetic Diversity of Royal Chicken Basesd on Mitochondrial DNA D-loop Region Sequence

WU Chan^1,2, LI Hui², LI Jing-rui², ZHANG Da-quan¹, XIE Guo-wu¹, KONG Yan¹, YI Heng-jie²

1. Grassland and Animal Husbandry Center of Qinglong County,Qinglong 561400, China;
2. Key Laboratory of Animal Genetics,Breeding and Reproduction in the Plateau Mountainous Region, Ministry of Education,Guizhou University,Guiyang 550025,China

Received:2012-06-14 Online:2012-12-20 Published:2012-12-19

摘要/Abstract

摘要： 采用PCR产物直接测序技术对30只贵妃鸡样品的线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)第Ⅰ高变区序列进行了分析。结果表明,在所分析的D-loop区部分序列中(520 bp),A、G、C、T平均含量分别为26.8%、13.0%、31.1%和29.1%;共发现13个核苷酸多态位点,均为转换位点,未检测到插入/缺失和颠换,核苷酸多样度(Pi)为0.0059,单倍型变异度(Hd)为0.538,中性检验Tajima’s D值为-0.67065。通过群体构建的NJ聚类图分子系统树发现,贵妃鸡起源于红原鸡。

关键词: 贵妃鸡; 线粒体DNA D-loop; 遗传多样性; 单倍型

Abstract: In this paper, the mitochondrial DNA D-loop sequence(520 bp in length) of 30 individuals from Royal chicken of the first Ⅰ region sequences were analyzed by PCR product direct sequencing technology. The results revealed that the average values of base composition of A,G,C and T in the sequence were 26.8%, 13.0%, 31.1% and 29.1%, respectively. And there were 13 nucleotide polymorphic sites which were transition neither transversion nor insertion/deletion. The haplotype diversity (Hd) and average nucleotide diversity (Pi) of the sites were 0.538 and 0.0059, and the value of Tajima’s D was -0.67065. Using the NJ method showed that the Royal chicken origined in the Red Gallus.

Key words: Royal chickens; mtDNA D-loop; genetic diversity; haplotype

中图分类号:

S816.79

吴婵, 李辉, 李敬瑞, 张大权, 谢国午, 孔嫣, 易恒洁. 基于线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)序列分析贵妃鸡的遗传多样性[J]. , 2012, 39(12): 137-140.

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