粤北地区新生仔猪腹泻病原学调查及PEDV ORF3基因分子特征和遗传变异分析

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.06.027

《中国畜牧兽医》 ›› 2017, Vol. 44 ›› Issue (6): 1769-1777.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.06.027

粤北地区新生仔猪腹泻病原学调查及PEDV ORF3基因分子特征和遗传变异分析

南文金^1,2, 胡鸿惠^1,2, 吴静波^1,2, 黄健强^1,2, 彭国良^2,3, 肖正中^2,3

1. 韶关学院动物疫病实验室, 韶关 512005;
2. 粤北生猪生产及疫病防控协同创新发展中心, 韶关 512005;
3. 韶关学院英东农业科学与工程学院, 韶关 512005

收稿日期:2016-10-08 出版日期:2017-06-20 发布日期:2017-06-28
通讯作者: 南文金 E-mail:nanwenjin@126.com
作者简介:南文金(1981-),男,河南灵宝人,硕士,助理研究员,研究方向:动物疫病诊断与防控技术
基金资助:
广东省科技计划项目（2016A040402038、2013B020306008）；广东省现代农业科技创新联盟建设项目（2016LM1141）；韶关市科技计划项目（2013CX/N09）；韶关学院校级科研项目（SY2016KJ24）

Etiological Investigation of Diarrhea in Newborn Piglets and Molecular Characterization and Genetic Variation Analysis of ORF3 Gene of PEDV in North Guangdong

NAN Wen-jin^1,2, HU Hong-hui^1,2, WU Jing-bo^1,2, HUANG Jian-qiang^1,2, PENG Guo-liang^2,3, XIAO Zheng-zhong^2,3

1. Laboratory of Animal Disease, Shaoguan University, Shaoguan 512005, China;
2. North Guangdong Collaborative Innovation and Development Center of Pig Farming and Disease Control, Shaoguan 512005, China;
3. School of Agricultural Science and Engineering, Shaoguan University, Shaoguan 512005, China

Received:2016-10-08 Online:2017-06-20 Published:2017-06-28

摘要/Abstract

摘要：

为了解粤北地区新生仔猪腹泻病的主要病原，本试验采用实时荧光定量RT-PCR方法对2015年粤北地区6个规模化猪场31份新生仔猪腹泻样品进行了猪流行腹泻病毒（PEDV）、猪传染性胃肠炎病毒（TGEV）和猪轮状病毒（PoRV）检测，并对5株PEDV流行毒株ORF3基因进行测序分析。病原检测结果显示，83.87%（26/31）样品为PEDV阳性，没有检测到TGEV和PoRV阳性样品。对PEDV ORF3基因序列分析结果显示，5个流行毒株ORF3基因全长均为675 bp，相互之间核苷酸同源性为98.7%~100.0%，与参考序列同源性为94.5%~100.0%，多个核苷酸位点发生了共同突变。系统进化树分析结果表明，PEDV可分为两个基因群，粤北地区流行的PEDV与2013-2015年间在中国部分地区、东南亚、北美洲和欧洲流行的PEDV遗传关系较近，位于基因1群中的同一个亚群，而2011-2012年中国流行的PEDV主要毒株及疫苗毒株则归类于另外两个基因亚群。结果表明，粤北地区新生仔猪腹泻主要是由PEDV感染引起的，PEDV基因随着时间推移呈现不断进化和变异趋势。

关键词: 新生仔猪腹泻; 病原学; 猪流行性腹泻病毒; ORF3基因; 遗传变异

Abstract:

In order to understand the main pathogen of newborn piglets diarrhea in North Guangdong region, 31 diarrhea samples were collected from six pig farms in North Guangdong, the pathogen of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), transmissible gastroenteritis virus (TGEV) and porcine rotavirus (PoRV) were detected by Real-time RT-PCR, meanwhile, ORF3 gene of PEDV amplified from positive samples were sequenced and analyzed. Pathogen detection results showed that 83.87%(26/31) samples were positive for PEDV, all herds and samples were negative for TGEV and PoRV. The sequence analysis revealed that the ORF3 gene of 5 epidemic strains of PEDV were all 675 bp, homologies of nucleotides were 98.7% to 100.0%, and homologies with reference sequences of nucleotides were 94.5% to 100.0%, and some gene mutation in common nucleotides site. The results of gene phylogenetic trees showed that PEDV could be divided into two groups, PEDV genetic relationship between field strains in North Guangdong and some regions in China, Southeast Asia, North America, Europe from 2013 to 2015 was closer, classed as a gene subgroup, from 2011 to 2012 main epidemic strains in our country and vaccine strains classed as other two gene subgroups. These results indicated that PEDV infection was the main pathogen of newborn piglets diarrhea in North Guangdong region, as time passed, the PEDV epidemic strains gene presented a tendency of evolution and variation.

Key words: diarrhea in newborn piglets; etiology; porcine epidemic diarrhea virus; ORF3 gene; genetic variation

中图分类号:

S858.28

南文金, 胡鸿惠, 吴静波, 黄健强, 彭国良, 肖正中. 粤北地区新生仔猪腹泻病原学调查及PEDV ORF3基因分子特征和遗传变异分析[J]. 《中国畜牧兽医》, 2017, 44(6): 1769-1777.

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粤北地区新生仔猪腹泻病原学调查及PEDV ORF3基因分子特征和遗传变异分析

Etiological Investigation of Diarrhea in Newborn Piglets and Molecular Characterization and Genetic Variation Analysis of ORF3 Gene of PEDV in North Guangdong

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