猪圆环病毒2型江西株的全基因组克隆和序列分析

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.03.024

《中国畜牧兽医》 ›› 2017, Vol. 44 ›› Issue (3): 790-798.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.03.024

猪圆环病毒2型江西株的全基因组克隆和序列分析

蔡高峰, 李凯, 张黎, 王伟松, 何后军

江西农业大学动物科学技术学院, 南昌 330045

收稿日期:2016-08-03 出版日期:2017-03-20 发布日期:2017-03-21
通讯作者: 何后军 E-mail:hehoujun@163.com
作者简介:蔡高峰(1992-),男,浙江诸暨人,硕士生,研究方向:动物传染病,E-mail:568636548@qq.com
基金资助:
江西省研究生创新专项资金（YC2013-S123）

Cloning and Sequence Analysis of Complete Genomes of Porcine Circovirus Type 2 (PCV-2) Jiangxi Strains

CAI Gao-feng, LI Kai, ZHANG Li, WANG Wei-song, HE Hou-jun

College of Animal Science and Technology, Jiangxi Agricultural University, Nanchang 330045, China

Received:2016-08-03 Online:2017-03-20 Published:2017-03-21

摘要/Abstract

摘要：

为了解江西地区猪圆环病毒2型（PCV-2）的流行和进化情况，根据GenBank上已发表的PCV-2全基因序列设计1对引物，PCR扩增后得到9条PCV-2全基因序列，并对其全基因序列核苷酸和蛋白序列进行分析，绘制遗传进化树。结果表明，江西地区流行的9株PCV-2中，基因组序列全长分为8株1 767 bp和1株1 768 bp，9株PCV-2的核苷酸同源性为94.7%~99.9%，与GenBank己发表的PCV-2分离株全基因组同源性介于94.3%~99.8%之间，而9株PCV-2的ORF1核苷酸序列同源性为96.9%~100.0%。ORF2和ORF3编码的蛋白氨基酸序列存在部分位点突变。遗传进化树显示为3种基因型：5株PCV-2b、3株PCV-2d、1株PCV-2a。本研究有助于江西地区PCV-2的监测和防制。

关键词: 猪圆环病毒2型; 全基因组; 序列分析

Abstract:

In order to understand the epidemiology and evolution of PCV-2 in Jiangxi province, a pair of primers was designed according to the PCV-2 gene sequence published in GenBank. After PCR amplification, we got the whole genome sequence of 9 strains PCV-2 isolates, and the nucleotide and protein sequences were analyzed, the genetic evolutionary tree was constructed. The results showed that the complete genome of 8 out of the 9 strains were 1 767 bp in length and one strain was 1 768 bp. By analyzing the whole genome sequences of the nucleotide,the homology of nucleotide sequences of the 9 strains was 94.7% to 99.9%.Compared with other whole genome sequences of PCV-2 in GenBank, the homology was 94.3% to 99.8%. The homology of nucleotide sequences of the ORF1 of the 9 strain was 96.9% to 100.0%. ORF2 and ORF3 encoding protein amino acid sequence had some locus mutation. Phylogenetic tree analysis showed that the 9 strains could be divided into 3 genotypes,5 strains belonged to PCV-2b, 3 strains belonged to PCV-2d, and 1 strain belonged to PCV-2a. This study was helpful to monitor and control of PCV-2 in Jiangxi province.

Key words: PCV-2; whole genome; sequence analysis

中图分类号:

S852.65

蔡高峰, 李凯, 张黎, 王伟松, 何后军. 猪圆环病毒2型江西株的全基因组克隆和序列分析[J]. 《中国畜牧兽医》, 2017, 44(3): 790-798.

CAI Gao-feng, LI Kai, ZHANG Li, WANG Wei-song, HE Hou-jun. Cloning and Sequence Analysis of Complete Genomes of Porcine Circovirus Type 2 (PCV-2) Jiangxi Strains[J]. , 2017, 44(3): 790-798.

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猪圆环病毒2型江西株的全基因组克隆和序列分析

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