略阳乌鸡线粒体DNA控制区(D-loop)的遗传多样性分析

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.01.024

《中国畜牧兽医》 ›› 2017, Vol. 44 ›› Issue (1): 173-179.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.01.024

略阳乌鸡线粒体DNA控制区(D-loop)的遗传多样性分析

尹亚军, 杜伟立, 王令, 张涛

陕西理工大学生物科学与工程学院, 汉中 723000

收稿日期:2016-06-12 出版日期:2017-01-20 发布日期:2017-01-19
通讯作者: 张涛 E-mail:zl780823@163.com
作者简介:尹亚军(1991-),男,河南西平县人,硕士生,研究方向:生物重要性状相关基因与功能,E-mail:y928430500@sina.com
基金资助:
陕西省教育厅专项科研计划项目（15JK1145）；陕西理工学院研究生创新基金（SLGYCX1520）

Genetic Diversity of Lueyang Black-bone Chicken Based on Mitochondrial DNA D-loop Region Sequence

YIN Ya-jun, DU Wei-li, WANG Ling, ZHANG Tao

School of Biological Sciences & Engineering, Shaanxi SCI-TECH University, Hanzhong 723000, China

Received:2016-06-12 Online:2017-01-20 Published:2017-01-19

摘要/Abstract

摘要：

为了研究略阳乌鸡线粒体DNA控制区（mtDNA D-loop）的遗传多样性和起源，本研究对30只略阳乌鸡样品的mtDNA D-loop全序列进行了PCR扩增和测序，结合GenBank中公布的其他鸡的D-loop区序列，分析略阳乌鸡线粒体多态性及其起源。结果表明，略阳乌鸡mtDNA D-loop区全序列中，A、C、G、T平均含量分别为26.6%、26.6%、13.4%和33.4%，26个核苷酸多态位点均为转换位点，核苷酸多样度（Pi）为0.00705，单倍型变异度（Hd）为1.000，中性检验Tajima's D值为-0.47272。通过群体构建的系统进化树发现，略阳乌鸡样品在系统进化树上聚为4大分支。研究结果表明，略阳乌鸡群体内个体序列变异程度较大，遗传多样性丰富，揭示略阳乌鸡在遗传组成上具有4个母系来源。

关键词: 略阳乌鸡; 线粒体DNA D-loop; 遗传多样性

Abstract:

This study was aimed to assess mitochondrial DNA D-loop sequence diversity and origin of Lueyang Black-bone chicken.The mtDNA D-loop sequence of 30 individuals from Lueyang Black-bone chicken were amplified by PCR and subsequently sequenced.The mtDNA D-loop sequence of other chicken were collected from GenBank and used as reference sequences to analyze the diversity and origin of Lueyang Black-bone chicken.The results revealed that the average values of base composition of A,C,G and T in mtDNA D-loop the sequence of Lueyang Black-bone chicken were 26.6%,26.6%,13.4% and 33.4%,respectively.26 nucleotide polymorphic sites were transition.The average nucleotide diversity (Pi) of the sites and haplotype diversity (Hd) were 0.00705 and 1.000,and the value of Tajima's D was -0.47272.Phylogenetic tree showed that samples were clusted in 4 clades. In the research, it could be concluded that the genetic diversity was relatively rich and wealthy and there were 4 maternal origins to Lueyang Black-bone chicken population.

Key words: Lueyang Black-bone chicken; mtDNA D-loop; genetic diversity

中图分类号:

S831

尹亚军, 杜伟立, 王令, 张涛. 略阳乌鸡线粒体DNA控制区(D-loop)的遗传多样性分析[J]. 《中国畜牧兽医》, 2017, 44(1): 173-179.

YIN Ya-jun, DU Wei-li, WANG Ling, ZHANG Tao. Genetic Diversity of Lueyang Black-bone Chicken Based on Mitochondrial DNA D-loop Region Sequence[J]. , 2017, 44(1): 173-179.

参考文献

[1] 陕西省家畜家禽品种志编辑委员会.陕西省家畜家禽品种志[M].西安:三秦出版社,1988.
[2] 侯文通.中国西北重要地方畜禽遗传资源[M].北京:中国农业出版社,2010.
[3] 赵汉成,朱勇斌,王泉镔,等.略阳乌鸡申报国家地理标志产品保护的探讨[J].家禽科学,2008,11:38-39.
[4] 李彩霞.略阳乌鸡保种利用现状与综合开发对策探讨[J].家禽科学,2010,11:31-33.
[5] 苗永旺,叶朗惠,陈涛,等.文山山地乌骨鸡微卫星DNA多态性分析[J].云南农业大学学报(自然科学版),2009,24(1):63-66.
[6] Andserson S,Bankier A T,Barrell B G,et al.Sequence and organization of the human mitochondrial genome[J].Nature,1981,290(5806):457-465.
[7] 刘若余,夏先林,雷初朝,等.贵州黄牛mtDNA D-loop遗传多样性研究[J].遗传,2006,28(3):279-284.
[8] Brown W M.Mechanisms of evolution in animal mitochondrial DNA[J].Annals of the New York Academy of Sciences,1981,361:119-132.
[9] 贡潘偏抽,刘丽仙,李大林,等.基于线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)序列分析瓢鸡的遗传多样性[J].云南农业大学学报(自然科学版),2011,26(2):211-214.
[10] 徐振彪,郑艳,宋林霞.芦花鸡线粒体DNA D-loop区部分片段的克隆及分析[J].中国家禽,2008,30(14):16-18.
[11] 黄族豪,潘刘阳,肖宜安.江西井冈山地区灰胸竹鸡的遗传多样性研究[J].四川动物,2009,28(2):264-267.
[12] 吴婵,李辉,李敬瑞,等.基于线粒体DNA控制区(mtDNA D-loop)序列分析贵妃鸡的遗传多样性[J].中国畜牧兽医,2012,39(12):137-140.
[13] 高玉时, 贾晓旭, 唐修君, 等. 基于线粒体基因组D-loop区全序列分析安义瓦灰鸡遗传多样性及其起源进化关系[J].农业生物技术学报,2015,23(7):940-944.
[14] 贾晓旭,唐修君,陆俊贤, 等.基于线粒体DNA D-loop区全序列分析藏鸡遗传多样性及其起源进化关系的研究[J].东北农业大学学报,2015,46(2):32-36.
[15] 包文斌, 束婧婷, 王存波,等.中国家鸡和红色原鸡mtDNA控制区遗传多态性及系统进化分析[J].畜牧兽医学报,2008,39(11):1449-1459.
[16] 於建国,陈静波,多来提尼牙孜·依明,等.和田黑鸡mtDNA控制区D-Loop序列分析[J].中国畜牧兽医,2011,38(7):105-107.
[17] 黄道平,李大林,袁峰,等.西畴乌骨鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析[J].云南大学学报,2010,25(3):374-376.
[18] 武玉珍,冯睿芝,张峰.珍禽褐马鸡线粒体DNA控制区结构和亲缘关系[J].生态学杂志,2013,32(12):3243-3249.
[19] 王文涛,陈彬,阳光远,等.百宜黑鸡与兴义矮脚鸡线粒体DNA控制区遗传多样性分析[J].遗传繁育,2011,38(6):126-127.
[20] 武艳平,霍俊宏,刘林秀,等.江西地方鸡的系统进化及遗传多样性研究[J].江西农业大学学报,2011,33(6):1160-1163.
[21] Liu Y P,Wu G S,Yao Y G,et al.Multiple maternal origins of chickens:Out of the Asian jungles[J].Molecular Phylogenetics and Evolution,2006,38(1):12-19.

略阳乌鸡线粒体DNA控制区(D-loop)的遗传多样性分析

Genetic Diversity of Lueyang Black-bone Chicken Based on Mitochondrial DNA D-loop Region Sequence

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[1]	韩大勇, 周春宝, 倪黎纲, 陈章言, 赵锦明. 苏姜猪mtDNA D-loop序列的遗传多样性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1472-1479.
[2]	熊陈勇, 尹彦文, 施开创, 李军, 郑敏, 韦显凯, 冯淑萍, 龙凤, 屈素洁, 陆文俊, 周洪槿, 黄海莲, 谢守玉, 黎宗强. 2019-2021年鸭坦布苏病毒广西流行毒株遗传多样性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(8): 3099-3111.
[3]	彭彩淳, 李斌强, 王野影, 粟海军. 基于线粒体Cytb基因的贵州野猪(Sus scrofa) 群体遗传多样性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(7): 2601-2612.
[4]	张淑雅, 张纪桥, 蔡瑛婕, 曹敞, 张建华, 张建勤. 不同日龄略阳乌鸡肉品质对比与最佳上市日龄分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(6): 2165-2175.
[5]	张强, 洛桑顿珠, 巴桑旺堆, 彭阳洋, 俄广鑫, 尼玛次仁, 索朗多吉, 巴多, 旦巴, 鲜莉莉, 旦巴加参, 支张, 平措占堆. 利用微卫星遗传标记评估5个西藏牦牛群体遗传多样性及群体结构[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(6): 2228-2238.
[6]	郭銮英, 李家磊, 金芹芹, 马骏, 刘全. 牛丙型肝炎病毒研究进展[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(5): 1994-2000.
[7]	刘晓玮, 李瑞香, 王兴龙, 李晓. 基于mtDNA Cytb基因和D-loop区序列的陕西林麝遗传多样性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(4): 1352-1363.
[8]	李中波, 侯强红. 湖南省怀化地区白纹伊蚊核糖体18S rRNA和线粒体cox1基因的序列测定及分析[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(8): 2736-2745.
[9]	房瑞新, 田雪琪, 邹晨, 董依萌, 李洋, 邢秀梅, 刘欣. 利用Y染色体SRY基因分析马鹿的父系起源和遗传多样性[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(7): 2457-2466.
[10]	李广祯, 马志杰, 陈生梅, 尕布藏, 李瑞哲. 基于mtDNA D-loop序列探究门源白牦牛与天祝白牦牛间的遗传差异[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(5): 1647-1654.
[11]	肖逸, 王孟文, 张秀英, 古丽扎尔·阿不都克力木, 韩建林, 王玉涛. 基于mtDNA Cytb基因的马可·波罗盘羊遗传多样性与起源进化分析[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(5): 1681-1690.
[12]	房瑞新, 田雪琪, 邹晨, 董依萌, 刘欣, 邢秀梅. 马鹿的起源进化与遗传多样性研究进展[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(12): 4575-4587.
[13]	李静, 郭丽君, 王莉, 胡平, 肖逸, 韩建林, 王玉涛. 喀喇昆仑-帕米尔地区牦牛mtDNA D-loop区遗传多样性及系统发育分析[J]. 中国畜牧兽医, 2020, 47(8): 2481-2492.
[14]	李莹, 何国戈, 王艳, 何静怡, 黄爱珍, 郑经成, 葛影影, 罗成龙. 4个优质鸡群体mtDNA D-loop区遗传多样性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2020, 47(2): 469-478.
[15]	王坤, 豆腾飞, 李琦华, 柳明正, 李丰耘, 贾俊静, 葛长荣. 云南3个新发掘地方鸡种mtDNA D-loop区序列遗传多样性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2020, 47(10): 3232-3241.