猪肌分化因子1基因启动子区多态性及生物信息学研究

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2016.05.028

›› 2016, Vol. 43 ›› Issue (5): 1308-1315.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2016.05.028

猪肌分化因子1基因启动子区多态性及生物信息学研究

张雄¹, 张勇¹, 陈祥^1,2, 李俊¹, 白优¹, 陈村年², 李冬光²

1. 贵州大学动物科学学院, 贵州大学高原山地动物遗传育种与繁殖省部共建教育部重点实验室, 贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室, 贵阳 550025;
2. 贵州省生猪健康养殖工程技术研究中心, 贵阳 550025

收稿日期:2015-11-12 出版日期:2016-05-20 发布日期:2016-05-23
通讯作者: 张勇 E-mail:as.yzhang@gzu.edu.cn
作者简介:张雄(1991-),男,贵州毕节人,硕士生,研究方向:动物遗传育种与种质资源创新,E-mail:1318704989@qq.com
基金资助:
贵州省工程中心建设项目(黔科合农C字[2011]4022号)

Study on Polymorphisms and Bioinformatics of MyoD1 Gene Promoter Region in Pig

ZHANG Xiong¹, ZHANG Yong¹, CHEN Xiang^1,2, LI Jun¹, BAI You¹, CHEN Cun-nian², LI Dong-guang²

1. Key Laboratory of Animal Genetics, Breeding and Reproduction in the Plateau Mountainous Region, Ministry of Education, Guizhou Key Laboratory of Animal Genetics, Breeding and Reproduction, College of Animal Science, Guizhou University, Guiyang 550025, China;
2. Guizhou Engineering Technology Research Center for Healthy Pig Breeding, Guiyang 550025, China

Received:2015-11-12 Online:2016-05-20 Published:2016-05-23

摘要/Abstract

摘要： 为揭示猪肌分化因子(myogenic differentiation 1,MyoD1)基因启动子区多态性,本试验分别以野猪×从江香猪二元杂交猪、杜×长×大外三元杂交猪及贵州宗地花猪为研究对象,采用DNA池和直接测序技术,筛选MyoD1基因5'UTR及部分第1外显子区SNP位点,利用生物信息学软件预测SNP位点对核心启动子区、CpG岛和转录因子结合位点的影响。结果表明,在MyoD1基因5'UTR及部分第1外显子区筛查到3个SNPs位点,分别为A-39G、T+150C和C+227G;生物信息学软件预测发现,A-39G位点附近出现重要转录因子结合位点消失和新位点生成;CpGIslandsearcher软件分析得到多态位点突变前后CpG岛大小及GC含量发生改变,据此推测猪MyoD1基因5'UTR区域的A-39G位点对调控启动子功能元件有重要影响。

关键词: MyoD1基因; SNP; 启动子; 生物信息学

Abstract: In order to reveal the polymorphism of MyoD1 gene promoter in pigs, three pig breeds(wild boar Xiang pigs, commercial crossbred pigs and Guizhou Zongdi Hua pigs) were selected as the experimental subjects.By constructing DNA pool and using the technology of direct sequencing to screen the single nucleotide polymorphism on MyoD1 gene promoter region in three groups.Variety bioinformatics softwares were used to predict the core region of the promoter, transcription factors binding sites and CpG island.The results showed that the experiment had totally found three SNPs in MyoD1 gene, among these SNPs, A-39G was located in 5'UTR, T+150C and C+227G were located in exon 1.It was identified that various new transcription factors binding sites emerged and some significant transcription factors binding sites disappeared at the region nearby A-39G site.The software of CpG island searcher indicated that SNP mutation could change the range of CpG island and the content of GC.Therefore, A-39G site locating MyoD1 gene 5'UTR had an important effect on regulating the functional element of promoter.

Key words: MyoD1 gene; SNP; promoter; bioinformatics

中图分类号:

S813.3

张雄, 张勇, 陈祥, 李俊, 白优, 陈村年, 李冬光. 猪肌分化因子1基因启动子区多态性及生物信息学研究[J]. , 2016, 43(5): 1308-1315.

ZHANG Xiong, ZHANG Yong, CHEN Xiang, LI Jun, BAI You, CHEN Cun-nian, LI Dong-guang. Study on Polymorphisms and Bioinformatics of MyoD1 Gene Promoter Region in Pig[J]. , 2016, 43(5): 1308-1315.

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猪肌分化因子1基因启动子区多态性及生物信息学研究

Study on Polymorphisms and Bioinformatics of MyoD1 Gene Promoter Region in Pig

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