利用Y染色体AMELY基因分析中国马鹿的遗传多样性

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2016.03.029

›› 2016, Vol. 43 ›› Issue (3): 761-767.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2016.03.029

利用Y染色体AMELY基因分析中国马鹿的遗传多样性

苏莹^1,2, 邢秀梅², 邵元臣², 王洪亮², 张然然², 鞠贵春¹

1. 吉林农业大学中药材学院, 长春 130118;
2. 中国农业科学院特产研究所, 特种经济动物分子生物重点实验室, 长春 130112

收稿日期:2015-08-17 出版日期:2016-03-20 发布日期:2016-03-30
通讯作者: 鞠贵春 E-mail:984945598@qq.com
作者简介:苏莹(1990-),女,黑龙江桦川人,硕士生,研究方向:特种经济动物饲养,E-mail:suying1001@126.com
基金资助:
特种动物遗传资源创新团队(CAAS-ASTIP-201X-ISAPS)

Genetic Diversity Analysis of Cervus elaphus Using AMELY Gene in Y Chromosome

SU Ying^1,2, XING Xiu-mei², SHAO Yuan-chen², WANG Hong-liang², ZHANG Ran-ran², JU Gui-chun¹

1. Chinese Medical Material College, Jilin Agricultural University, Changchun 130118, China;
2. State Key Laboratory of Special Economic Animal Molecular Biology, Institute of Special Wild Economic Animal and Plant Science, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Changchun 130112, China

Received:2015-08-17 Online:2016-03-20 Published:2016-03-30

摘要/Abstract

摘要： 本研究利用Y染色体AMELY基因分析中国马鹿的遗传多样性,对塔河马鹿、伊河马鹿、阿尔泰马鹿、东北马鹿、甘肃马鹿共200个个体的AMELY基因片段测序,分析马鹿Y染色体的单倍型多样性,通过构建系统进化树,研究中国马鹿的群体遗传多样性并对马鹿的父系起源进行探讨。结果显示:塔河马鹿变异位点最多,具有很高的核苷酸多样性,与其他马鹿间的遗传距离远;本试验共定义了6个单倍型,分别为A1、A2、A3、A4、A5、A6,其中塔河马鹿、阿尔泰马鹿和甘肃马鹿具有独有的单倍型;利用所获得AMELY基因序列,构建NJ和ML系统进化树发现:塔河马鹿自成一个单系;甘肃马鹿自成一个单系,伊河马鹿、阿尔泰马鹿、甘肃马鹿、东北马鹿聚成一类,阿尔泰马鹿、塔河马鹿、东北马鹿聚成一类,塔河马鹿、甘肃马鹿与其他马鹿之间可能存在基因交流。

关键词: 马鹿; Y染色体; AMELY基因; 父系起源

Abstract: In order to determine the genetic diversity in Cervus elaphus using AMELY gene in Y chromosome,200 blood samples from Cervus elaphus yarkandensis,Cervus elaphus asiaticus,Cervus elaphus xanthopygus,Cervus elaphus songaricus and Cervus elaphus kansuensis populations were collected and AMELY genes were sequenced in this study.The haplotype diversity of Y chromosome was analyed,phylogenetic tree was built to explore the genetic diversity and the paternal origins about Cervus elaphus.The results showed that:Cervus elaphus yarkandensis had the most variation sites and the highest nucleotide diversity.The genetic distance between Cervus elaphus yarkandensis and other Cervus elaphus were far.6 haplotypes were identified in this study,named as A1,A2,A3,A4,A5 and A6,respectively.Cervu elaphus yarkandensis,Cervus elaphus asiaticus and Cervus elaphus kansuensis had separate haplotype.The NJ and ML phylogenetic trees showed that Cervus elaphus songaricus,Cervus elaphus asiaticus,Cervus elaphus xanthopygus and Cervus elaphus kansuensis clustered together which Cervus elaphus yarkandensis and Cervus elaphus kansuensis were form a department,separately.Cervus elaphus asiaticus,Cervus elaphus xanthopygus and Cervus elaphus yarkandensis clustered into one branches and there might be gene exchange among Cervus elaphus yarkandensis,Cervus elaphus kansuensis and other Cervus elaphus.

Key words: Cervus elaphus; Y chromosome; AMELY gene; paternal origins

中图分类号:

Q786

苏莹, 邢秀梅, 邵元臣, 王洪亮, 张然然, 鞠贵春. 利用Y染色体AMELY基因分析中国马鹿的遗传多样性[J]. , 2016, 43(3): 761-767.

SU Ying, XING Xiu-mei, SHAO Yuan-chen, WANG Hong-liang, ZHANG Ran-ran, JU Gui-chun. Genetic Diversity Analysis of Cervus elaphus Using AMELY Gene in Y Chromosome[J]. , 2016, 43(3): 761-767.

参考文献

[1] 邢秀梅,杨福合,张兆刚,等.中国马鹿线粒体DNA多态性分析[A].首届中国鹿业发展大会暨中国畜牧业协会鹿业分会成立大会[C].2013.
[2] 徐舒远,陈和平,党瑞华,等.家畜Y染色体分子遗传多样性研究进展[J].家畜生态学报,2014,2:1-5.
[3] 邵元臣,刘华淼,张然然,等.鹿科动物线粒体DNA概述及分子进化研究进展[J].特产研究,2014,2:67-70.
[4] Zha D M,Xing X M,Yang F H.A multiplex PCR assay for fraud identification of deer products[J].Food Contro1,2010,21:l402-1407.
[5] Baraneková M.Krojerová-Prokešová J,Voloshina I V,et al.The origin and genetic variability of the Czech sika deer population[J].Ecological Research,2012,27(6):991-1003.
[6] 涂剑锋,邢秀梅,刘玲玲,等.基于线粒体控制区全序列的鹿亚科系统发育分析[J].西北农业学报,2012,3:22-26.
[7] Ludwig A,Alderson L,Fandrey E,et al.Tracing the genetic roots of the indigenous White Park cattle[J].Animal Genetic,2013,44(4):383-386.
[8] Li R,Wang S Q,Xu S Y,et al.Novel Y-chromosome polymorphisms in Chinese domestic yak[J].Anim Genet,2014,45(3):449-452.
[9] 崔奎青.线粒体DNA在家畜遗传多样性研究中的应用[J].中国畜牧兽医,2008,35(6):59-63.
[10] Tamura K,Stecher G,Peterson D,et al.Mega6:Molecular evolutionary genetics analysis version 6.0[J].Molecular Biology and Evolution,2013,30:2725-2729.
[11] Kimura M.A simple method for estimating evolutionary rate of base substitutions through comparative studies of nucleotide sequences[J].Journal of Molecular Evolution,1980,16(2):111-120.
[12] Felsenstein J.Confidencelimits on phylogenies:An approach using the bootstrap[J].Evolution,1985,39:783-791.
[13] Liu Z,Wang J,Sun Y,et al.Complete mitochondrial genome of a wild Alashan red deer(Cervus elaphus alxaicus)[J].Mitochondrial DNA,2015,19:1-2.
[14] Shao Y,Su W,Liu H,et al.Complete mitochondrial genome sequence of northeastern red deer (Cervus elaphus xanthopygus)[J].Mitochondrial DNA,2016,27(1):547-548.
[15] 邓铸疆,任站军,熊建杰,等.西北马鹿群体遗传多样性及系统地位[J].西北农林科技大学学报,2010,38(9):42-52.
[16] 张学维,马长华,白根本.塔河马鹿特异性PCR及PCR-RFLP鉴定[J].中华中医药杂志,2011,26(3):570-573.
[17] Li Y,Ba H,Yang F.Complete mitochondrial genome of Cervus elaphus songaricus (Cetartiodactyla:Cervinae)and a phylogenetic analysis with related species[J].Mitochondrial DNA,2016,27(1):620-621.
[18] 李秋艳,邓铸疆,熊建杰,等.新疆马鹿群体遗传多样性及起源进化研究[J].中国草食动物科学,2013,33(4):8-11.
[19] 董晓宇,单文娟,于丽娟,等.塔河马鹿(Cervus elaphus yarkandensis)遗传结构及遗传多样性分析[J].生物技术,2010,20(5):16-20.
[20] 任战军,邓铸疆,熊建杰,等.西北马鹿群体遗传多样性及系统地位研究[A].首届中国鹿业发展大会暨中国畜牧业协会鹿业分会成立大会[C].2010.
[21] 邓铸疆.西北马鹿群体遗传多样性及系统地位[D].杨凌:西北农林科技大学,2010.
[22] 王洪亮,任战军,王乐,等.新疆马鹿群体的系统发育[J].西北农业学报,2008,17(5):25-29.

利用Y染色体AMELY基因分析中国马鹿的遗传多样性

Genetic Diversity Analysis of Cervus elaphus Using AMELY Gene in Y Chromosome

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[1]	邓伊华, 王天娇, 王洪亮, 董依萌, 刘欣, 邢秀梅. 基于重测序技术的塔河马鹿特异性SNP位点筛选[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(4): 1413-1421.
[2]	房瑞新, 田雪琪, 邹晨, 董依萌, 李洋, 邢秀梅, 刘欣. 利用Y染色体SRY基因分析马鹿的父系起源和遗传多样性[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(7): 2457-2466.
[3]	塔依尔江·麦麦提, 苏比奴尔·艾力, 布威海丽且姆·阿巴拜科日, 马合木提·哈力克. 塔里木马鹿干旱环境适应相关基因的筛选、克隆及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(6): 1906-1917.
[4]	范欢欢, 王天骄, 董依萌, 李洋, 刘汇涛, 邢秀梅. 马鹿特异性SNP分子标记的验证[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(4): 1313-1322.
[5]	房瑞新, 田雪琪, 邹晨, 董依萌, 刘欣, 邢秀梅. 马鹿的起源进化与遗传多样性研究进展[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(12): 4575-4587.
[6]	曹英, 库尔班·吐拉克, 杨开伦, 贺贺千, 华兴耀, 李璐, 金大智, 杨玮, 李彦林. 精料中维生素A添加水平对生茸期马鹿日粮营养物质消化、血液生化指标及鹿茸产量的影响[J]. 中国畜牧兽医, 2020, 47(8): 2454-2463.
[7]	贾存辉, 钱文熙, 吐尔逊阿依·赛买提, 古力皮叶木·阿布都克然木, 敖维平. 日粮能氮比对塔里木马鹿瘤胃体外发酵的影响[J]. 《中国畜牧兽医》, 2019, 46(6): 1619-1627.
[8]	刘俊峰, 王晓婷, 钟婷, 郭雪峰. 塔里木马鹿鹿茸VEGF基因克隆及其在不同鹿茸组织中的表达研究[J]. 《中国畜牧兽医》, 2017, 44(5): 1289-1294.
[9]	魏丽敏, 孙丽荣, 张永生, 席继锋, 李超程, 王绪海, 王香祖, 贾斌. 马鹿Zfx/Zfy基因的克隆及序列分析[J]. 《中国畜牧兽医》, 2016, 43(9): 2272-2278.
[10]	木沙·托合提, 张俊杰, 艾海提, 李和平, 华兴耀, 敬斌宇, 库尔班·吐拉克. 不同浓度Ca²⁺对塔里木马鹿冻融精子体外获能及蛋白酪氨酸磷酸化的影响[J]. 《中国畜牧兽医》, 2016, 43(8): 2128-2134.
[11]	热木图拉·阿卜杜克热木, 孜拉吉古丽·西克然木, 宁礼群, 古再努尔·孜比比拉, 艾孜孜江·乃比, 布左拉·吐尔逊, 夏米西丁·阿不都热依木, 马合木提·哈力克. 利用微卫星标记分析天山马鹿两个圈养种群遗传多样性[J]. 《中国畜牧兽医》---唯一指定的官方网站, 2015, 42(9): 2436-2443.
[12]	艾孜孜江·乃比, 夏米西丁·阿不都热依木, 布左拉·吐尔逊, 孜拉吉古丽·西克然木, 阿依努尔·阿卜杜艾尼, 古再努尔·孜比比拉, 热木图拉·阿卜杜克热木, 马合木提·哈力克. 使用粪球形态指标快速判别天山马鹿的性别[J]. 中国畜牧兽医, 2014, 41(9): 189-193.
[13]	宋兴超;杨福合;邢秀梅;刘汇涛;岳志刚. 甘肃马鹿MyoG基因5′UTR单核苷酸多态性检测及其序列变异分析[J]. , 2010, 37(9): 100-105.
[14]	石琴;张华成;托尔更;杨富云. 马鹿肠毒血症的诊断与治疗[J]. , 2009, 36(6): 174-174.