京海黄鸡γ-干扰素水平的全基因组关联分析

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2015.02.001

›› 2015, Vol. 42 ›› Issue (2): 245-250.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2015.02.001

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京海黄鸡γ-干扰素水平的全基因组关联分析

王文浩^1,2, 张涛^1,2, 张跟喜^1,2, 王金玉^1,2, 李国辉^1,2, 王永娟³

1. 扬州大学动物科学与技术学院, 扬州 225009;
2. 江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室, 扬州 225009;
3. 江苏京海集团, 南通 226103

收稿日期:2014-09-03 出版日期:2015-02-20 发布日期:2015-02-13
通讯作者: 王金玉 E-mail:jywang@yzu.edu.cn
作者简介:王文浩(1988-),男,江苏射阳人,博士生,研究方向:动物遗传育种与繁殖,Tel:0514-87979075;E-mail:691042495@qq.com
基金资助:
国家肉鸡产业技术体系(nycytx-42-G1-05);江苏高校优势学科建设工程;江苏省动物遗传繁育与分子设计重点实验室

Genome-wide Association Study on INF-γ in Jinghai Yellow Chicken

WANG Wen-hao^1,2, ZHANG Tao^1,2, ZHANG Gen-xi^1,2, WANG Jin-yu^1,2, LI Guo-hui^1,2, WANG Yong-juan³

1. College of Animal Science and Technology, Yangzhou University, Yangzhou 225009, China;
2. Key Laboratory for Animal Genetics, Breeding, Reproduction and Molecular Design of Jiangsu Province, Yangzhou 225009, China;
3. Jiangsu Jinghai Industry Poultry Group Co., Ltd., Nantong 226103, China

Received:2014-09-03 Online:2015-02-20 Published:2015-02-13

摘要/Abstract

摘要： 试验旨在寻找影响京海黄鸡γ-干扰素(IFN-γ)水平的分子标记。本研究以京海黄鸡核心群母鸡为基础,测定了血清中INF-γ的浓度,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联分析(GWAS),检测与INF-γ浓度相关的SNPs位点。结果共检测到1个在基因组水平上与其潜在显著相关的SNP位点,并达到染色体显著水平。该SNP位于2号染色体上MYOM1基因内部。使用GO数据库对该基因的细胞组分、分子功能和参与的生物进程进行分析,由结果推断MYOM1基因可能为影响京海黄鸡细胞因子INF-γ水平的重要候选基因。

关键词: 简化基因组测序; 京海黄鸡; INF-γ; 全基因组关联分析

Abstract: In order to reveal the molecular marker that influenced Jinghai Yellow chicken's INF-γ level.This research was based on female Jinghai Yellow chicken in core group and had measured the INF-γ concentration in serum.Genome-wide association study was carried out using specific-locus amplified fragment sequencing technology to detect SNP associated with this trait.Finally,one SNP that potentially associated with INF-γ was detected and it reached the chromosome significant level.This SNP was located in MYOM1 gene on chromosome 2.The cellular component,molecular function and biological process were analyzed using GO database.Furthermore,the result showed that MYOM1 gene was an important candidate genes affecting INF-γ in Jinghai Yellow chicken.

Key words: SLAF-seq; Jinghai Yellow chicken; INF-γ; genome-wide association study

中图分类号:

王文浩, 张涛, 张跟喜, 王金玉, 李国辉, 王永娟. 京海黄鸡γ-干扰素水平的全基因组关联分析[J]. , 2015, 42(2): 245-250.

WANG Wen-hao, ZHANG Tao, ZHANG Gen-xi, WANG Jin-yu, LI Guo-hui, WANG Yong-juan. Genome-wide Association Study on INF-γ in Jinghai Yellow Chicken[J]. , 2015, 42(2): 245-250.

参考文献

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Genome-wide Association Study on INF-γ in Jinghai Yellow Chicken

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