猪伪狂犬病病毒SL株TK基因的克隆与生物信息学分析

›› 2012, Vol. 39 ›› Issue (6): 26-30.

猪伪狂犬病病毒SL株TK基因的克隆与生物信息学分析

张士强, 易悦, 徐志文, 朱玲

四川农业大学动物医学院,四川雅安 625014

修回日期:2011-11-25 出版日期:2012-06-20 发布日期:2012-07-02
通讯作者: 徐志文,男,四川人,教授,博士生导师,从事预防兽医学研究。E-mail:abtcxzw@126.com E-mail:abtcxzw@126.com
作者简介:张士强(1989－),男,河南人,本科生,研究方向:生物工程动物医学。
基金资助:
科技部国家科技支撑计划(2006BAD06A18);教育部长江学者和创新团队发展计划项目(IRT0848)。

Bioinformatics Analysis of TK Gene of Pseudorabies Virus SL Strain from Pigs

ZHANG Shi-qiang, YI Yue, XU Zhi-wen, ZHU Ling

College of Veterinary Medicine,Sichuan Agricultural University,Ya’an 625014,China

Revised:2011-11-25 Online:2012-06-20 Published:2012-07-02

摘要/Abstract

摘要： 本试验对伪狂犬病病毒SL株(四川分离株)TK基因进行克隆,并对TK基因的同源性、遗传进化树、密码子偏嗜性、氨基酸结构及亲疏水性、跨膜区、信号肽进行了分析。结果显示,本研究成功克隆了PRV SL株TK全基因,其编码区长963 bp,编码320个氨基酸残基,与其他PRV分离株核苷酸序列同源性超过99.3%,编码的多肽链中疏水区域大于亲水区域,不含跨膜区及信号肽,不存在于病毒囊膜。

关键词: 伪狂犬病病毒; TK基因; 生物信息学分析

Abstract: TK gene of pseudorabies virus SL strain was cloned. Based on the sequence, the homology, phylogeny tree, codon bias, amino acid structure, hydrophilic and hydrophobicity, transmembrane region and signal peptide were analyzed. The results showed that TK gene was successfully cloned and it consisted 963 nucleotides encoding a protein of 320 amino acids. The TK gene shared over 99.3% homology with that of the other PRV strains. PRV TK was predicted to not have the transmembrane region and signal peptide, and not be inside of virus envelope.

Key words: pseudorabies virus; TK gene; bioinformatics analysis

中图分类号:

张士强, 易悦, 徐志文, 朱玲. 猪伪狂犬病病毒SL株TK基因的克隆与生物信息学分析[J]. , 2012, 39(6): 26-30.

ZHANG Shi-qiang, YI Yue, XU Zhi-wen, ZHU Ling. Bioinformatics Analysis of TK Gene of Pseudorabies Virus SL Strain from Pigs[J]. China Animal Husbandry & Veterinary Medicine, 2012, 39(6): 26-30.

[1]	武月, 石兴亚, 张帅, 赵云环, 郭立明, 左玉柱, 范京惠. 猪伪狂犬病病毒分离鉴定及gE和gC基因遗传进化分析[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(5): 2266-2277.
[2]	焦显芹, 马晓, 田润博, 刘颖, 马世杰, 陈红英. 表达猪圆环病毒2d型Cap蛋白的重组猪伪狂犬病病毒的构建[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(5): 2278-2286.
[3]	王林青, 张刘辉, 陈曦艋, 马世杰, 宋月, 陈红英. 猪瘟病毒E2基因部分表位区重组猪伪狂犬病病毒的构建及生物学特性研究[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(4): 1815-1824.
[4]	赵文卿, 薄新文, 普娜, 张玉霞, 陈旭珂, 张艳艳, 孙艳, 齐萌, 王正荣. 细粒棘球绦虫EgBAL蛋白的生物信息学分析及原核表达[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(2): 801-810.
[5]	闫尊强, 梁毓豪, 宋科林, 滚双宝, 王鹏飞. 合作猪SIRT3基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2024, 51(4): 1390-1399.
[6]	梁东阁, 姚晨, 柴雅静, 蔡梦攀, 褚贝贝, 鲁维飞, 王江, 曾磊, 刘忠虎, 明胜利. 猪源Rab基因shRNA文库与稳定细胞株的构建及其对猪伪狂犬病病毒增殖的影响[J]. 中国畜牧兽医, 2024, 51(3): 1250-1258.
[7]	杨大为, 刘书怡, 蔺雅婷, 陈虎, 张洪亮, 李桂梅. 猪伪狂犬病病毒gB蛋白单克隆抗体的制备及竞争ELISA检测方法的建立[J]. 中国畜牧兽医, 2024, 51(12): 5439-5448.
[8]	袁冬冬, 宋国华, 陈孟娟, 王智通, 柏中峰, 蔡含芳, 李明, 许会芬. 新西兰白兔CTSB、CTSS基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(9): 3499-3509.
[9]	王林青, 赵丽, 陈曦艋, 吴少峰, 韩莹莹, 刘芳, 金钺, 陈红英. 河南省猪伪狂犬病病毒野毒感染血清学调查及gE基因遗传变异分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(8): 3364-3372.
[10]	刘佳隆, 张译文, 张悦然, 孙奇娟, 陈建, 何雷, 贾艳艳, 丁轲, 余祖华. 鸡ELAVL1基因克隆、原核表达及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1807-1817.
[11]	卓娜, 朱忠武, 李静, 胡世享, 王建昌, 林华, 陈朝林, 韩佃刚, 艾军, 陈培富. 猪源戊型肝炎病毒ORF2蛋白生物信息学分析及真核表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1959-1970.
[12]	范冰峰, 李文, 刘理想, 赵向远, 邵静, 林乐丰, 孙慧敏, 张旭林, 许保增. 水貂AANAT基因克隆及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1307-1318.
[13]	贾新月, 马静, 张艳艳, 马勋, 王正荣, 薄新文. 细粒棘球绦虫EGR-07243和EGR-07244基因生物信息学分析及原核表达[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 847-858.
[14]	张婧旭, 徐玉, 梁海英, 曾智勇, 汤德元, 王彬, 徐松平, 万娟, 祝羊. 伪狂犬病病毒贵州分离株与疫苗株遗传进化和抗原表位分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 1093-1106.
[15]	韦义荣, 郑自华, 张叁保, 宋颖, 蒋海玉, 孙雯玥, 程鹏飞, 刘雨帆, 邹剑伟, 黄艳娜, 潘艳, 蒋钦杨. 努比亚山羊UCP1基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(2): 440-450.