猪伪狂犬病病毒SL株TK基因的克隆与生物信息学分析

›› 2012, Vol. 39 ›› Issue (6): 26-30.

猪伪狂犬病病毒SL株TK基因的克隆与生物信息学分析

张士强, 易悦, 徐志文, 朱玲

四川农业大学动物医学院,四川雅安 625014

修回日期:2011-11-25 出版日期:2012-06-20 发布日期:2012-07-02
通讯作者: 徐志文,男,四川人,教授,博士生导师,从事预防兽医学研究。E-mail:abtcxzw@126.com E-mail:abtcxzw@126.com
作者简介:张士强(1989－),男,河南人,本科生,研究方向:生物工程动物医学。
基金资助:
科技部国家科技支撑计划(2006BAD06A18);教育部长江学者和创新团队发展计划项目(IRT0848)。

Bioinformatics Analysis of TK Gene of Pseudorabies Virus SL Strain from Pigs

ZHANG Shi-qiang, YI Yue, XU Zhi-wen, ZHU Ling

College of Veterinary Medicine,Sichuan Agricultural University,Ya’an 625014,China

Revised:2011-11-25 Online:2012-06-20 Published:2012-07-02

摘要/Abstract

摘要： 本试验对伪狂犬病病毒SL株(四川分离株)TK基因进行克隆,并对TK基因的同源性、遗传进化树、密码子偏嗜性、氨基酸结构及亲疏水性、跨膜区、信号肽进行了分析。结果显示,本研究成功克隆了PRV SL株TK全基因,其编码区长963 bp,编码320个氨基酸残基,与其他PRV分离株核苷酸序列同源性超过99.3%,编码的多肽链中疏水区域大于亲水区域,不含跨膜区及信号肽,不存在于病毒囊膜。

关键词: 伪狂犬病病毒; TK基因; 生物信息学分析

Abstract: TK gene of pseudorabies virus SL strain was cloned. Based on the sequence, the homology, phylogeny tree, codon bias, amino acid structure, hydrophilic and hydrophobicity, transmembrane region and signal peptide were analyzed. The results showed that TK gene was successfully cloned and it consisted 963 nucleotides encoding a protein of 320 amino acids. The TK gene shared over 99.3% homology with that of the other PRV strains. PRV TK was predicted to not have the transmembrane region and signal peptide, and not be inside of virus envelope.

Key words: pseudorabies virus; TK gene; bioinformatics analysis

中图分类号:

张士强, 易悦, 徐志文, 朱玲. 猪伪狂犬病病毒SL株TK基因的克隆与生物信息学分析[J]. , 2012, 39(6): 26-30.

ZHANG Shi-qiang, YI Yue, XU Zhi-wen, ZHU Ling. Bioinformatics Analysis of TK Gene of Pseudorabies Virus SL Strain from Pigs[J]. , 2012, 39(6): 26-30.

[1]	刘佳隆, 张译文, 张悦然, 孙奇娟, 陈建, 何雷, 贾艳艳, 丁轲, 余祖华. 鸡ELAVL1基因克隆、原核表达及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1807-1817.
[2]	卓娜, 朱忠武, 李静, 胡世享, 王建昌, 林华, 陈朝林, 韩佃刚, 艾军, 陈培富. 猪源戊型肝炎病毒ORF2蛋白生物信息学分析及真核表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1959-1970.
[3]	范冰峰, 李文, 刘理想, 赵向远, 邵静, 林乐丰, 孙慧敏, 张旭林, 许保增. 水貂AANAT基因克隆及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1307-1318.
[4]	贾新月, 马静, 张艳艳, 马勋, 王正荣, 薄新文. 细粒棘球绦虫EGR-07243和EGR-07244基因生物信息学分析及原核表达[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 847-858.
[5]	张婧旭, 徐玉, 梁海英, 曾智勇, 汤德元, 王彬, 徐松平, 万娟, 祝羊. 伪狂犬病病毒贵州分离株与疫苗株遗传进化和抗原表位分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 1093-1106.
[6]	韦义荣, 郑自华, 张叁保, 宋颖, 蒋海玉, 孙雯玥, 程鹏飞, 刘雨帆, 邹剑伟, 黄艳娜, 潘艳, 蒋钦杨. 努比亚山羊UCP1基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(2): 440-450.
[7]	甘露, 郑会珍, 诺明达来, 刘燕, 金敏, 何文文, 温丽翠, 李永畅, 巴音查汗·盖力克. 伊氏锥虫伊犁株扩繁及其PFR基因克隆表达和生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(2): 469-478.
[8]	唐井玉, 杜汉宇, 孟春春, 刘光清. 山羊干扰素刺激基因15克隆、生物信息学分析及亚细胞定位[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(8): 2843-2854.
[9]	付永智, 马晓君, 王茂晗, 李哲, 陈芝媛, 权伟, 赵涵, 苏咏梅, 吴建华, 朱文进. 阳原驴MSTN基因生物信息学分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(8): 2910-2919.
[10]	邹剑伟, 邹菊红, 申玉建, 韦一, 张叁保, 连子童, 徐建建, 宋颖, 黄艳娜, 韦英明, 蒋钦杨, 郑自华. 努比亚山羊LMCD1基因生物信息学分析、真核表达载体的构建及表达[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(6): 2033-2042.
[11]	张丽萌, 刘爱菊, 李闰婷, 李玉华, 李林, 聂晓宁, 王林青, 陈龙欣. 绵羊CREBRF基因克隆、生物信息学及组织表达分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(5): 1599-1609.
[12]	王宝宝, 金行, 鲜钰涵, 冯宏盛, 高凤山. 猪肾上皮细胞SLA-1基因的克隆及分子结构特征分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(5): 1671-1678.
[13]	谢思豪, 勾红潮, 卞志标, 李斌, 蔡汝健, 臧莹安, 李春玲. MLKL基因敲除对猪伪狂犬病病毒复制的影响[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(5): 1934-1941.
[14]	雷行, 李天峰, 李嘉昊, 满欣, 白素英. 麝鼠香腺Elovl1基因生物信息学分析及表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(4): 1201-1212.
[15]	申祥, 陈伶慧, 姚竞杰, 王三虎, 白跃宇, 张晓建. 牛源CCR7基因克隆、生物信息学及表达分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(4): 1244-1252.