3个贵州地方鸡种NKX2-5基因多态性及生物信息学分析

›› 2014, Vol. 41 ›› Issue (12): 209-214.

3个贵州地方鸡种NKX2-5基因多态性及生物信息学分析

杨红¹, 孙鹃², 裘贵华², 宋汝谋³, 杨开明³, 朱明贵⁴, 李俊¹, 张勇¹

1. 贵州大学动物科学学院, 高原山地动物遗传育种与繁殖省部共建教育部重点实验室, 贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室, 贵州贵阳 550025;
2. 贵州省畜禽遗传资源管理站, 贵州贵阳 550001;
3. 安顺市畜牧技术推广站, 贵州安顺 561000;
4. 普定县畜禽品种改良站, 贵州普定 562100

收稿日期:2014-06-06 出版日期:2014-12-20 发布日期:2014-12-25
通讯作者: 张勇 E-mail:as.yzhang@gzu.edu.cn
作者简介:杨红(1990－),女,贵州人,硕士生,研究方向:动物遗传育种与种质资源创新.
基金资助:
贵州省农业动植物育种专项项目《高脚鸡配套系选育及推广应用》(黔农育专字[2012]10号);浙江大学2012年基本科研业务费专项资金课题《贵州畜禽遗传资源库平台建设》(2012XZZX003-1).

Polymerphism Detection and Bioinformatics Analysis of NKX2-5 Gene of Three Local Chicken Breeds in Guizhou

YANG Hong¹, SUN Juan², QIU Gui-hua², SONG Ru-mou³, YANG Kai-ming³, ZHU Ming-gui⁴, LI Jun¹, ZHANG Yong¹

1. Key Laboratory of Animal Genetics, Breeding and Reproduction in the Plateau Mountainous Region, Ministry of Education, Guizhou Key Laboratory of Animal Genetics, Breeding and Reproduction, College of Animal Science, Guizhou University, Guiyang 550025, China;
2. Guizhou Province Station for Livestock Genetic Resources Management, Guiyang 550001, China;
3. Anshun City Promotion Station for Animal Husbandry Technology, Anshun 561000, China;
4. Puding County Station for Livestock Breed Improvement, Puding 562100, China

Received:2014-06-06 Online:2014-12-20 Published:2014-12-25

摘要/Abstract

摘要： 以高脚鸡、威宁鸡、乌蒙乌骨鸡(含白壳蛋鸡和绿壳蛋鸡)3个贵州地方鸡种为研究对象,构建品种DNA池,扩增NKX2-5基因第1外显子全部序列及第2内含子部分序列,采用直接测序法对3个品种(4个群体)的NKX2-5基因进行单核苷酸多态性检测,利用生物信息学软件预测不同多态性位点对NKX2-5基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构的影响.结果表明,在3个品种(4个群体)中共检测到G108A、T288C、C400T、T420G和G429A 5个SNPs位点,其中,G108A位于非编码区;T288C、C400T位于第1外显子区;T420G和G429A位于内含子区.T288C和C400T均为错义突变,T288C突变导致丝氨酸(Ser)变为脯氨酸(Pro)、C400T突变导致丙氨酸(Ala)变为缬氨酸(Val),SNPs位点对于NKX2-5基因mRNA二级结构、蛋白质二级结构有一定影响.

关键词: 贵州地方鸡种; NKX2-5基因; SNPs; 生物信息学

Abstract: In this study, Gaojiao chickens, Weining chickens, Wumeng black-bone chickens (including blue-shell chickens and white-shell chickens) from three local breeds of Guizhou were selected for research subjects. By constructing DNA pools to amplify the all sequences of extron 1 and the segmental sequences of intron 2 on NKX2-5 gene. Taking direct sequencing method to detect the single nucleotide polymorphisms on NKX2-5 gene of three varieties (four groups). By bioinformatics software to predict the effects of different polymorphism loci on mRNA, protein secondary structure of NKX2-5 gene. The results showed that 5 SNPs including G108A, T288C, C400T, T420G and G429A were discovered. And among these SNPs, G108A was located in non-coding regions, T288C and C400T were located in extron 1, T420G and G429A were located in intron region. T288C and C400T were missense mutations, T288C mutation leaded to serine (Ser) into proline (Pro), C400T mutation leaded to alanine (Ala) into valine (Val), and SNPs sites had some effects on mRNA secondary structure, protein secondary structure of NKX2-5 gene.

Key words: local chicken breeds in Guizhou; NKX2-5 gene; SNPs; bioinformatics

中图分类号:

S813.3

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