绵羊痘病毒E3L蛋白N端结构和功能预测

›› 2013, Vol. 40 ›› Issue (6): 85-89.

绵羊痘病毒E3L蛋白N端结构和功能预测

卢昌¹, 吴国华¹, 颜新敏¹, 赵志荀¹, 于少雄¹, 叶奕优², 朱海霞¹, 李健¹, 张强¹

1. 中国农业科学院兰州兽医研究所, 家畜疾病病原生物学国家重点实验室, 甘肃兰州 730046;
2. 深圳出入境检验检疫局动植物检验检疫技术中心, 广东深圳 518045

收稿日期:2012-11-16 出版日期:2013-06-20 发布日期:2013-06-20
通讯作者: 张强 E-mail:qzhang1616@sohu.com
作者简介:卢昌(1986-),男,陕西人,硕士生,研究方向:动物传染病及分子生物学。
基金资助:
国家自然科学基金项目(31001056、31101802、31201892);国家"十二五"高技术研究发展计划(863)项目(2012AA101304);甘肃省自然科学基金项目(1208RJZA101)。

Function Prediction and Structure Analysis of N-terminal of E3L Protein in Sheeppoxvirus

LU Chang¹, WU Guo-hua¹, YAN Xin-min¹, ZHAO Zhi-xun¹, YU Shao-xiong¹, YE Yi-you², ZHU Hai-xia¹, LI Jian¹, ZHANG Qiang¹

1. State Key Laboratory of Veterinary Etiological Biology, Lanzhou Veterinary Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou 730046, China;
2. Animal and Plant Inspection and Quarantine Technology Center, Shenzhen Entry-exit Inspection and Quarantine Bureau, Shenzhen 518045, China

Received:2012-11-16 Online:2013-06-20 Published:2013-06-20

摘要/Abstract

摘要： E3L蛋白是痘病毒的一类早期表达的非结构蛋白,其主要抑制宿主的先天性免疫,与病毒的致病力和宿主嗜性有关,但是目前对绵羊痘病毒E3L蛋白的研究较少。作者运用生物信息学的方法,用已知的E3L蛋白N端结构作为模板,并使用WebLab、SWISS-MODEL和ExPASY等在线软件预测其功能结构域和二、三级结构及氨基酸组成,对其作为Zα潜在家族成员的真实性、可靠性作出理论上的判断。分析结果表明,绵羊痘病毒E3L蛋白N端结构符合Zα家族蛋白的一些基本的结构特征,具有其他E3L蛋白N端相同的功能结构,为该蛋白质N端结构属于Zα蛋白家族提供了一些理论依据。

关键词: 绵羊痘病毒; E3L蛋白; Z-DNA; 生物信息学

Abstract: E3L protein is a kind of nonstructural protein of poxvirus expressed in early time. It can inhibit immunity of host cells and be ralated with virus virulence and tropism. However, E3L protein in sheeppoxvirus (SPPV) is rarely understood. We have predicted N-terminal of E3L protein in SPPV by bioinformatics methods as well as using the N-terminal of E3L proteins which have been predicted. And then the structural domains, secondary structures, tertiary structures and amino acid compositions of the above proteins have also been predicted using these online programs, such as WebLab, SWISS-MODEL and ExPASY tools. The bioinformatical analysis results show that the protein and other Zα famliy proteins have the same basic structural characteristics and structural domains, implying that the N-terminal of E3L protein in SPPV might belong to Zα famliy.

Key words: sheeppoxvirus; E3L protein; Z-DNA; bioinformatics

中图分类号:

卢昌, 吴国华, 颜新敏, 赵志荀, 于少雄, 叶奕优, 朱海霞, 李健, 张强. 绵羊痘病毒E3L蛋白N端结构和功能预测[J]. , 2013, 40(6): 85-89.

LU Chang, WU Guo-hua, YAN Xin-min, ZHAO Zhi-xun, YU Shao-xiong, YE Yi-you, ZHU Hai-xia, LI Jian, ZHANG Qiang. Function Prediction and Structure Analysis of N-terminal of E3L Protein in Sheeppoxvirus[J]. , 2013, 40(6): 85-89.

参考文献

1 李兰芬,南浩,苏晓东. 蛋白质晶体学技术的发展与展望[J]. 生物物理学报, 2007, 23(4): 246~255.
2 黄鹤,李应国,肖进文,等. 羊痘病毒环介导等温扩增(LAMP)检测方法的建立[J].中国畜牧兽医,2012,39(6): 72~75.
3 施蕴渝,吴季辉. 核磁共振波谱研究蛋白质三维结构及功能[J]. 中国科学技术大学学报, 2008, 38(8): 941~949.
4 Alcami A. Viral mimicry of cytokines, chemokines and their receptor[J]. Nat Rev Immunol, 2003, 3: 36~50.
5 Arsenio J, Deschambault Y, Cao J. Antagonizing activity of vaccinia virus E3L against human interferons in Huh7 cells[J]. Virology, 2008, 377(1): 124~132.
6 Brandt T, Heck M C, Vijaysri S, et al. The N-terminal domain of the vaccinia virus E3L-protein is required for neurovirulence, but not induction of a protective immune response[J]. Virology, 2005, 333(2): 263~270.
7 Cao H,Dai P,Li H,et al. Innate immune response of human plasmacytoid dendritic cell to poxvirus infection is subverted by vaccinia E3 via its Z-DNA/RNA binding domain[J]. PLoS One, 2012, 7(5): 36823~36835.
8 Denzler K L, Babas T, Rippeon A, et al. Attenuated NYCBH vaccinia virus deleted for the E3L gene confers partial protection against lethal monkeypox virus disease in cynomolgus macaques[J]. Vaccine, 2011, 29(52):9684~9690.
9 Domingo-Gil E, Pérez-Jiménez E, Ventoso I, et al. Expression of the E3L gene of vaccinia virus in transgenic mice decreses host resistance to vaccinia virus and leishmania major infections[J]. Journal of Virology, 2008, 82(1): 254~267.
10 Ha S C, Lokanath N K, Van Quyen D, et al.A poxvirus protein forms a complex with left-handed Z-DNA: Crystal structure of a Yata poxvirus Zα bound to DNA[J]. PANS, 2004, 101(40): 14367~14372.
11 Kwon J A, Rich A. Biological function of the vaccinia virus Z-DNA-binding protein E3L: Gene transactivation and antiapoptotic activity in HeLa cells[J]. PANS, 2005, 102(36): 12759~12764.
12 Lee E H, Seo Y J, Ahn H C, et al. NMR study of hydrogen exchange during the B-Z transition of a DNA duplex induced by the Zα domains of yata poxvirus E3L[J]. FEBS Letter, 2010, 584(21): 4453~4457.
13 Ludwig H, Suezer Y, Waibler Z, et al. Double-stranded RNA-binding protein E3 controls translation of viral intermediate RNA, marking an essential step in the life cycle of modified vaccinia virus Ankara[J]. Journal of General Virology, 2006, 87(Pt5): 1145~1155.
14 Tulman E R, Afonso C L, Lu Z, et al. The genomes of sheeppox and goatpox viruses[J]. Journal of Virology, 2002, 76(12): 6054~6061.
15 Van Quyen D, Ha S C, Lowenhaupt K, et al. Characterization of DNA-binding of Zα domains from poxviruses and the importance of the β-wing regions in converting B-DNA to Z-DNA[J]. Nucleic Acids Research, 2007, 35(22): 7714~7720.
16 White S D,Jacoba B L. The amino terminus of the vaccinia virus E3 protein is necessary to inhibit the interferon response[J]. J Virol, 2012, 86(10): 5895~5904.

[1]	王赛桥, 赵路, 翟振翰, 张丙雷, 贾万航, 王玉琴. 绵羊miR-449a/b前体序列组织表达及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2175-2184.
[2]	韦明邦, 边巴琼达, 肖青青, 段梦琪, 强巴央宗, 商鹏. 藏猪CDKN1B基因克隆、生物信息学及表达分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2196-2206.
[3]	李永彬, 杨惠琳, 宋子豪, 张昱, 杨瑾, 孟佳, 崔小珍, 吕晓玲, 郑明学, 白瑞. 柔嫩艾美耳球虫MIF基因克隆及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2450-2459.
[4]	张殿琦, 马鑫浩, 杨志梅, 梅楚刚, 昝林森. 秦川肉牛PAI1基因生物信息学分析及其对肌内脂肪细胞增殖和分化的影响[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1729-1741.
[5]	李佳富, 莫小兵. 多杀性巴氏杆菌CRISPR-Cas系统生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1742-1753.
[6]	王浩睿, 禹保军, 杨嘉翊, 魏榕, 付希, 王川川, 张迪, 李德生, 蔡正云, 顾亚玲, 张娟. 静原鸡DERA基因生物信息学分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1764-1773.
[7]	陈玫婷, 郑从森, 梁泽贤, 林巧儿, 常传哲, 周俊, 冯军, 李林林, 覃丽梅. 1株J亚群禽白血病病毒env基因克隆及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1785-1795.
[8]	潘鹏丞, 雷宗全, 李显, 胡湘云, 秦谦涛, 覃兆鲜, 关志惠, 陈宝剑, 谢炳坤. 陆川猪MYL2基因生物信息学分析、真核表达载体构建及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1796-1806.
[9]	刘佳隆, 张译文, 张悦然, 孙奇娟, 陈建, 何雷, 贾艳艳, 丁轲, 余祖华. 鸡ELAVL1基因克隆、原核表达及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1807-1817.
[10]	卓娜, 朱忠武, 李静, 胡世享, 王建昌, 林华, 陈朝林, 韩佃刚, 艾军, 陈培富. 猪源戊型肝炎病毒ORF2蛋白生物信息学分析及真核表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1959-1970.
[11]	陶庆华, 黄彩云, 陈超, 刘威, 孙宁宁, 李昂. 白羽番鸭LIF基因克隆及其组织表达差异分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1296-1306.
[12]	范冰峰, 李文, 刘理想, 赵向远, 邵静, 林乐丰, 孙慧敏, 张旭林, 许保增. 水貂AANAT基因克隆及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1307-1318.
[13]	贾新月, 马静, 张艳艳, 马勋, 王正荣, 薄新文. 细粒棘球绦虫EGR-07243和EGR-07244基因生物信息学分析及原核表达[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 847-858.
[14]	李丹, 张海森, 王逸群, 高登科, 赵泓淙, 李超, 靳亚平, 陈华涛. 奶牛CRY1基因真核表达载体构建、生物信息学分析及组织表达谱研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 870-881.
[15]	宋兴超, 孟金柱, 赵园园, 吴震洋, 安清明. 贵州白山羊MyoG基因启动子区序列克隆及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 893-903.