版纳微型猪近交系TSARG7基因克隆及功能生物信息学分析

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.06.009

《中国畜牧兽医》 ›› 2017, Vol. 44 ›› Issue (6): 1637-1644.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.06.009

版纳微型猪近交系TSARG7基因克隆及功能生物信息学分析

王淑燕^1,2, 张霞^1,2, 霍金龙^1,2, 王配^1,2, 张永云³, 李卫真², 姚茂东²

1. 云南农业大学, 云南省版纳微型猪近交系重点实验室, 昆明 650201;
2. 云南农业大学动物科学技术学院, 昆明 650201;
3. 云南农业大学农科专业基础实验教学示范中心, 昆明 650201

收稿日期:2017-01-18 出版日期:2017-06-20 发布日期:2017-06-28
通讯作者: 霍金龙 E-mail:jinlonghuo973@163.com
作者简介:王淑燕(1987-),女,山东济南人,硕士,实验师,研究方向:动物分子遗传学,E-mail:shuyanwang2014@126.com;张霞(1990-),女,山西宁武人,硕士生,研究方向:动物分子生物学,E-mail:2574705914@qq.com
基金资助:
国家自然科学基金项目（31660637、31460580、31660650）

Cloning and Functional Bioinformatics Analysis of TSARG7 Gene in Banna Mini-pig Inbred Line

WANG Shu-yan^1,2, ZHANG Xia^1,2, HUO Jin-long^1,2, WANG Pei^1,2, ZHANG Yong-yun³, LI Wei-zhen², YAO Mao-dong²

1. Key Laboratory of Banna Mini-pig Inbred Line of Yunnan Province, Yunnan Agricultural University, Kunming 650201, China;
2. Faculty of Animal Science and Technology, Yunnan Agricultural University, Kunming 650201, China;
3. Teaching Demonstration Center of the Basic Experiments of Agricultural Majors, Yunnan Agricultural University, Kunming 650201, China

Received:2017-01-18 Online:2017-06-20 Published:2017-06-28

摘要/Abstract

摘要：

为获得版纳微型猪近交系（Banna Mini-pig inbred line，BMI）TSATG7基因序列并分析组织表达情况，本研究以GenBank中猪及近缘物种的TSARG7基因mRNA序列为参考序列，设计特异引物扩增BMI TSARG7基因，半定量分析10个重要组织的表达谱，并对蛋白质序列进行功能生物信息学分析。结果显示，获得了BMI TSARG7基因1 371 bp的编码区序列（GenBank登录号：KU950831，对应的氨基酸登录号：AMY60405），编码456个氨基酸，蛋白质分子质量为52.05 ku，等电点（pI）为9.28。多组织表达分析表明，TSARG7基因在睾丸中高表达，在其他组织中呈中、低表达。功能生物信息学分析表明，TSARG7蛋白质存在1个保守结构域，有3个跨膜螺旋结构，无信号肽序列；N末端疏水，C末端亲水；有5类功能活性位点，位于细胞质的概率是94.1%。本试验结果为进一步研究TSARG7基因在猪精子发生和性成熟方面的作用及功能奠定基础。

关键词: 版纳微型猪近交系; 酰基转移酶; 组织表达; 生物信息学

Abstract:

In order to obtain TSATG7 gene sequence and analyze mRNA expression in tissue of Banna Mini-pig inbred line (BMI), we used TSARG7 gene mRNA sequence of pig and related species from GenBank as reference sequences to design specific primers and amplify BMI TSARG7 gene. The semi-quantitative was used to analyze the expression of TSARG7 gene in 10 important tissues, protein sequence was used to carry out functional bioinformatics analysis. A coding sequence of 1 371 bp (GenBank accession No.: KU950831, the corresponding amino acid sequence accession No.: AMY60405) of BMI TSARG7 was obtained, which encoded a protein of 456 amino acids, the protein molecular weight was 52.05 ku, and the isoelectric point was 9.28. Multiple tissue expression indicated that TSARG7 gene expressed highly in the testis, middle and low expression in the other tissues. Functional bioinformatics analysis indicated that TSARG7 protein contained one conserved domain, three transmembrane regions, and no signal peptide sequences;Its N-terminal was hydrophobic and C-terminal was hydrophilic;It had five kinds functional active sites and a 94.1% to located in cytoplasmic. The results of the study would lay a foundation for further study of the gene about its functions in pig spermatogenesis and sexual maturation.

Key words: Banna Mini-pig inbred line (BMI); acyltransferase; tissue expression; bioinformatics

中图分类号:

王淑燕, 张霞, 霍金龙, 王配, 张永云, 李卫真, 姚茂东. 版纳微型猪近交系TSARG7基因克隆及功能生物信息学分析[J]. 《中国畜牧兽医》, 2017, 44(6): 1637-1644.

WANG Shu-yan, ZHANG Xia, HUO Jin-long, WANG Pei, ZHANG Yong-yun, LI Wei-zhen, YAO Mao-dong. Cloning and Functional Bioinformatics Analysis of TSARG7 Gene in Banna Mini-pig Inbred Line[J]. , 2017, 44(6): 1637-1644.

参考文献

[1] 李美丽. 猪TSARG7基因的结构及组织表达谱分析[D]. 南京:南京农业大学, 2011.
[2] Snogdal L S, Grarup N, Banasik K, et al. Studies of association of AGPAT6 variants with type 2 diabetes and related metabolic phenotypes in 12,068 Danes [J]. BMC Medical Genetics, 2013, 14:113.
[3] Takeuchi K, Reue K. Biochemistry, physiology, and genetics of GPAT, AGPAT, and lipin enzymes in triglyceride synthesis [J]. Am J Physiol Endocrinol Metab, 2009, 296(6): E1195-E1209.
[4] Chen Y Q, Kuo M S, Li S, et al. AGPAT6 is a novel microsomal glycerol-3-phosphate acyltransferase [J]. J Biol Chem, 2008, 283(15): 10048-10057.
[5] Tan X J, Huang Z P, Li L Y, et al. Molecular cloning and preliminary function study of a novel human gene, TSARG7, related to spermatogenesis [J]. Acta Genetica Sinica, 2006, 33(4): 294-303.
[6] 张俊芳,朱化彬,张留光, 等. 精子形成期基因转录表达的研究进展[J]. 遗传, 2013, 35(5): 587-594.
[7] 张秀军,刘美玲,贾孟春. 精子发生过程中基因表达转录水平的调控[J]. 遗传, 2011, 33(12): 1300-1307.
[8] 葛少钦,李建忠,张晓静. 精子发生过程中组蛋白甲基化和乙酰化[J]. 遗传, 2011, 33(9): 939-946.
[9] Cooper D E, Grevengoed T J, Klett E L, et al. Glycerol-3-phosphate acyltransferase isoform-4 (GPAT4) limits oxidation of exogenous fatty acids in brown adipocytes[J]. J Biol Chem, 2015, 290(24): 15112-15120.
[10] Shan D, Li J L, Wu L, et al. GPAT3 and GPAT4 are regulated by insulin-stimulated phosphorylation and play distinct roles in adipogenesis[J]. J Lipid Res, 2010, 51(7): 1971-1981.
[11] Cao J, Perez S, Goodwin B, et al. Mice deleted for GPAT3 have reduced GPAT activity in white adipose tissue and altered energy and cholesterol homeostasis in diet-induced obesity [J]. Am J Physiol Endocrinol Metab, 2014, 306(10): E1176-E1187.
[12] 王淑燕,霍金龙,潘伟荣, 等. 版纳微型猪近交系GHR基因克隆及生物信息学分析[J]. 中国实验动物学报, 2014, 1: 48-56.
[13] 王配,陈园园,霍金龙, 等. 版纳微型猪近交系白细胞介素6基因克隆、生物信息学及组织表达分析[J]. 中国畜牧兽医, 2015, 42(8): 1925-1934.
[14] 陈园园,潘伟荣,霍金龙, 等. 版纳微型猪近交系不育和可育公猪CRISP2基因全长编码区序列克隆及睾丸差异表达分析[J]. 云南农业大学学报(自然科学),2015, 5: 698-705.
[15] Huo J L, Wang P, Zhao Y, et al. Molecular cloning, mRNA expression and characterization of a novel FAIM1 gene from Chinese Banna mini-pig inbred line (BMI) [J]. Journal of Animal and Veterinary Advances, 2012, 11(8): 1080-1086.
[16] Wang P, Huo H L, Wang S Y, et al. Cloning, sequence characterization, and expression patterns of members of the porcine TSSK family [J]. Genetics and Molecular Research, 2015, 14(4): 14908-14919.
[17] Li M L , Li G Q, Fang W, et al. Cloning and characterization of porcine TSARG7 gene and analysis of its tissue-specific expression [J]. Agricultural Sciences in China, 2009, 11: 1384-1391.
[18] 王镜岩, 朱圣庚, 徐长法. 生物化学 [M]. 第3版. 北京: 高等教育出版社, 2002.
[19] Marchler-Bauer A, Derbyshire M K, Gonzales N R, et al. CDD: NCBI's conserved domain database [J]. Nucleic Acids Research, 2015, 43(Database issue): D222-D226.
[20] Marchler-Bauer A, Lu S, Anderson J B, et al. CDD: A conserved domain database for the functional annotation of proteins [J]. Nucleic Acids Research, 2011, 39(Database issue): D225-D229.
[21] Zhang C, Cooper D E, Grevengoed T J, et al. Glycerol-3-phosphate acyltransferase-4-deficient mice are protected from diet-induced insulin resistance by the enhanced association of mTOR and rictor [J]. Am J Physiol Endocrinol Metab, 2014, 307(3): E305-E315.
[22] Marchler-Bauer A, Bo Y, Han L, et al. CDD/SPARCLE: Functional classification of proteins via subfamily domain architectures [J]. Nucleic Acids Res, 2017, 45(D1): D200-D203.
[23] 王晗. 跨膜蛋白识别方法研究 [D]. 长春:吉林大学, 2012.

版纳微型猪近交系TSARG7基因克隆及功能生物信息学分析

Cloning and Functional Bioinformatics Analysis of TSARG7 Gene in Banna Mini-pig Inbred Line

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价

[1]	王赛桥, 赵路, 翟振翰, 张丙雷, 贾万航, 王玉琴. 绵羊miR-449a/b前体序列组织表达及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2175-2184.
[2]	韦明邦, 边巴琼达, 肖青青, 段梦琪, 强巴央宗, 商鹏. 藏猪CDKN1B基因克隆、生物信息学及表达分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2196-2206.
[3]	李永彬, 杨惠琳, 宋子豪, 张昱, 杨瑾, 孟佳, 崔小珍, 吕晓玲, 郑明学, 白瑞. 柔嫩艾美耳球虫MIF基因克隆及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2450-2459.
[4]	张殿琦, 马鑫浩, 杨志梅, 梅楚刚, 昝林森. 秦川肉牛PAI1基因生物信息学分析及其对肌内脂肪细胞增殖和分化的影响[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1729-1741.
[5]	李佳富, 莫小兵. 多杀性巴氏杆菌CRISPR-Cas系统生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1742-1753.
[6]	王浩睿, 禹保军, 杨嘉翊, 魏榕, 付希, 王川川, 张迪, 李德生, 蔡正云, 顾亚玲, 张娟. 静原鸡DERA基因生物信息学分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1764-1773.
[7]	陈玫婷, 郑从森, 梁泽贤, 林巧儿, 常传哲, 周俊, 冯军, 李林林, 覃丽梅. 1株J亚群禽白血病病毒env基因克隆及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1785-1795.
[8]	潘鹏丞, 雷宗全, 李显, 胡湘云, 秦谦涛, 覃兆鲜, 关志惠, 陈宝剑, 谢炳坤. 陆川猪MYL2基因生物信息学分析、真核表达载体构建及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1796-1806.
[9]	刘佳隆, 张译文, 张悦然, 孙奇娟, 陈建, 何雷, 贾艳艳, 丁轲, 余祖华. 鸡ELAVL1基因克隆、原核表达及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1807-1817.
[10]	卓娜, 朱忠武, 李静, 胡世享, 王建昌, 林华, 陈朝林, 韩佃刚, 艾军, 陈培富. 猪源戊型肝炎病毒ORF2蛋白生物信息学分析及真核表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1959-1970.
[11]	陶庆华, 黄彩云, 陈超, 刘威, 孙宁宁, 李昂. 白羽番鸭LIF基因克隆及其组织表达差异分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1296-1306.
[12]	范冰峰, 李文, 刘理想, 赵向远, 邵静, 林乐丰, 孙慧敏, 张旭林, 许保增. 水貂AANAT基因克隆及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1307-1318.
[13]	胡乐玉, 胡欣瑶, 李颖, 赵盛淼, 沈凤臻, 王长法, 李亮亮, 王彤彤, 任慧英. 德州驴HO-1基因生物信息学分析及多克隆抗体制备[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1499-1510.
[14]	贾新月, 马静, 张艳艳, 马勋, 王正荣, 薄新文. 细粒棘球绦虫EGR-07243和EGR-07244基因生物信息学分析及原核表达[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 847-858.
[15]	李丹, 张海森, 王逸群, 高登科, 赵泓淙, 李超, 靳亚平, 陈华涛. 奶牛CRY1基因真核表达载体构建、生物信息学分析及组织表达谱研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 870-881.