6株猪流行性腹泻病毒贵州株S基因序列分析

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.06.007

《中国畜牧兽医》 ›› 2017, Vol. 44 ›› Issue (6): 1621-1629.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.06.007

6株猪流行性腹泻病毒贵州株S基因序列分析

毛黎红¹, 张双翔², 周碧君³, 王伟³, 胡兴义³, 程振涛³, 文明³, 王开功³

1. 贵州省贵阳市花溪区农业局, 贵阳 550001;
2. 贵州省动物疫病预防控制中心, 贵阳 550001;
3. 贵州大学动物科学学院, 贵阳 550025

收稿日期:2016-10-26 出版日期:2017-06-20 发布日期:2017-06-28
通讯作者: 王开功 E-mail:kaigongwang@aliyun.com.cn
作者简介:毛黎红(1989-),女,贵州铜仁人,硕士,研究方向:动物疫病综合防控,E-mail:1524614817@qq.com
基金资助:
贵州省科学技术厅农业攻关项目"贵州省仔猪腹泻性疫病风险分析及综合防控技术研究"（黔科合NY[2015]3009-1号）；贵州省生猪质量安全工程技术研究中心建设项目"生猪健康养殖实验室建设与技术研发"黔科合农C字[2011]4022号；贵州省农业委员会科技计划项"2015年贵州省重大动物疫病省级定点监测"[2015-11号]

Sequence Analysis of S Gene of 6 Strains of Porcine Epidemic Diarrhea Virus from Guizhou

MAO Li-hong¹, ZHANG Shuang-xiang², ZHOU Bi-jun³, WANG Wei³, HU Xing-yi³, CHENG Zheng-tao³, WEN Ming³, WANG Kai-gong³

1. Huaxi District Agricultural Bureau of Guizhou, Guiyang 550001, China;
2. Animal Disease Control and Prevention Center of Guizhou, Guiyang 550001, China;
3. College of Animal Science, Guizhou University, Guiyang 550025, China

Received:2016-10-26 Online:2017-06-20 Published:2017-06-28

摘要/Abstract

摘要：

为了解贵州省猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus，PEDV）S基因的特点，掌握其遗传变异情况，本试验设计3对特异性引物对6株PEDV贵州株S基因进行全基因RT-PCR扩增、克隆及序列测定；应用生物信息学软件将6株PEDV贵州流行株与参考毒株进行同源性与系统进化分析。结果显示，6株PEDV贵州流行株S基因的全基因长为4 161 bp，编码1 387个氨基酸，与国内外PEDV参考毒株核苷酸同源性在93.3%~98.8%之间，氨基酸同源性在91.6%~98.9%之间；进化树分析结果显示，6株流行毒株与美国毒株、越南毒株和山东毒株亲缘关系较近；与CV777株、LZC、Brl、83P-5亲缘关系较远。结果表明，PEDV贵州地方流行毒株S基因编码的氨基酸存在一定程度变化，近年来呈现变异趋势。本研究可为贵州省PEDV的防控提供一定的理论依据。

关键词: 猪流行性腹泻; S基因; 生物信息学分析

Abstract:

In order to understand the characteristics of S gene of porcine epidemic diarrhea virus (PEDV) in Guizhou province, and grasp the genetic variation of PEDV, according to 3 pairs of specific primers designed in the test, S gene of 6 strains of PEDV from Guizhou were amplified by RT-PCR, cloned and sequenced. Nucleotide sequence and phylogenetic tree of 6 strains of PEDV from Guizhou and reference strains were analyzed by biological information software. The result showed that the length of S gene genome of 6 strains of PEDV from Guizhou was 4 161 bp, encoding 1 387 amino acids, and the nucleotide homologies of domestic and foreign PEDV reference were from 93.3% to 98.8%, the amino acid identity were from 91.6% to 98.9%. Phylogenetic tree analysis results showed that the 6 strains were close to the American strain, Vietnam strain and the Shandong strain.They were far from the CV777, LZC, Brl and 83P-5.The experiment showed that the S gene of PEDV in Guizhou had a certain degree of amino acid change in recent year with a trend of variation. The study provided a theoretical basis for the prevention and control of PEDV in Guizhou province.

Key words: porcine epidemic diarrhea; S gene; bioinformatics analysis

中图分类号:

S852.65

毛黎红, 张双翔, 周碧君, 王伟, 胡兴义, 程振涛, 文明, 王开功. 6株猪流行性腹泻病毒贵州株S基因序列分析[J]. 《中国畜牧兽医》, 2017, 44(6): 1621-1629.

MAO Li-hong, ZHANG Shuang-xiang, ZHOU Bi-jun, WANG Wei, HU Xing-yi, CHENG Zheng-tao, WEN Ming, WANG Kai-gong. Sequence Analysis of S Gene of 6 Strains of Porcine Epidemic Diarrhea Virus from Guizhou[J]. , 2017, 44(6): 1621-1629.

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6株猪流行性腹泻病毒贵州株S基因序列分析

Sequence Analysis of S Gene of 6 Strains of Porcine Epidemic Diarrhea Virus from Guizhou

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