猪圆环病毒2型山西株全基因组序列分析

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2016.12.007

《中国畜牧兽医》 ›› 2016, Vol. 43 ›› Issue (12): 3127-3134.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2016.12.007

猪圆环病毒2型山西株全基因组序列分析

孟帆¹, 吴忻¹, 姚敬明¹, 樊振华¹, 刘文俊¹, 王娟萍¹, 韩一超¹, 薛翼鹏¹, 米瑞娟¹, 李玉斌²

1. 山西省农业科学院畜牧兽医研究所, 太原 030032;
2. 陵川县畜牧兽医局, 晋城 048300

收稿日期:2016-05-05 出版日期:2016-12-20 发布日期:2016-12-22
通讯作者: 吴忻 E-mail:jcbyjs@sohu.com
作者简介:孟帆(1980-),女,山西太原人,硕士,助理研究员,研究方向:动物疫病分子生物学检测与诊断技术,E-mail:mengfan0525@163.com
基金资助:
山西省科技攻关项目（20130311026-4）

Genome Sequence Analysis of Porcine Circovirus Type 2 Strains from Shanxi Province

MENG Fan¹, WU Xin¹, YAO Jing-ming¹, FAN Zhen-hua¹, LIU Wen-jun¹, WANG Juan-ping¹, HAN Yi-chao¹, XUE Yi-peng¹, MI Rui-juan¹, Li Yu-bin²

1. Institute of Animal Husbandry and Veterinary, Shanxi Academy of Agricultural Sciences, Taiyuan 030032, China;
2. Bureau of Animal Husbandry of Lingchuan, Jincheng 048300, China

Received:2016-05-05 Online:2016-12-20 Published:2016-12-22

摘要/Abstract

摘要：

为了解山西省猪圆环病毒2型（PCV2）的遗传变异情况，本试验采用PCR方法对山西省分离的4株猪圆环病毒流行株（SXXZ1株、SXXZ2株、SXTY株和SXJZ株）的全基因组进行了扩增、克隆和测序，并将其全基因组序列与国内外34株主要流行毒株进行核苷酸同源性与系统进化树分析。结果显示，4株PCV2山西流行株全基因组核酸序列全长SXJZ株为1 768 bp，其余均为1 767 bp，分别占25%和75%。4株毒株核苷酸同源性为95.9%~100.0%，与国内外34株参考株同源性为94.5%~99.9%，与国产疫苗株同源性为95.6%~99.8%；PCV2全基因组序列进化分析表明，本研究分离的SXXZ1株、SXXZ2株和SXTY株属于PCV-2b基因型，SXJZ株属于PCV-2e基因型，其中SXXZ1株和SXXZ2株与广东QY株的进化关系最近，SXTY与奥地利AUT5株的进化关系最近，SXJZ与福建FJ株的进化关系最近；而SXXZ1株、SXXZ2株和SXTY株与山西PCV2疫苗DBN-SX07-2株的进化关系较近，SXJZ株与国内PCV2疫苗LG株的进化关系较近。从而证实在山西省流行的PCV2毒株以PCV-2b为主，同时还分离出了PCV-2e亚型，表明山西省存在PCV-2e亚型毒株。本试验结果为山西省PCV2的分子流行病学、遗传变异及防控奠定了基础。

关键词: 猪圆环病毒2型; 全基因组; 序列分析

Abstract:

In order to study genetic variation of porcine circovirus type 2 (PCV2) strains in Shanxi province, the genomic sequences of four PCV2 strains which were SXXZ1, SXXZ2, SXTY and SXJZ were isolated recently from some areas of Shanxi province, they were amplified, cloned and sequenced. The amplified PCV2 genomic sequences of these four strains were analyzed and compared with that of 34 published PCV2 stains by DNAStar and drawing phylogenetic tree. The results showed that the genomic sequences of SXJZ PCV2 strain was 1 768 bp, and the others were 1 767 bp, which accounted for 25% and 75%, respectively. The homologies of nucleotide sequences of the four strains were 95.9% to 100.0%, the homologies of nucleotide sequences of the four strains with the 34 isolates from different regions of the world PCV strain were 94.5% to 99.9%, and the homologies of nucleotide sequences of the four strains with the domestic vaccine strains were 95.6% to 99.8%. The phylogenetic tree analysis showed that SXXZ1, SXXZ2 and SXTY belonged to PCV-2b genotype, and SXJZ belonged to PCV-2e genotype. The evolutionary relationship among SXXZ1, SXXZ2 and the QY strain of Guangdong were closer, we also found a recent evolutionary relationship between SXTY and AUT5 of Austria, and a recent evolutionary relationship between SXJZ and FJ of Fujian. Besides the evolutionary relationship among SXXZ1, SXXZ2, SXTY and the DBN-SX07-2 of PCV2 vaccine of Shanxi province, a recent evolutionary relationship between SXJZ and LG of PCV2 vaccine were found. Thus PCV2 strains were popular based on PCV-2b in Shanxi province, also PCV-2e was isolated and existed. It laid a foundation for the molecular epidemiology, genetic variation, prevention and control of PCV2 in Shanxi province.

Key words: porcine circovirus type 2; genome; sequence analysis

中图分类号:

S858.28

孟帆, 吴忻, 姚敬明, 樊振华, 刘文俊, 王娟萍, 韩一超, 薛翼鹏, 米瑞娟, 李玉斌. 猪圆环病毒2型山西株全基因组序列分析[J]. 《中国畜牧兽医》, 2016, 43(12): 3127-3134.

MENG Fan, WU Xin, YAO Jing-ming, FAN Zhen-hua, LIU Wen-jun, WANG Juan-ping, HAN Yi-chao, XUE Yi-peng, MI Rui-juan, Li Yu-bin. Genome Sequence Analysis of Porcine Circovirus Type 2 Strains from Shanxi Province[J]. , 2016, 43(12): 3127-3134.

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猪圆环病毒2型山西株全基因组序列分析

Genome Sequence Analysis of Porcine Circovirus Type 2 Strains from Shanxi Province

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