4株猪流行性腹泻病毒S1基因生物信息学分析

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2016.11.032

《中国畜牧兽医》 ›› 2016, Vol. 43 ›› Issue (11): 3024-3030.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2016.11.032

4株猪流行性腹泻病毒S1基因生物信息学分析

朱海侠

福州大北农生物技术有限公司, 福州 350014

收稿日期:2016-03-30 出版日期:2016-11-20 发布日期:2016-11-18
通讯作者: 朱海侠 E-mail:happyhaixia1101@126.com
作者简介:朱海侠(1986-),女,安徽淮北人,硕士生,研究方向:动物传染病学
基金资助:
福州大北农生物技术有限公司畜禽常见病免疫防控技术研究专项基金

Bioinformatics Analysis on S1 Gene of Four Porcine Epidemic Diarrhea Virus Strains

ZHU Hai-xia

Fuzhou Dabeinong Biotechnology Co., Ltd., Fuzhou 350014, China

Received:2016-03-30 Online:2016-11-20 Published:2016-11-18

摘要/Abstract

摘要：

为分析猪流行性腹泻病毒（porcine epidemic diarrhea virus，PEDV）的遗传变异情况，本研究设计合成1对引物，应用RT-PCR方法扩增S1基因的主要中和表位区序列，并对4株PEDV分离株S1基因中和表位区进行遗传进化和B细胞抗原表位分析。结果显示，4株分离株位于同一进化分支G2上，其中湖南株和河南株与JXGZ2013、GDZQ2012、GDZQ2014株亲缘关系最近，同源性高达98.3%~98.7%；上海株与BJ-2011株、LZW分离株核苷酸同源性高达98.7%左右；福建株与2013年美国株、日本株及中国台湾变异株亲缘关系较近，核苷酸同源性高达99.0%~99.5%；B细胞线性抗原分析显示，与疫苗株相比，4株流行株在265－278位氨基酸处抗原表位明显增强。提示近年来PEDV呈现快速变异和进化趋势，抗原表位的变化可能是影响PEDV流行株感染性的主要原因。

关键词: 猪流行性腹泻病毒; 遗传进化; B细胞抗原表位

Abstract:

To analyse the genetic variation of porcine epidemic diarrhea virus（PEDV),one pair of primers was designed and RT-PCR was used to amplify the S1 gene epitope sequences of 4 PEDV field strains.Phylogenetic analysis showed that 4 strains were closely related to each other and belonged to the second group,and the Hunan and Henan isolates had a close relationship with JXGZ2013,GDZQ2012,GDZQ2014 strains,with the nucleotide homologies at 98.3% to 98.7%;Shanghai strain had a closed relationship with BJ-2011 strain and LZW isolates,with the higher homology at about 98.7%;Fujian isolates had a close relationship with strain of American in 2013,Japanese and Taiwan variation of China with the nucleotide homology at 99.0% to 99.5%;These results showed that a rapid variation and evolution of PEDV strains occurred in recent years,and linear B-cell epitope analysis showed that the threshold values at site 265 to 278 amino acid of 4 filed strains were higher than that of vaccine strains.The epitope differences indicated a possible of infectious that cause of patterns of epidemiology of PEDV.

Key words: porcine epidemic diarrhea virus; genetic variation; B-cell epitope

中图分类号:

S852.65

朱海侠. 4株猪流行性腹泻病毒S1基因生物信息学分析[J]. 《中国畜牧兽医》, 2016, 43(11): 3024-3030.

ZHU Hai-xia. Bioinformatics Analysis on S1 Gene of Four Porcine Epidemic Diarrhea Virus Strains[J]. , 2016, 43(11): 3024-3030.

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Bioinformatics Analysis on S1 Gene of Four Porcine Epidemic Diarrhea Virus Strains

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