禽呼肠孤病毒σB和σC蛋白二级结构及其细胞抗原表位预测

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2016.11.011

《中国畜牧兽医》 ›› 2016, Vol. 43 ›› Issue (11): 2880-2885.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2016.11.011

禽呼肠孤病毒σB和σC蛋白二级结构及其细胞抗原表位预测

黄莉, 谢芝勋, 谢丽基, 邓显文, 谢志勤, 范晴, 罗思思, 黄娇玲, 曾婷婷, 张艳芳, 王盛

广西壮族自治区兽医研究所, 广西重点实验室, 南宁 530001

收稿日期:2016-05-04 出版日期:2016-11-20 发布日期:2016-11-18
通讯作者: 谢芝勋 E-mail:xiezhixun@126.com
作者简介:黄莉(1978-),女,广西南宁人,博士,研究方向:禽病防治与病原分子生物学,E-mail:lhuang405@126.com
基金资助:
广西自然科学基金（2014GXNSFCA118006）；广西水产畜牧兽医局科技项目（桂渔牧科201452003）

Prediction of Secondary Structure and B-and T-cell Epitopes of σB and σC Proteins of Avian Reovirus

HUANG Li, XIE Zhi-xun, XIE Li-ji, DENG Xian-wen, XIE Zhi-qin, FAN Qing, LUO Si-si, HUANG Jiao-ling, ZENG Ting-ting, ZHANG Yan-fang, WANG Sheng

Guangxi Key Laboratory of Guangxi Veterinary Research Institute, Nanning 530001, China

Received:2016-05-04 Online:2016-11-20 Published:2016-11-18

摘要/Abstract

摘要：

研究旨在运用DNAStar生物软件及Garnier-Robson、Chou-Fasman等方法分析禽呼肠孤病毒（avian reovirus，ARV）标准毒株S1133重要结构蛋白σB和σC的二级结构及其T细胞和B细胞抗原表位。通过分析其亲水性、柔韧性、表面可及性和抗原指数等特性，对σB和σC蛋白的B细胞抗原表位进行预测；以Rothbard-Taylor和AMPHI方法预测σB和σC蛋白的T细胞抗原表位。结果显示，σB和σC蛋白形成α-螺旋结构的能力较差，但与σB蛋白相比，σC蛋白含有较多的β-折叠结构、转角及无规则卷曲等二级结构，因而σC蛋白二级结构较复杂。分析结果还表明σB和σC蛋白均含有潜在B细胞和T细胞抗原表位，尤其是σC蛋白具有较多的B细胞和T细胞抗原表位。本试验为深入研究σB和σC蛋白的免疫学特性及研发ARV新型疫苗和药物靶标奠定基础。

关键词: 禽呼肠孤病毒; σB和σC结构蛋白; 二级结构; 抗原表位

Abstract:

To predict the secondary structures and B-and T-cell epitopes of σB and σC proteins of avian reovirus（ARV),the secondary structures of ARV σB and σC proteins were predicted by DNAStar software and the Garnier-Robson,Chou-Fasman methods.B-and T-cell cell epitopes of σB and σC proteins were predicted by mutable parameters,including hydrophilicity,flexibility,surface probability and antigenicity.The analysis results showed that σB and σC proteins had few α-helix regions,meanwhile,compared with σB protein,σC protein possessed rather much β-sheet and turn regions,indicating σC protein exhibited more complex secondary structure.Furthermore,both σB and σC proteins had a few promising B cell and T cell epitopes,which would contribute to further explore the immune functions of σB and σC proteins,and provided a basis for development of ARV new type vaccine and therapeutic drugs.

Key words: avian reovirus; σB and σC proteins; secondary structure; epitope

中图分类号:

S852.65

黄莉, 谢芝勋, 谢丽基, 邓显文, 谢志勤, 范晴, 罗思思, 黄娇玲, 曾婷婷, 张艳芳, 王盛. 禽呼肠孤病毒σB和σC蛋白二级结构及其细胞抗原表位预测[J]. 《中国畜牧兽医》, 2016, 43(11): 2880-2885.

HUANG Li, XIE Zhi-xun, XIE Li-ji, DENG Xian-wen, XIE Zhi-qin, FAN Qing, LUO Si-si, HUANG Jiao-ling, ZENG Ting-ting, ZHANG Yan-fang, WANG Sheng. Prediction of Secondary Structure and B-and T-cell Epitopes of σB and σC Proteins of Avian Reovirus[J]. , 2016, 43(11): 2880-2885.

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