京海黄鸡禽流感抗病性状的全基因组关联分析

doi:10.11843/j.issn.1671-7236.2015.03.001

《中国畜牧兽医》---唯一指定的官方网站 ›› 2015, Vol. 42 ›› Issue (3): 509-515.doi: 10.11843/j.issn.1671-7236.2015.03.001

• 生物技术 • 下一篇

京海黄鸡禽流感抗病性状的全基因组关联分析

王文浩¹, 李国辉¹, 王金玉¹, 张跟喜¹, 张涛¹, 韩昆鹏¹, 王永娟^1,2

1. 扬州大学动物科学与技术学院, 扬州 225009;
2. 江苏海门京海禽业集团, 海门 226103

收稿日期:2014-11-03 出版日期:2015-03-20 发布日期:2015-03-30
通讯作者: 王金玉 E-mail:jywang@yzu.edu.cn
作者简介:王文浩(1988-),男,江苏射阳人,博士,研究方向:动物遗传育种与繁殖,E-mail:691042495@qq.com
基金资助:
江苏高校优势学科建设工程项目;国家肉鸡产业技术体系(nycytx-42-G1-05)

Genome-wide Association Studies for Jinghai Yellow Chicken's AIV Disease Resistance Trait

WANG Wen-hao¹, LI Guo-hui¹, WANG Jin-yu¹, ZHANG Gen-xi¹, ZHANG Tao¹, HAN Kun-peng¹, WANG Yong-juan^1,2

1. College of Animal Science and Technology, Yangzhou University, Yangzhou 225009, China;
2. Jiangsu Jinghai Poultry Group Co., Ltd., Haimen 226103, China

Received:2014-11-03 Online:2015-03-20 Published:2015-03-30

摘要/Abstract

摘要： 试验旨在寻找影响京海黄鸡禽流感抗病性状的分子标记.本研究以京海黄鸡核心群母鸡为基础,测定了血清中的禽流感(H5亚型)抗体滴度,利用简化基因组测序技术进行全基因组关联分析(genome-wide association studies,GWAS),检测与禽流感抗体滴度相关的SNP位点.结果发现2个在染色体水平上与禽流感抗病性状显著相关的SNPs位点,分别位于4号和10号染色体上,其中10号染色体上的SNP位于RNA甲基转移酶家族基因Nsun7内部.该基因与细胞增殖和分化、蛋白质的生物合成密切相关,具有重要的生物学功能,推断其可作为影响京海黄鸡禽流感抗病性状的新的候选基因.

关键词: 京海黄鸡; 简化基因组测序; 禽流感抗病性状

Abstract: In order to reveal the molecular marker that influence Jinghai Yellow chicken's AIV disease resistance trait.This research was based on female Jinghai Yellow chicken in core group and had measured the AIV antibody titer.Genome-wide association studies was carried out using specific-locus amplified fragment sequencing technology to detect SNP associated with this trait.Finally,two SNPs that reached the chromosome significant level with AIV were detected,they were on GGA4 and GGA10.The SNP on GGA10 was in Nsun7 gene and it had important biological function.Furthermore,we thought Nsun7 gene was an important candidate genes affecting AIV in Jinghai Yellow chicken.

Key words: Jinghai Yellow chicken; SLAF-seq; AIV disease resistance trait

中图分类号:

王文浩, 李国辉, 王金玉, 张跟喜, 张涛, 韩昆鹏, 王永娟. 京海黄鸡禽流感抗病性状的全基因组关联分析[J]. 《中国畜牧兽医》---唯一指定的官方网站, 2015, 42(3): 509-515.

WANG Wen-hao, LI Guo-hui, WANG Jin-yu, ZHANG Gen-xi, ZHANG Tao, HAN Kun-peng, WANG Yong-juan. Genome-wide Association Studies for Jinghai Yellow Chicken's AIV Disease Resistance Trait[J]. , 2015, 42(3): 509-515.

参考文献

[1] Hardy J,Singleton A.Genomewide association studies and human disease [J].New England Journal of Medicine,2009,360(17):1759-1768.

[2] Liu Y Z,Pei Y F,Liu J F,et al.Powerful bivariate genome-wide association analyses suggest the SOX6 gene influencing both obesity and osteoporosis phenotypes in males[J].PLoS One,2009,4(8):e6827.

[3] Liu Y Z,Wilson S G,Wang L,et al.Identification of PLCL1 gene for hip bone size variation in females in a genome-wide association study[J].PLoS One,2008,3(9):e3160.

[4] English S B,Butte A.Evaluation and integration of 49 genome-wide experiments and the prediction of previously unknown obesity-related genes[J].Bioinformatics,2007,23(21):2910-2917.

[5] Xiong D H,Liu X G,Guo Y F,et al.Genome-wide association and follow-up replication studies identified ADAMTS18 and TGFBR3 as bone mass candidate genes in different ethnic groups[J].Am J Hum Genet,2009,84(3):388-398.

[6] 王文浩,王金玉,张跟喜,等.ACVR1基因对京海黄鸡生长和繁殖性状的遗传效应研究[J].中国畜牧兽医,2012,39(7):70-73.

[7] Fan B,Onteru S K,Du Z Q,et al.Genome-wide association study identifies loci for body composition and structural soundness traits in pigs [J].PLoS One,2011,6(2):e14726.

[8] Xie L,Luo C,Zhang C,et al.Genome-wide association study identified a narrow chromosome 1 region associated with chicken growth traits [J].PLoS One,2012,7(2):e30910.

[9] 胡耀东.鸡H/L和SRBC遗传选择及部分抗病性状全基因组关联分析[D].雅安:四川农业大学,2012.

[10] 张磊.鸡部分免疫性状全基因组关联分析研究[D].北京:中国农业科学院,2012.

[11] Alexander D H,Novembre J,Lange K.Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individual[J].Genome Res,2009,19(9):1655-1664.

[12] 张莉.绵羊肉用性状全基因组关联分析[D].北京:中国农业科学院,2013.

[13] Liu R,Sun Y,Zhao G,et al.Genome-wide association study identifies loci and candidate genes for body composition and meat quality traits in Beijing-You chickens[J].PLoS One,2013,8(4):e61172.

[14] Gu X,Feng C,Ma L,et al.Genome-wide association study of body weight in chicken F2 resource population[J].PLoS One,2011,6(7):e21872.

[15] Shen X,Zeng X,Xie L,et al.The GTPase activating Rap/RanGAP domain-like 1 gene is associated with chicken reproductive traits[J].PLoS One,2012,7(4):e33851.

[16] Liu W,Li D,Liu J,et al.A genome-wide SNP scan reveals novel loci for egg production and quality traits in white Leghorn and brown-egg dwarf layers[J].PLoS One,2011,6(12):e28600.

[17] Chi L,Delgado-Olguín P.Expression of NOL1/NOP2/sun domain (Nsun) RNA methyltransferase family genes in early mouse embryogenesis[J].Gene Expr Patterns,2013,13(8):319-327.

[19] Khan M A,Rafiq M A,Noor A,et al.Mutation in Nsun2,which encodes an RNA methyltransferase,causes autosomal-recessive intellectual disability [J].American Journal of Human Genetics,2012,90(5):856-863.

[20] Khosronezhad N,Colagar A H,Jorsarayi S G.T26248G-transversion mutation in exon7 of the putative methyltransferaseNsun7 gene causes a change in protein folding associated with reduced sperm motility in asthenospermic men[J].Reprod Fertil Dev,2014,2(3):107-109.

京海黄鸡禽流感抗病性状的全基因组关联分析

Genome-wide Association Studies for Jinghai Yellow Chicken's AIV Disease Resistance Trait

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价

[1]	张会永, 李国辉, 薛倩, 周成浩, 殷建玫, 苏一军, 夏树立, 韩威. 基于RAD-Seq技术的大围山微型鸡遗传进化分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(4): 1393-1401.
[2]	兰蓉, 朱兰, 江炎庭, 欧阳依娜, 邵庆勇. 基于简化基因组测序的黄色波尔山羊公羊亲缘关系及近交系数分析[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(8): 2878-2888.
[3]	朱云芬, 殷建玫, 张吉发, 李国辉, 沈海玉, 薛倩, 张会永, 窦新红, 苏一军, 韩威. 基于RAD-seq测序的狼山鸡基因组选择信号分析[J]. 中国畜牧兽医, 2020, 47(9): 2706-2714.
[4]	袁曼曼, 张涛, 张向前, 李婷婷, 凌娇娇, 吴鹏飞, 王金玉, 施会强. 京海黄鸡G蛋白偶联受体1基因生物信息学及组织表达分析[J]. 《中国畜牧兽医》, 2017, 44(8): 2215-2225.
[5]	董新龙, 张向前, 韩昆鹏, 凌姣姣, 张跟喜, 王金玉, 王永娟. 基于RNA-Seq技术的京海黄鸡卵巢组织转录本预测及新基因挖掘[J]. 《中国畜牧兽医》, 2017, 44(2): 497-504.
[6]	张向前, 董新龙, 凌姣姣, 韩昆鹏, 张涛, 王金玉, 王永娟. 京海黄鸡中HOXC10基因表达规律及其生物信息学分析[J]. 《中国畜牧兽医》---唯一指定的官方网站, 2016, 43(7): 1702-1708.
[7]	段炼, 王文浩, 李婷婷, 王金玉, 韩昆鹏, 王永娟. 京海黄鸡腹脂重性状的全基因组关联分析[J]. , 2016, 43(5): 1140-1147.
[8]	韩昆鹏, 段炼, 李婷婷, 王金玉, 张涛, 李国辉, 张跟喜, 薛倩. 京海黄鸡卵巢转录组研究:基因结构分析与新基因发掘注释[J]. , 2016, 43(4): 854-861.
[9]	汤智群, 周佳栋, 洪伟鸣, 曹飞, 左伟勇, 朱善元. N-氨甲酰谷氨酸和精氨酸对京海黄鸡肉仔鸡生长性能和血液指标的影响[J]. , 2015, 42(5): 1130-1136.
[10]	王文浩, 张涛, 张跟喜, 王金玉, 李国辉, 王永娟. 京海黄鸡γ-干扰素水平的全基因组关联分析[J]. , 2015, 42(2): 245-250.
[11]	张涛，张跟喜，王金玉，樊庆灿，王文浩，魏岳，陈学森，唐莹，王永娟. 京海黄鸡肌细胞生成素基因的克隆和生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2014, 41(8): 1-8.
[12]	薛倩，王金玉，张跟喜，王亚男，唐莹，魏岳，施会强. 京海黄鸡甲状腺激素应答蛋白Spot14α基因外显子1多态性与屠体和腹脂性状的相关性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2014, 41(7): 169-174.
[13]	赵秀华，李满雨，王金玉，刘国君. 胰岛素样生长因子-Ⅰ基因与京海黄鸡生长和繁殖性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2014, 41(7): 178-181.
[14]	唐莹，王金玉，张跟喜，葛莹，薛倩，王亚男，王永娟. 肌细胞生成素基因多态性对京海黄鸡繁殖性状的遗传效应研究[J]. 中国畜牧兽医, 2014, 41(4): 170-174.
[15]	陈学森，王金玉，张跟喜，张涛，唐莹，施会强. 京海黄鸡钠氢离子交换泵1基因实时荧光定量PCR标准曲线的建立[J]. 中国畜牧兽医, 2014, 41(2): 39-42.