H1、H3亚型猪流感病毒双重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.10.029

《中国畜牧兽医》 ›› 2017, Vol. 44 ›› Issue (10): 3035-3041.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.10.029

H1、H3亚型猪流感病毒双重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

王博^1,2,3, 王慧煜¹, 赵宝华³, 罗静², 王承民², 何宏轩², 韩雪清¹

1. 中国检验检疫科学研究院, 北京 100029;
2. 中国科学院动物研究所, 北京 100101;
3. 河北师范大学, 石家庄 050024

收稿日期:2017-03-13 出版日期:2017-10-20 发布日期:2017-10-20
通讯作者: 何宏轩, 韩雪清 E-mail:hehx@ioz.ac.cn;xqhancaiq@163.com
作者简介:王博(1993-),女,河北廊坊人,硕士生,研究方向:微生物学,E-mail:923454097@qq.com
基金资助:
十二五国家科技支撑计划课题（2013BAD12B01）；国家林业局野生动物疫源疫病监测项目；中国科学院战略生物资源科技支撑体系运行专项野生动物疫源疫病样品组织库（CZBZX-1）

Development and Application of Duplex Real-time RT-PCR Assay for Detection of H1 and H3 Subtype Swine Influenza Viruses

WANG Bo^1,2,3, WANG Hui-yu¹, ZHAO Bao-hua³, LUO Jing², WANG Cheng-min², HE Hong-xuan², HAN Xue-qing¹

1. Chinese Institute of Inspection and Quarantine, Beijing 100029, China;
2. Institute of Zoology, Chinese Academy of Sciences, Beijing 100101, China;
3. Hebei Normal University, Shijiazhuang 050024, China

Received:2017-03-13 Online:2017-10-20 Published:2017-10-20

摘要/Abstract

摘要：

为建立一种快速、准确地检测H1和H3亚型猪流感病毒（swine influence virus，SIV）的方法，根据H1和H3亚型SIV血凝素（hemagglutinin，HA）基因保守序列，分别设计2对特异性引物和2条TaqMan探针，建立双重实时荧光定量RT-PCR方法。结果显示，该方法敏感性高，可检测到最低拷贝数为10²拷贝/μL；重复性良好，重复孔Ct值的变异系数均在5%以下；特异性好，除H1和H3亚型SIV外，H4、H5、H7、H9亚型SIV、猪瘟病毒、猪繁殖与呼吸综合征病毒、口蹄疫病毒、伪狂犬病病毒检测均为阴性；在田间样品中成功检出1株H1和1株H3亚型SIV，检出率为1.16%。该方法准确、快速、灵敏、特异，可为H1、H3亚型SIV的快速鉴别检测及流行病学调查提供有效的技术手段。

关键词: H1和H3亚型猪流感病毒(SIV); 双重实时荧光定量RT-PCR; TaqMan探针

Abstract:

To establish a rapid, accurate method to diagnose and detect H1 and H3 subtype swine influenza viruses (SIV) at the same time, the specific primers and TaqMan probes were designed according to the conserved region of the HA gene of H1 and H3 subtype SIV. A duplex Real-time RT-PCR assay was developed for detection of H1 and H3 subtype SIV. The results showed that the Real-time RT-PCR could detect 10² copies/μL of H1 and H3 subtype SIV, the sensibility was well. Coefficient of variation of Ct value between repeating groups were all below 5%, the repeatability was favorable. The results were negative for the detection of H4, H5, H7, H9 subtypes SIV, classical swine fever virus, porcine reproductive and respiratory syndrome virus, foot and disease virus and pseudorabies virus, the specificity was fine. One sample was H1 subtype SIV, and one sample was H3 subtype SIV, by the established assay, the positive rate was 1.16%. The method was highly accurate, rapid, sensitive and specific, and could provide a method for rapid detection and epidemiological investigation of H1 and H3 subtype SIV.

Key words: H1 and H3 subtype swine influenza viruses (SIV); duplex Real-time RT-PCR; TaqMan probe

中图分类号:

S852.65

王博, 王慧煜, 赵宝华, 罗静, 王承民, 何宏轩, 韩雪清. H1、H3亚型猪流感病毒双重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用[J]. 《中国畜牧兽医》, 2017, 44(10): 3035-3041.

WANG Bo, WANG Hui-yu, ZHAO Bao-hua, LUO Jing, WANG Cheng-min, HE Hong-xuan, HAN Xue-qing. Development and Application of Duplex Real-time RT-PCR Assay for Detection of H1 and H3 Subtype Swine Influenza Viruses[J]. , 2017, 44(10): 3035-3041.

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H1、H3亚型猪流感病毒双重实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立及应用

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