山羊CLAⅠα链基因的克隆及生物信息学分析

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.07.023

《中国畜牧兽医》 ›› 2017, Vol. 44 ›› Issue (7): 2065-2070.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.07.023

山羊CLAⅠα链基因的克隆及生物信息学分析

邓阳, 吴国华, 颜新敏, 赵志荀, 李杨, 李健, 窦永喜, 张志东, 张强

中国农业科学院兰州兽医研究所, 家畜疫病病原生物学国家重点实验室, 农业部畜禽病毒学重点实验室, 兰州 730046

收稿日期:2016-12-02 出版日期:2017-07-20 发布日期:2017-07-22
通讯作者: 吴国华, 张强 E-mail:wuguohua@caas.cn;qzhang1616@sohu.com
作者简介:邓阳(1991-),男,甘肃酒泉人,硕士生,研究方向:兽医微生物及其分子生物学,E-mail:173235608@qq.com
基金资助:
甘肃省国际科技合作专项（1604WKCA012）；甘肃省科技支撑计划（1504NKCA054-3）；"十三五"国家重点研发计划（2016YFD0500907）

Cloning and Bioinformatic Analysis of Goats CLAⅠα Chain Gene

DENG Yang, WU Guo-hua, YAN Xin-min, ZHAO Zhi-xun, LI Yang, LI Jian, DOU Yong-xi, ZHANG Zhi-dong, ZHANG Qiang

Key Laboratory of Animal Virology of the Ministry of Agriculture, State Key Laboratory of Veterinary Etiological Biology, Lanzhou Veterinary Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou 730046, China

Received:2016-12-02 Online:2017-07-20 Published:2017-07-22

摘要/Abstract

摘要：

为探究山羊CLAⅠα链基因的多态性，本试验根据GenBank中山羊CLAⅠα链基因序列设计引物，采用RT-PCR技术从10个品系山羊白细胞中克隆山羊CLAⅠα链基因，测序后进行生物信息学分析。结果表明，CLAⅠα链基因长度为1 074 bp，编码357个氨基酸。经核苷酸序列分析发现，10个品系山羊CLAⅠα链基因同源性集中在82.8%~99.5%之间。将10个品系山羊CLAⅠα链基因核苷酸推导的氨基酸序列进行比对，发现突变集中在α1区域（22-110位氨基酸）与α2区域（111-203位氨基酸）。遗传进化分析表明，GenBank中山羊CLAⅠα链基因与红寺湖绒山羊、河西绒山羊、陕北绒山羊、阿尔巴斯绒山羊的CLAⅠα基因遗传关系较近，与其他6个品系山羊，即简阳大耳山羊、金堂黑山羊、西农萨能奶山羊、美姑山羊、大足黑山羊、努比亚山羊的CLAⅠα基因遗传关系较远。本试验结果为进一步研究CLAⅠα链基因的多态性奠定了理论基础。

关键词: 山羊; CLAⅠα 链基因; 克隆; 生物信息分析

Abstract:

In order to explore the polymorphism of goat CLAⅠα chain gene, the primers were designed according to goat CLAⅠα chain gene in GenBank. Goat CLAⅠα chain gene was amplified from white blood cells of ten varieties of goats by RT-PCR,then the sequences were analyzed by bioinformatics. The results showed that the length of CLAⅠα chain gene was 1 074 bp, which encoded 357 amino acids. The nucleotide sequence analysis indicated that the homology of CLAⅠα chain genes of ten varieties of goats was 82.8% to 99.5%. The deduced amino acid sequence analysis revealed that the mutations were concentrated in α1 region (22-110 amino acids) and α2 region (111-203 amino acids). Genetic evolution analysis showed that the goat CLAⅠα chain gene in GenBank was close to the CLAⅠα chain gene of HSH-goat, HX-goat,SB-goat and AEBS-goat on genetic relationship, but with far relation to other 6 breeds, including JYDE-goat, JTH-goat, XNSN-goat, MG-goat, DZH-goat and NBY-goat. This study laid a theoretical foundation for the further study on polymorphism of CLAⅠα chain gene.

Key words: goat; CLAⅠα chain gene; cloning; bioinformatics analysis

中图分类号:

S852.65

邓阳, 吴国华, 颜新敏, 赵志荀, 李杨, 李健, 窦永喜, 张志东, 张强. 山羊CLAⅠα链基因的克隆及生物信息学分析[J]. 《中国畜牧兽医》, 2017, 44(7): 2065-2070.

DENG Yang, WU Guo-hua, YAN Xin-min, ZHAO Zhi-xun, LI Yang, LI Jian, DOU Yong-xi, ZHANG Zhi-dong, ZHANG Qiang. Cloning and Bioinformatic Analysis of Goats CLAⅠα Chain Gene[J]. , 2017, 44(7): 2065-2070.

参考文献

[1] Hughes A L.MHC polymorphism and the design of captive breeding programs[J].Conservation Biol,1991,5(2):249-251.
[2] 郑世军.动物分子免疫学[M].北京:中国农业出版社,2015.
[3] 金伯泉.医学免疫学[M].北京:人民卫生出版社,2012.
[4] Van Dam J D,Amaro J D,Van Kooten P J S,et al. The histocompatibility complex CLA in the goat[J].Anim Blood Grps Biochem Genet,1979,10:121-124.
[5] Hoda A,Papa L,Bicoku Y. Polymorphisam of microsatellite loci in MHC complex for an albanian goat breed[J]. Maced J Anim Sci,2012,2(1):17-21.
[6] Joosten I,Ruff G,Sanders M F,et al. Use of isoelectric focusing to define major histocompatibility complex class Ⅰ polymorphism in goats[J]. Anim Genet,1993,24:47-51.
[7] Gao G F,Jakobsen B K. Molecular interactions of co-receptor CD8 and MHC class[J]. Immunol Today, 2000,21(12):630-636.
[8] Hulme D,Nicholas F,Windon R,et al. The MHC class Ⅱ region and resistance to an intestinal parasite in sheep[J]. Journal of Animal Breeding and Genetics,1993,110(1):459-472.
[9] Yang D,Min X,Yu J,et al. Sequencing and automated whole-genome optical mapping of the genome of a domestic goat (Cppra hircus)[J]. Nat Biotechnol,2013,2(31):135-143.
[10] 刘彬,罗卫星,蔡慧芬,等.羊MHC基因多态性与抗病性状的相关性研究进展[J].广东农业科学,2014,6:158-161.
[11] Zidi A,Sanchez A,Obexer-Ruff G,et al. Sequence analysis of goat major histocompatibility complex[J].J Dairy Sci,2008,2(91):814-817.
[12] Kulski J K,Shiina T,Anzai T,et al. Comparative genomic analysis of the MHC:The evolution of class Ⅰduplication blocks,diversity and complexity from shark to man[J]. Immunol Rev,2002,190:95-122.
[13] 徐金瑞,杨易. MHC在动物遗传育种中的研究进展[J].农业科学研究,2007,28(2):76-78.
[14] Altman J D,Moss P A,Goulder P J,et al. Phenotypic analysis of antigen-specific T lymphocytes[J]. Science,1996,274(5284):94-96.
[15] Painter C A,Stem L J. Conformational variation in structures of classical and non-classical MHC Ⅱ proteins and functional implications[J]. Immunol Rev,2012,250(1):144-157.
[16] Flajnik M F, Canel C,Kramer J,et al. Evolution of the major histocompatibility complex:Molecular cloning of major histocompatibility complex class Ⅰ from the amphibian Xenopus[J]. Proc Natl Acad Sci USA,1991,88(2):537-541.
[17] Hedrick P W. Evolutionary genetics of the major histocompatibility complex[J].Am Nat,1994,143:945-964.
[18] 施阳阳.四川省山羊遗传资源发掘初报[D].雅安:四川农业大学,2013.
[19] 唐美玲.羊病的流行与防治[J].中国畜牧兽医文摘,2016,32(8):116.
[20] Xu A, Van E M, Park C,et al. Polymorphism in BoLA-DRB3 exon 2 correlates with resistance to persistent lymphocytosis caused by bovine leukemia virus[J]. The Journal of Immunol,1993,151(12):6977-6985.

山羊CLAⅠα链基因的克隆及生物信息学分析

Cloning and Bioinformatic Analysis of Goats CLAⅠα Chain Gene

PDF

可视化

摘要/Abstract

引用本文

使用本文

参考文献

相关文章 15

编辑推荐

Metrics

本文评价

[1]	吕春荣, 梁家充, 邵庆勇, 吴国权, 张玉梅, 权国波. 丙酮酸钠对山羊冷冻精子质量的影响[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2363-2369.
[2]	焦琳琳, 成玉婷, 吴庆国, 吴双, 吴植, 朱善元, 钱莺娟. 鸭坦布苏病毒Capsid蛋白原核表达及多克隆抗体制备[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2395-2402.
[3]	欧云文, 潘琴, 汪洋, 代军飞, 任绍科, 张洋, 张杰. 猪细小病毒6型ORF2基因的截短表达及多克隆抗体制备[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2487-2495.
[4]	刘佳隆, 张译文, 张悦然, 孙奇娟, 陈建, 何雷, 贾艳艳, 丁轲, 余祖华. 鸡ELAVL1基因克隆、原核表达及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1807-1817.
[5]	王雪平, 张孝俊, 李晓月, 王国栋, 张福良, 宋玉伟, 张明亮, 马磊. 高致病性禽腺病毒血清4型Hexon蛋白的原核表达及多克隆抗体的制备[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 2053-2060.
[6]	范冰峰, 李文, 刘理想, 赵向远, 邵静, 林乐丰, 孙慧敏, 张旭林, 许保增. 水貂AANAT基因克隆及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1307-1318.
[7]	刘红润, 朱思燃, 奉玲丽, 张坤, 颜港, 王钰滨, 张帅, 江山, 许迪, 兰干球, 梁晶. 大白猪CDO1基因克隆、生物信息学分析及组织表达定位[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1352-1363.
[8]	胡乐玉, 胡欣瑶, 李颖, 赵盛淼, 沈凤臻, 王长法, 李亮亮, 王彤彤, 任慧英. 德州驴HO-1基因生物信息学分析及多克隆抗体制备[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1499-1510.
[9]	王文婕, 茹鹏辉, 郁川, 杜付熙, 陈松彪, 尚珂, 张春杰, 程相朝. 猫细小病毒洛阳分离株VP2蛋白原核表达及多克隆抗体制备[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1511-1521.
[10]	宋兴超, 孟金柱, 赵园园, 吴震洋, 安清明. 贵州白山羊MyoG基因启动子区序列克隆及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 893-903.
[11]	萨初拉, 吴铁成, 马跃军, 何云梅, 朱莉仙, 何托雅, 武玉平, 刘斌. 绒山羊4个多胎性状候选基因多态性及其与产羔数的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 1037-1047.
[12]	张永杰, 隋志远, 张志帅, 王晨光, 李孝君, 邢凤. 多浪羊NPTX1基因克隆、生物信息学分析及在初情期的表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 1048-1058.
[13]	牛小杰, 徐明国, 肖莉, 刘文豪, 陈创夫, 王勇. 鸡白痢沙门氏菌IPAJ蛋白的表达纯化、多克隆抗体制备及ELISA方法的建立[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 1218-1228.
[14]	侯浩宇, 郑南南, 吴宏举, 陈寅龙, 李潮, 张昂克, 姬鹏超, 万博, 杜永坤, 张改平. 非洲猪瘟病毒p30蛋白单克隆抗体制备和鉴定[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 1241-1249.
[15]	韦义荣, 郑自华, 张叁保, 宋颖, 蒋海玉, 孙雯玥, 程鹏飞, 刘雨帆, 邹剑伟, 黄艳娜, 潘艳, 蒋钦杨. 努比亚山羊UCP1基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(2): 440-450.