猪嗜淋巴细胞疱疹病毒2型GD27株gB基因生物信息学分析

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.01.026

《中国畜牧兽医》 ›› 2017, Vol. 44 ›› Issue (1): 186-193.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.01.026

猪嗜淋巴细胞疱疹病毒2型GD27株gB基因生物信息学分析

朱事康¹, 佟铁铸¹, 刘星¹, 李春萍¹, 陈燕忠¹, 罗卓军¹, 林志雄², 刘中勇², 周宇¹

1. 惠州出入境检验检疫局, 惠州 516006;
2. 广东出入境检验检疫局, 广州 510623

收稿日期:2016-07-21 出版日期:2017-01-20 发布日期:2017-01-19
通讯作者: 周宇 E-mail:zhouyu7890@163.com
作者简介:朱事康(1977-),男,广东惠州人,硕士,高级兽医师,研究方向:动物疫病检测,E-mail:zhusk@hz.gdciq.gov.cn
基金资助:
广东省科技厅项目（2013B020307009）

Bioinformatics Analysis of gB Gene of Porcine Lymphotropic Herpesviruses Strain GD27

ZHU Shi-kang¹, TONG Tie-zhu¹, LIU Xing¹, LI Chun-ping¹, CHEN Yan-zhong¹, LUO Zhuo-jun¹, LIN Zhi-xiong², LIU Zhong-yong², ZHOU Yu¹

1. Huizhou Entry-exit Inspection and Quarantine Bureau of P. R. C, Huizhou 516006, China;
2. Guangdong Entry-exit Inspection and Quarantine Bureau of P. R. C, Guangzhou 510623, China

Received:2016-07-21 Online:2017-01-20 Published:2017-01-19

摘要/Abstract

摘要：

试验采用PCR方法扩增出猪嗜淋巴细胞疱疹病毒2型（porcine lymphotropic herpesviruses 2，PLHV-2）gB基因全序列，并进行测序，使用生物信息学软件对gB蛋白进行生物信息学分析和预测。结果显示，gB蛋白由876个氨基酸组成，分子式为C₄₅₀₀H₆₉₇₅N₁₁₉₉O₁₃₅₁S₄₀，分子质量为100.77 ku，等电点为6.45，不稳定系数为38.58；二级结构预测以无规则卷曲为主要结构，1-39位氨基酸为信号肽，761-780位氨基酸为跨膜区结构，具有多种功能位点，存在多处天然非规则结构蛋白；三级结构显示有一个具有溶解作用的环状构象。综合多种方法分析预测结果表明，gB基因存在多个B细胞线性抗原表位，可作为PLHV-2疫苗的候选抗原。

关键词: 猪嗜淋巴细胞疱疹病毒; gB基因; 生物信息学分析

Abstract:

The glycoproteins B (gB) gene of porcine lymphotropic herpesviruses 2 (PLHV-2)was amplified by PCR and sequenced, then bioinformatics analysis were conducted. The gB protein was composed of 876 amino acids, the molecular formula was C₄₅₀₀H₆₉₇₅N₁₁₉₉O₁₃₅₁S₄₀, the molecular mass was 100.77 ku, the value of theoretical isoelectric point was 6.45, and the instability index was 38.58. The prediction of secondary structure revealed that some alpha helixes and beta sheets exist in protein while random coil was major pattern. It had a signal peptide in the position 1-39 amino acids and a transmembrane helice in the position 761-780 amino acids. It contained several prosites and several intrinsically disordered proteins. Tertiary structure model of gB protein showed a fusion loop. Multiple antigenic epitope located in gB through comprehensive analysis prediction method. It was suggested that gB gene could be as a candidate antigen for vaccination of PLHV-2.

Key words: porcine lymphotropic herpesviruses; gB gene; bioinformatics analysis

中图分类号:

S852.65⁺9.1

朱事康, 佟铁铸, 刘星, 李春萍, 陈燕忠, 罗卓军, 林志雄, 刘中勇, 周宇. 猪嗜淋巴细胞疱疹病毒2型GD27株gB基因生物信息学分析[J]. 《中国畜牧兽医》, 2017, 44(1): 186-193.

ZHU Shi-kang, TONG Tie-zhu, LIU Xing, LI Chun-ping, CHEN Yan-zhong, LUO Zhuo-jun, LIN Zhi-xiong, LIU Zhong-yong, ZHOU Yu. Bioinformatics Analysis of gB Gene of Porcine Lymphotropic Herpesviruses Strain GD27[J]. , 2017, 44(1): 186-193.

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猪嗜淋巴细胞疱疹病毒2型GD27株gB基因生物信息学分析

Bioinformatics Analysis of gB Gene of Porcine Lymphotropic Herpesviruses Strain GD27

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