猪瘟病毒E2基因密码子偏爱性分析

›› 2014, Vol. 41 ›› Issue (12): 50-55.

猪瘟病毒E2基因密码子偏爱性分析

罗丹丹, 曹冶, 谢晶, 赵素君, 李江凌, 廖党金, 叶勇刚, 李兴玉

四川省畜牧科学研究院, 四川成都 610066

收稿日期:2014-06-11 出版日期:2014-12-20 发布日期:2014-12-25
通讯作者: 李江凌, 廖党金 E-mail:yujiang1465@126.com;liaodjin@126.com
作者简介:罗丹丹(1984－),女,四川人,硕士,助理研究员,研究方向:动物传染病病原分子生物学.
基金资助:
四川省畜牧科学研究院基本科研业务费专项(SASA2011A04);四川生猪现代产业技术体系疫病控制岗位;四川省财政基础科研经费专项.

Codon Preference Analysis of E2 Gene of Classical Swine Fever Virus

LUO Dan-dan, CAO Ye, XIE Jing, ZHAO Su-jun, LI Jiang-ling, LIAO Dang-jin, YE Yong-gang, LI Xing-yu

Sichuan Academy of Animal Science, Chengdu 610066, China

Received:2014-06-11 Online:2014-12-20 Published:2014-12-25

摘要/Abstract

摘要： 本试验旨在阐明猪瘟病毒(classical swine fever virus,CSFV)囊膜结构(糖)蛋白E2基因的密码子使用规律,以期为选择高效的表达系统、探索基因功能提供理论依据.本研究运用EMBOSS在线分析软件的CHIPS和CUSP程序对CSFV E2基因进行密码子偏爱性分析.结果显示CSFV E2基因的CAI值为0.703,ENC值为53.161,表明E2在密码子使用上存在较明显的偏爱性,且第3位核苷酸尤其偏爱G或C;从与CSFV E2基因密码子使用频率比值上看,使用频率差异较大的在大肠杆菌有33个、酵母有25个、人有25个;CSFV E2基因共有34个稀有密码子,且还有多个稀有密码子多次串联成簇的情况出现.本试验结果表明酵母等真核生物与CSFV E2基因密码子偏爱性较为接近, 可作为其体外表达系统.

关键词: 猪瘟病毒; E2基因; 密码子偏爱性

Abstract: To provide a preferential host system for gene expression and research gene function of classical swine fever virus (CSFV) structural and envelope protein E2, codon preference of this gene was analyzed by CHIPS and CUSP programs of EMBOSS software. The results showed that CAI and ENC values of E2 gene were 0.703 and 53.161 which had a strong bias in codon preference, and also with a strong bias towards the codons with G or C at the third codon position. There were distinct differences of 33, 25 and 25 codons frequencies in E.coli, yeast and human, respectively, comparing with CSFV E2. Besides, there were totally 34 rare codons in CSFV E2 gene and serial rare codons being strung together. The results showed that CSFV E2 was closest to yeast in codon usage pattern and yeast should be used as the most suitable expression system for CSFV E2 gene.

Key words: classical swine fever virus; E2 gene; codon preference

中图分类号:

罗丹丹, 曹冶, 谢晶, 赵素君, 李江凌, 廖党金, 叶勇刚, 李兴玉. 猪瘟病毒E2基因密码子偏爱性分析[J]. , 2014, 41(12): 50-55.

LUO Dan-dan, CAO Ye, XIE Jing, ZHAO Su-jun, LI Jiang-ling, LIAO Dang-jin, YE Yong-gang, LI Xing-yu. Codon Preference Analysis of E2 Gene of Classical Swine Fever Virus[J]. , 2014, 41(12): 50-55.

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