3种兔艾美耳球虫rDNA ITS序列测定与系统进化分析

›› 2014, Vol. 41 ›› Issue (12): 30-33.

3种兔艾美耳球虫rDNA ITS序列测定与系统进化分析

许家园¹, 廖贵城², 胡会朋¹, 陈晓珍¹, 刘丽丹², 吴松明², 温远辉², 刘园², 翁亚彪¹, 林瑞庆¹

1. 华南农业大学兽医学院, 广东广州 510642;
2. 佛山正典生物技术有限公司, 广东佛山 528138

收稿日期:2014-08-04 出版日期:2014-12-20 发布日期:2014-12-25
通讯作者: 林瑞庆 E-mail:rqlin@scau.edu.cn
作者简介:许家园(1988－),男,安徽人,硕士生,研究方向:兽医寄生虫学.
基金资助:
广东省科技计划项目(2012A020100001).

Sequence and Phylogenetic Analysis of rDNA ITS of Three Eimeria Species in Rabbit

XU Jia-yuan¹, LIAO Gui-cheng², HU Hui-peng¹, CHEN Xiao-zhen¹, LIU Li-dan², WU Song-ming², WEN Yuan-hui², LIU Yuan², WENG Ya-biao¹, LIN Rui-qing¹

1. College of Veterinary Medicine, South China Agricultural University, Guangzhou 510642, China;
2. Foshan Standard Bio-Tech Co., Ltd., Foshan 528138, China

Received:2014-08-04 Online:2014-12-20 Published:2014-12-25

摘要/Abstract

摘要： 为研究内转间隔区(ITS)序列能否作为鉴别不同种兔球虫的分子标记,本试验以兔肠艾美耳球虫、黄艾美耳球虫和大型艾美耳球虫为研究对象,对其核糖体DNA(rDNA)ITS全序列进行PCR扩增,扩增产物纯化后连接至pGEM-T Easy载体上,重组质粒通过菌液PCR鉴定后测序,将测序结果与GenBank中公布的兔球虫ITS序列进行同源性比对,用Mega 5.0绘制系统进化树.结果显示,兔肠艾美耳球虫、黄艾美耳球虫和大型艾美耳球虫ITS序列长度分别为1065、1009和1047 bp,与GenBank公布的同种球虫相应序列同源性分别为99.2%、99.0%和94.5%,与其他种球虫序列的同源性为55.3%～82.1%.系统进化树显示兔球虫ITS序列形成单系群,该单系群又根据卵囊外残体的有无分为2个亚群.研究结果表明ITS序列种内同源性高于种间同源性,可作为3种兔球虫种间鉴定的分子标记.

关键词: 肠艾美耳球虫; 黄艾美耳球虫; 大型艾美耳球虫; rDNA ITS; 序列分析; 系统进化分析

Abstract: In order to study whether the internal transcribed spacers (ITS) sequence could be used as a molecular marker for the species identification of rabbit coccidian, the rDNA ITS of Eimeria intestinalis, Eimeria flavescens and Eimeria magna were amplified by polymerase chain reaction (PCR), and were cloned into pGEM-T Easy vector subsequently. The positive recombinant plasmids were identified by PCR and then sequenced. By sequence comparison and comparative analysis with the relative sequences of rabbit Eimeria spp. available in GenBank, the results showed that the lengths of Eimeria intestinalis, Eimeria flavescens and Eimeria magna were 1065, 1009 and 1047 bp, respectively, and the sequence homologies with the same species sequences were 99.2%, 99.0% and 94.5%, respectively, while were 55.3% to 82.1% compared with corresponding sequences of other different species sequences. The phylogenetic analysis using software Mega 5.0 showed that all rabbit coccidia clustered together in a clade, which was divided into two sister lineages, corresponding to the presence or absence of oocyst residuum. The result demonstrated ITS could be used as a molecular marker for the species identification of rabbit coccidia.

Key words: Eimeria intestinalis; Eimeria flavescens; Eimeria magna; rDNA ITS; sequence analysis; phylogenetic analysis

中图分类号:

S852.72

许家园, 廖贵城, 胡会朋, 陈晓珍, 刘丽丹, 吴松明, 温远辉, 刘园, 翁亚彪, 林瑞庆. 3种兔艾美耳球虫rDNA ITS序列测定与系统进化分析[J]. , 2014, 41(12): 30-33.

XU Jia-yuan, LIAO Gui-cheng, HU Hui-peng, CHEN Xiao-zhen, LIU Li-dan, WU Song-ming, WEN Yuan-hui, LIU Yuan, WENG Ya-biao, LIN Rui-qing. Sequence and Phylogenetic Analysis of rDNA ITS of Three Eimeria Species in Rabbit[J]. , 2014, 41(12): 30-33.

参考文献

1 马永华,贾万忠,闫鸿斌,等. 甘肃兰州地区屠宰市场兔球虫病流行病学调查[J]. 中国畜牧兽医,2009,36(6):142～145.
2 牛庆丽,罗建勋,殷宏. 转录间隔区(ITS)在寄生虫分子生物学分类中的应用及其进展[J]. 中国兽医寄生虫病,2008,16(4):41～47.
3 闫文朝,王天奇,索勋,等. 家兔球虫病的研究进展[J]. 中国兽医科学,2010,40(11):1200～1205.
4 夏延富,陈兆国,陈铁桥,等. 鸡六种艾美耳球虫ITS-1的克隆和序列分析[J]. 中国家禽,2009,31(13):24～27.
5 翁亚彪,谢德华,林瑞庆,等. 弓形虫ITS及5.8S序列的PCR扩增、克隆及分析[J]. 畜牧兽医学报,2005,36(1):70～73.
6 顾小龙,孙秀梅,刘红彬,等. 基于ITS-1序列的5种兔球虫系统进化分析[J]. 畜牧兽医学报,2012,43(7):1123～1128.
7 薛方民. 鸡艾美耳球虫不同种株ITS-1、ITS-2序列的克隆和分析比较[D]. 济南:山东师范大学,2007.
8 Kvičerová J, Pakandl M, Hypša V. Phylogenetic relationships among Eimeria spp.(Apicomplexa, Eimeriidae) infecting rabbits: Evolutionary significance of biological and morphological features[J]. Parasitology, 2008, 135(4):443～452.
9 Lew A E, Anderson G R, Minchin C M, et al. Inter- and intra-strain variation and PCR detection of the internal transcribed spacer 1 (ITS-1) sequences of Australian isolates of Eimeria species from chickens[J]. Veterinary Parasitology, 2003, 112(1):33～50.
10 Liu J, Yin H, Liu G, et al. Discrimination of Babesia major and Babesia ovata based on ITS1-5.8S-ITS2 region sequences of rRNA gene[J]. Parasitology Research, 2008, 102(4):709～713.
11 Oliveira U C, Fraga J S, Licois D, et al. Development of molecular assays for the identification of the 11 Eimeria species of the domestic rabbit (Oryctolagus cuniculus)[J]. Veterinary Parasitology, 2011, 176(2):275～280.
12 Pakandl M. Coccidia of rabbit: A review[J]. Folia Parasitol, 2009, 56(3):153～166.
13 Yan W, Wang W, Wang T, et al. Simultaneous identification of three highly pathogenic Eimeria species in rabbits using a multiplex PCR diagnostic assay based on ITS1-5.8S rRNA-ITS2 fragments[J]. Veterinary Parasitology, 2013, 193(1):284～288.

[1]	宋春, 王柏林, 李梅, 文明, 王开功, 陈常秀, 程振涛. 鸡滑液囊支原体贵州株的分离鉴定及VlhA基因序列分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(4): 1516-1523.
[2]	韦云芳, 李飞翔, 星云, 黄庆国, 李居东, 万九生, 陈方良. 昆明犬IGF2基因克隆、生物信息学分析及其时空表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(3): 866-875.
[3]	何献铭, 任广彩, 叶俊贤, 兰虹, 刘郁夫, 熊挺, 杨泽坤, 徐婷, 陈瑞爱. 1株传染性法氏囊病病毒的分离鉴定及VP2基因序列分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(3): 1005-1014.
[4]	蔡杰, 吴佳怡, 潘苑霞, 呼高伟, 张林州. 1株大黄鱼源金黄杆菌的分离鉴定和耐药性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(3): 1135-1143.
[5]	胡晓冰, 林标声, 王振伟, 郑黎静. 1株利用乳酸的猪源丁酸梭菌的分离鉴定及基因组序列分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(2): 569-578.
[6]	寇美玲, 苗海生, 李乐, 谢佳芮, 李华春, 宋建领. 云南边境地区帕利亚姆血清群中山病病毒的分离与鉴定[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(11): 4401-4409.
[7]	徐民生, 柯海意, 杨冬霞, 施科达, 孙泽仪, 牛佳伟, 常鑫, 翟少伦, 臧莹安, 李春玲. 多重耐药胸膜肺炎放线杆菌GD2107株全基因组测序及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(10): 4019-4031.
[8]	汪志艳, 孙玉洁, 徐鑫, 黄柏成, 田克恭. 猪δ冠状病毒HeN10株的分离鉴定及致病性研究[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(8): 2982-2989.
[9]	刘健, 白艺兰, 鞠厚斌, 潘子豪, 俞向前, 杨显超, 朱晓英, 葛菲菲, 葛杰, 于讳茹, 陶田谷晟, 王建, 赵洪进. 犬瘟热病毒SH202003株全基因组序列分析[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(7): 2559-2568.
[10]	李楠, 何于雯, 左媛媛, 孟锦昕, 徐天刚, 王静林. 蠓虫源盖塔病毒(SZC30)结构基因分子生物学特征分析[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(4): 1149-1160.
[11]	张琪, 陈浩田, 单家宝, 常蕊, 张雪, 王尧, 王君伟, 马波. 吉林地区1株小鹅瘟病毒NS1和VP1基因的克隆与序列分析[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(4): 1161-1169.
[12]	郭梦娇, 李明桃, 谭惠惠, 张成成, 张小荣, 吴艳涛. 兔NLRC3基因克隆及其表达特性研究[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(11): 3940-3949.
[13]	王征帆, 朱利塞, 李菲, 向蕊, 李祎云, 应碧云, 王贵平, 白挨泉, 贾爱卿. 猪德尔塔冠状病毒CH7328株的致病性及全基因组序列分析[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(11): 4143-4153.
[14]	汤也, 陈怡, 田晓彦, 吕海峰, 甘军纪. 犬冠状病毒JS1706和JS1712毒株基因组3'端分子特性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(11): 4231-4241.
[15]	尹德晶, 张云丹, 岳筠, 李乔斌, 何玲, 李涛, 王开功, 程振涛. 禽腺病毒血清4型贵州株全基因序列分析[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(1): 44-54.