小尾寒羊白介素1β全长cDNA序列克隆及生物信息学分析

›› 2014, Vol. 41 ›› Issue (12): 20-24.

小尾寒羊白介素1β全长cDNA序列克隆及生物信息学分析

郭兴¹, 刘楠楠¹, 陈晓峰¹, 张文惠², 胡盼¹, 李岩松¹, 李兆辉¹, 王光明¹, 卢士英¹, 周玉¹, 柳增善¹, 任洪林¹

1. 人兽共患病研究教育部重点实验室, 吉林大学人兽共患病研究所, 吉林大学动物医学学院, 吉林长春 130062;
2. 福建省亚热带植物研究所, 福建厦门 361006

收稿日期:2014-07-21 出版日期:2014-12-20 发布日期:2014-12-25
通讯作者: 任洪林 E-mail:renhl@jlu.edu.cn
作者简介:郭兴(1989－),男,辽宁人,硕士,研究方向:兽医公共卫生.
基金资助:
国家自然科学基金(30901070).

Cloning and Bioinformatics Analysis of Interleukin 1 Beta Full-length cDNA of Small-tailed Han Sheep

GUO Xing¹, LIU Nan-nan¹, CHEN Xiao-feng¹, ZHANG Wen-hui², HU Pan¹, LI Yan-song¹, LI Zhao-hui¹, WANG Guang-ming¹, LU Shi-ying¹, ZHOU Yu¹, LIU Zeng-shan¹, REN Hong-lin¹

1. Key Laboratory of Zoonosis Research, Ministry of Education, Institute of Zoonosis, College of Veterinary Medicine, Jilin University, Changchun 130062, China;
2. Fujian Institute of Subtropical Botany, Xiamen 361006, China

Received:2014-07-21 Online:2014-12-20 Published:2014-12-25

摘要/Abstract

摘要： 本研究旨在克隆白介素1β(IL-1β)全长cDNA,为深入研究其生物学功能提供全长cDNA信息和试验材料.本试验利用前人构建的布鲁氏菌强、弱毒株感染小尾寒羊白细胞层抑制性差减杂交(SSH)cDNA文库,获得小尾寒羊IL-1β部分cDNA序列信息,利用cDNA末端快速扩增技术(RACE),克隆小尾寒羊IL-1β全长cDNA,并申请GenBank登录号KC425612.2.该cDNA全长1494 bp,含有801 bp开放阅读框(ORF),可编码266个氨基酸残基,预测其编码蛋白分子质量为30.622 ku,与林麝、牛、海豚、虎鲸的IL-1β一致性较高,亲缘关系较近.

关键词: 白介素1β; 小尾寒羊; 克隆; 生物信息学; 分析

Abstract: This study was aimed at cloning the full length cDNA of interleukin 1 beta (IL-1β) and providing full length cDNA information and experimental materials for further research on its biology function. The full-length cDNA of IL-1β from Small-tailed Han sheep was cloned according to the SSH cDNA library, using 5'-RACE technique. The full cDNA sequence was obtained and indexed in GenBank database with the number of KC425612.2. The results showed that the full-length IL-1β cDNA consisted of 1494 bp nucleic acids with the ORF of 801 bp encoding 266 amino acid residues of the predicted protein molecular weight of 30.622 ku, and the predicted protein IL-1β of Small-tailed Han sheep showed high homology with those of Moschus berezovskii, Bos taurus, Tursiops truncate and Orcinus orca.

Key words: IL-1β; Small-tailed Han sheep; clone; bioinformatics; analysis

中图分类号:

S852.4

郭兴, 刘楠楠, 陈晓峰, 张文惠, 胡盼, 李岩松, 李兆辉, 王光明, 卢士英, 周玉, 柳增善, 任洪林. 小尾寒羊白介素1β全长cDNA序列克隆及生物信息学分析[J]. , 2014, 41(12): 20-24.

GUO Xing, LIU Nan-nan, CHEN Xiao-feng, ZHANG Wen-hui, HU Pan, LI Yan-song, LI Zhao-hui, WANG Guang-ming, LU Shi-ying, ZHOU Yu, LIU Zeng-shan, REN Hong-lin. Cloning and Bioinformatics Analysis of Interleukin 1 Beta Full-length cDNA of Small-tailed Han Sheep[J]. , 2014, 41(12): 20-24.

参考文献

1 任洪林,卢士英,周玉,等. 布鲁氏菌病的研究与防控进展[J]. 中国畜牧兽医,2009,36(9):139～143.
2 李闯,徐云明,唐峰,等. 小尾寒羊溶菌酶基因的克隆与差异表达分析[J]. 中国畜牧兽医,2013,40(3):19～22.
3 柳增善. 兽医公共卫生学[M]. 北京:中国轻工业出版社,2010.
4 Arend W P. The balance between IL-1 and IL-1Ra in disease[J]. Cytokine & Growth Factor Reviews, 2002, 13(4):323～340.
5 Cannella A P, Arlehamn C S L, Sidney J, et al. Brucella melitensis T cell epitope recognition in humans with brucellosis in Peru[J]. Infection and Immunity, 2014, 82(1):124～131.
6 Dinarello C A. Interleukin-1β[J]. Critical Care Medicine, 2005, 33(Suppl 12):S460～S462.
7 Dinarello C A. Immunological and inflammatory functions of the interleukin-1 family[J]. Annual Review of Immunology, 2009, 27:519～550.
8 Dinarello C A. A clinical perspective of IL-1β as the gatekeeper of inflammation[J]. European Journal of Immunology, 2011, 41(5):1203～1217.
9 March C J, Mosley B, Larsen A, et al. Cloning, sequence and expression of two distinct human interleukin-1 complementary DNAs[J]. Nature, 1984, 315(6021):641～647.
10 Santarlasci V, Cosmi L, Maggi L, et al. IL-1 and T helper immune responses[J]. Frontiers in Immunology, 2013, 4:182.
11 Selsted M E, Tang Y Q, Morris W L, et al. Purification, primary structures, and antibacterial activities of beta-defensins, a new family of antimicrobial peptides from bovine neutrophils[J]. Journal of Biological Chemistry, 1993, 268(9):6641～6648.
12 Tang F, Ren H L, Xu Y M, et al. Kinetics and cross-reactivity of the antibody in sheep inoculated with virulent and a virulent Brucella[J]. Journal of Animal and Veterinary Advances, 2012, 11(10):1564～1569.
13 van de Veerdonk F L, Netea M G, Dinarello C A, et al. Inflammasome activation and IL-1β and IL-18 processing during infection[J]. Trends in Immunology, 2011, 32(3):110～116.

[1]	王赛桥, 赵路, 翟振翰, 张丙雷, 贾万航, 王玉琴. 绵羊miR-449a/b前体序列组织表达及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2175-2184.
[2]	韦明邦, 边巴琼达, 肖青青, 段梦琪, 强巴央宗, 商鹏. 藏猪CDKN1B基因克隆、生物信息学及表达分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2196-2206.
[3]	张方玮, 张琪, 雷亮亮, 孙武胜, 张迪, 张云鹏, 张净搏, 王修权, 张晶, 张树敏. 松辽黑猪HBEGF基因多态性及其与繁殖性状的关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2370-2379.
[4]	焦琳琳, 成玉婷, 吴庆国, 吴双, 吴植, 朱善元, 钱莺娟. 鸭坦布苏病毒Capsid蛋白原核表达及多克隆抗体制备[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2395-2402.
[5]	李永彬, 杨惠琳, 宋子豪, 张昱, 杨瑾, 孟佳, 崔小珍, 吕晓玲, 郑明学, 白瑞. 柔嫩艾美耳球虫MIF基因克隆及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2450-2459.
[6]	欧云文, 潘琴, 汪洋, 代军飞, 任绍科, 张洋, 张杰. 猪细小病毒6型ORF2基因的截短表达及多克隆抗体制备[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2487-2495.
[7]	刘鹏, 李静静, 乔彦良, 朱连勤, 朱风华. 黄芩多糖的提取及结构表征[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2518-2530.
[8]	张殿琦, 马鑫浩, 杨志梅, 梅楚刚, 昝林森. 秦川肉牛PAI1基因生物信息学分析及其对肌内脂肪细胞增殖和分化的影响[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1729-1741.
[9]	李佳富, 莫小兵. 多杀性巴氏杆菌CRISPR-Cas系统生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1742-1753.
[10]	王浩睿, 禹保军, 杨嘉翊, 魏榕, 付希, 王川川, 张迪, 李德生, 蔡正云, 顾亚玲, 张娟. 静原鸡DERA基因生物信息学分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1764-1773.
[11]	陈玫婷, 郑从森, 梁泽贤, 林巧儿, 常传哲, 周俊, 冯军, 李林林, 覃丽梅. 1株J亚群禽白血病病毒env基因克隆及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1785-1795.
[12]	潘鹏丞, 雷宗全, 李显, 胡湘云, 秦谦涛, 覃兆鲜, 关志惠, 陈宝剑, 谢炳坤. 陆川猪MYL2基因生物信息学分析、真核表达载体构建及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1796-1806.
[13]	刘佳隆, 张译文, 张悦然, 孙奇娟, 陈建, 何雷, 贾艳艳, 丁轲, 余祖华. 鸡ELAVL1基因克隆、原核表达及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1807-1817.
[14]	卓娜, 朱忠武, 李静, 胡世享, 王建昌, 林华, 陈朝林, 韩佃刚, 艾军, 陈培富. 猪源戊型肝炎病毒ORF2蛋白生物信息学分析及真核表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1959-1970.
[15]	王雪平, 张孝俊, 李晓月, 王国栋, 张福良, 宋玉伟, 张明亮, 马磊. 高致病性禽腺病毒血清4型Hexon蛋白的原核表达及多克隆抗体的制备[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 2053-2060.