适配子筛选中随机寡核苷酸文库的构建和PCR条件的优化

中国畜牧兽医

适配子筛选中随机寡核苷酸文库的构建和PCR条件的优化

田瑞云，卢士英，李琳，吴宗澄，任洪林，周玉，李岩松，胡盼，柳增善，王光明

(人兽共患病研究教育部重点实验室，吉林大学人兽共患病研究所，吉林大学动物医学学院，吉林长春 130062)

修回日期:2013-10-16 出版日期:2014-01-20 发布日期:2014-02-27
通讯作者: 王光明（1968－），男，辽宁人，实验师，研究方向：食品安全与人兽共患病。E-mail：gmwang@jlu.edu.cn
作者简介:田瑞云（1986－），女，河北人，硕士生，研究方向：食品安全检测。
基金资助:
国家自然科学基金（31071539）。

Construction of Oligonucleotide Library in Selection of Aptamer and Optimization of PCR Conditions

TIAN Rui-yun, LU Shi-ying, LI Lin, WU Zong-cheng, REN Hong-lin, ZHOU Yu, LI Yan-song, HU Pan, LIU Zeng-shan, WANG Guang-ming

（Key Laboratory of Zoonosis Research, Ministry of Education， Institute of Zoonosis， College of Veterinary Medicine, Jilin University，Changchun 130062, China）

Revised:2013-10-16 Online:2014-01-20 Published:2014-02-27

摘要/Abstract

摘要： 本试验旨在构建用于核酸适配子筛选的随机寡核苷酸文库并对筛选过程中的PCR条件进行优化。利用Primer Premier 5.0构建了随机寡核苷酸文库并据文库两端固定序列设计引物，对对称PCR和间接不对称PCR中的上、下游引物的比例、模板量、退火温度、循环数等条件进行优化并验证其重复性，得到了对称PCR和间接不对称PCR的最佳反应条件，获得较理想的dsDNA和ssDNA并具有良好的重复性。本试验成功构建了寡核苷酸文库，优化了PCR条件，为适配子筛选和后续试验奠定了一定的基础。

关键词: 适配子; 寡核苷酸文库; PCR; 优化

Abstract: The purpose of this experiment was to construct the oligonucleotide library used in the selection of aptamer and optimize the PCR conditions in the selection process. We constructed the oligonucleotide library and designed primers according to the immobilized sequence of amphi-oligonucleotide using Primer Premier 5.0. The proportion of upstream and downstream primers, quantity of template, anneal temperature and cycle numbers of the symmetric and asymmetric PCR were optimized and their repeatabilities were verified. After optimizing, we set up the best symmetric and asymmetric PCR conditions achieved the desirable dsDNA and ssDNA. The optimized PCR showed high reproducibility. We constructed the oligonucleotide library and optimized PCR condition successfully. This study provided a reference for selection of aptamer and laid a foundation for further study.

Key words: aptamer; oligonucleotide library; PCR; optimization

田瑞云，卢士英，李琳，吴宗澄，任洪林，周玉，李岩松，胡盼，柳增善，王光明. 适配子筛选中随机寡核苷酸文库的构建和PCR条件的优化[J]. 中国畜牧兽医.

TIAN Rui-yun, LU Shi-ying, LI Lin, WU Zong-cheng, REN Hong-lin, ZHOU Yu, LI Yan-song, HU Pan, LIU Zeng-shan, WANG Guang-ming. Construction of Oligonucleotide Library in Selection of Aptamer and Optimization of PCR Conditions[J]. China Animal Husbandry & Veterinary Medicine.

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