中国地鼠线粒体D-loop基因的克隆及序列分析

›› 2013, Vol. 40 ›› Issue (2): 126-129.

中国地鼠线粒体D-loop基因的克隆及序列分析

宋国华¹, 陈朝阳¹, 庞文彪¹, 高继萍¹, 岳文斌²

1. 山西医科大学实验动物中心,山西太原 030001;
2. 山西农业大学动物科技学院,山西太谷 030801

收稿日期:2012-08-20 出版日期:2013-02-20 发布日期:2013-02-06
通讯作者: 岳文斌,教授。E-mail:wb_yue@126.com E-mail:wb_yue@126.com
作者简介:宋国华(1973-),女,山西人,副教授,硕士生导师,研究方向:实验动物遗传学。
基金资助:
山西省实验动物专项资金资助(2009K02)。

Cloning and Sequence Analysis of Mitochondrial D-loop Gene in Chinese Hamster

SONG Guo-hua¹, CHEN Chao-yang¹, PANG Wen-biao¹, GAO Ji-ping¹, YUE Wen-bin²

1. Laboratory Animal Center, Shanxi Medical University, Taiyuan 030001, China;
2. College of Animal Science and Technology, Shanxi Agricultural University, Taigu 030801, China

Received:2012-08-20 Online:2013-02-20 Published:2013-02-06

摘要/Abstract

摘要： 本试验根据已知相近物种动物基因序列设计引物,PCR扩增获得中国地鼠线粒体D-loop基因序列。采用DNAStar软件计算序列碱基组成,分析遗传变异情况。用MEGA 4.1软件计算物种间遗传距离,采用邻接法(NJ)、最小进化法(ME)构建系统进化树。结果表明,中国地鼠线粒体D-loop区序列全长为867 bp,碱基A、T、C、G的含量分别为29.53%、31.49%、26.07%、12.92%,中国地鼠与啮齿类动物有相似的碱基组成。系统进化树结果显示,中国地鼠与金黄地鼠亲缘关系较近,与大鼠的关系最远,与传统的分类相一致。所获得的中国地鼠D-loop基因可作为种间遗传变异研究的标记,研究结果为进一步研究中国地鼠的群体遗传结构奠定了基础。

关键词: 中国地鼠; 线粒体DNA; D-loop基因; 进化分析

Abstract: The primer was designed according to the closest animal published partial sequences, the PCR products were sequenced and determined. Combined with the known D-loop region sequence of other rodents,nucleotide composition were analyzed with DNAStar and genetic distance was analyzed with MEGA 4.1. The phylogenetic tree was constructed by neighbor-joining methods (NJ) and minimum-evolution methods (ME). The D-loop sequence of Chinese hamster had 867 bp, the nucleotide composition were relatively T(31.49%), C(26.07%), A(29.53%), and G(12.92%). The different clustering methods all showed a similar result. Chinese hamsters had the closest relationship with golden hamsters, but had relatively large difference from mice and rats, basically consistent with the traditional taxonomic status. D-loop gene might be genetic marker among species. The results of this study might be of importance for studies on evolution,structure and function of the mitochondria in Chinese hamsters.

Key words: Chinese hamster; mitochondrial DNA; D-loop gene; phylogenetic relationship

中图分类号:

S813.3

宋国华, 陈朝阳, 庞文彪, 高继萍, 岳文斌. 中国地鼠线粒体D-loop基因的克隆及序列分析[J]. , 2013, 40(2): 126-129.

SONG Guo-hua, CHEN Chao-yang, PANG Wen-biao, GAO Ji-ping, YUE Wen-bin. Cloning and Sequence Analysis of Mitochondrial D-loop Gene in Chinese Hamster[J]. , 2013, 40(2): 126-129.

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