海南黑山羊小分子热休克蛋白9 cDNA克隆及其生物信息学分析

›› 2013, Vol. 40 ›› Issue (10): 56-60.

海南黑山羊小分子热休克蛋白9 cDNA克隆及其生物信息学分析

施力光, 曹婷, 侯冠彧, 周汉林, 黄显洲, 荀文娟

中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所, 海南儋州 571737

收稿日期:2013-03-13 出版日期:2013-10-20 发布日期:2013-12-19
通讯作者: 荀文娟 E-mail:xunwenjuan991@163.com
作者简介:施力光(1983-),男,山西人,博士,助理研究员,研究方向:动物遗传育种与繁殖。
基金资助:
中央级公益性科研院所基本科研业务费专项资金(中国热带农业科学院热带作物品种资源研究所)(1630032012022)。

Cloning and Bioinformatics Prediction of Small Heat Shock Protein cDNA in Hainan Black Goat

SHI Li-guang, CAO Ting, HOU Guan-yu, ZHOU Han-lin, HUANG Xian-zhou, XUN Wen-juan

Tropical Crops Genetic Resources Institute, Chinese Academy of Tropical Agricultural Sciences, Danzhou 571737, China

Received:2013-03-13 Online:2013-10-20 Published:2013-12-19

摘要/Abstract

摘要： 本研究以海南黑山羊睾丸组织为材料,利用RT-PCR和RACE技术获得海南黑山羊小分子热休克蛋白9(small heat shock protein 9,Hspb9)基因完整的CDS序列,并对其进行生物信息学分析。结果表明,克隆得到山羊Hspb9 cDNA 长549 bp,CDS区471 bp,共编码157个氨基酸,提交至GenBank数据库中,登录号为:JX088726。生物信息学分析结果表明,Hspb9编码的蛋白无跨膜区和信号肽,存在多个磷酸化位点;预测Hspb9蛋白二级结构α-螺旋占15.28%,β-折叠占30.57%,无规则卷曲占54.15%;存在1个UBQ结构域;Clustel W方法比对山羊Hspb9与绵羊、牛的同源性最高。

关键词: 小分子热休克蛋白9; 海南黑山羊; cDNA克隆; 生物信息学分析

Abstract: RACE and RT-PCR were used to clone the full length of small heat shock protein 9 coding sequence from Hainan Black goat testis and the bioinformatics analysis was performed. The results showed that the full length of Hspb9 cDNA was 549 bp, including 471 bp in CDS which encoded a protein of 157 amino acids. The sequence was submitted to GenBank,Accession No. was JX088726. It had no trans-membrane region and signal peptide of the Hspb9 protein. There were several phosphpryiation sites in the sequence. The protein contained 15.28% of α-helix,30.57% of β-sheet, and 54.15% of coil. An ubiquitin domain (UBQ) was also predicted. The Clustel W alignment results showed that goat Hspb9 had a close relationship with sheep and cattle.

Key words: small heat shock protein 9; Hainan Black goat; cDNA cloning; bioinformatics analysis

中图分类号:

Q785

施力光, 曹婷, 侯冠彧, 周汉林, 黄显洲, 荀文娟. 海南黑山羊小分子热休克蛋白9 cDNA克隆及其生物信息学分析[J]. , 2013, 40(10): 56-60.

SHI Li-guang, CAO Ting, HOU Guan-yu, ZHOU Han-lin, HUANG Xian-zhou, XUN Wen-juan. Cloning and Bioinformatics Prediction of Small Heat Shock Protein cDNA in Hainan Black Goat[J]. , 2013, 40(10): 56-60.

[1]	刘佳隆, 张译文, 张悦然, 孙奇娟, 陈建, 何雷, 贾艳艳, 丁轲, 余祖华. 鸡ELAVL1基因克隆、原核表达及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1807-1817.
[2]	卓娜, 朱忠武, 李静, 胡世享, 王建昌, 林华, 陈朝林, 韩佃刚, 艾军, 陈培富. 猪源戊型肝炎病毒ORF2蛋白生物信息学分析及真核表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1959-1970.
[3]	范冰峰, 李文, 刘理想, 赵向远, 邵静, 林乐丰, 孙慧敏, 张旭林, 许保增. 水貂AANAT基因克隆及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1307-1318.
[4]	贾新月, 马静, 张艳艳, 马勋, 王正荣, 薄新文. 细粒棘球绦虫EGR-07243和EGR-07244基因生物信息学分析及原核表达[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 847-858.
[5]	韦义荣, 郑自华, 张叁保, 宋颖, 蒋海玉, 孙雯玥, 程鹏飞, 刘雨帆, 邹剑伟, 黄艳娜, 潘艳, 蒋钦杨. 努比亚山羊UCP1基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(2): 440-450.
[6]	甘露, 郑会珍, 诺明达来, 刘燕, 金敏, 何文文, 温丽翠, 李永畅, 巴音查汗·盖力克. 伊氏锥虫伊犁株扩繁及其PFR基因克隆表达和生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(2): 469-478.
[7]	唐井玉, 杜汉宇, 孟春春, 刘光清. 山羊干扰素刺激基因15克隆、生物信息学分析及亚细胞定位[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(8): 2843-2854.
[8]	付永智, 马晓君, 王茂晗, 李哲, 陈芝媛, 权伟, 赵涵, 苏咏梅, 吴建华, 朱文进. 阳原驴MSTN基因生物信息学分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(8): 2910-2919.
[9]	邹剑伟, 邹菊红, 申玉建, 韦一, 张叁保, 连子童, 徐建建, 宋颖, 黄艳娜, 韦英明, 蒋钦杨, 郑自华. 努比亚山羊LMCD1基因生物信息学分析、真核表达载体的构建及表达[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(6): 2033-2042.
[10]	张丽萌, 刘爱菊, 李闰婷, 李玉华, 李林, 聂晓宁, 王林青, 陈龙欣. 绵羊CREBRF基因克隆、生物信息学及组织表达分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(5): 1599-1609.
[11]	王宝宝, 金行, 鲜钰涵, 冯宏盛, 高凤山. 猪肾上皮细胞SLA-1基因的克隆及分子结构特征分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(5): 1671-1678.
[12]	雷行, 李天峰, 李嘉昊, 满欣, 白素英. 麝鼠香腺Elovl1基因生物信息学分析及表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(4): 1201-1212.
[13]	申祥, 陈伶慧, 姚竞杰, 王三虎, 白跃宇, 张晓建. 牛源CCR7基因克隆、生物信息学及表达分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(4): 1244-1252.
[14]	张明亮, 耿亚春, 连凯琪, 马磊, 常莹, 王双山, 张福良. 猪流行性腹泻病毒截短M基因克隆、生物信息学分析及其截短片段表达[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(4): 1479-1487.
[15]	石雨竹, 罗儒唐, 陈超, 吴旭, 李昂. 番鸭GDF9基因克隆、生物信息学及组织表达分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(3): 817-829.