鲤鱼肿瘤坏死因子受体相关因子6全长cDNA克隆及序列分析

›› 2013, Vol. 40 ›› Issue (10): 42-46.

鲤鱼肿瘤坏死因子受体相关因子6全长cDNA克隆及序列分析

贾生美¹, 孙真¹, 冯祥汝¹, 陈义龙¹, 沈雪飞¹, 翟新新¹, 张俊辉¹, 杨振国¹, 王文东², 卢强¹

1. 吉林大学人兽共患病研究所, 吉林长春 130062;
2. 吉林大学畜牧兽医学院, 吉林长春 130062

收稿日期:2013-03-11 出版日期:2013-10-20 发布日期:2013-12-19
通讯作者: 卢强 E-mail:qlu@jlu.edu.cn
作者简介:贾生美(1986-),女,内蒙古人,硕士生,研究方向:兽医公共卫生。
基金资助:
国家自然科学基金项目(30972277);吉林大学基本科研业务费项目(200903250)。

Clonging and Sequence Analysis of Tumor Necrosis Factor Receptor-associated Factor 6 Full-length cDNA from Common Carp

JIA Sheng-mei¹, SUN Zhen¹, FENG Xiang-ru¹, CHEN Yi-long¹, SHEN Xue-fei¹, ZHAI Xin-xin¹, ZHANG Jun-hui¹, YANG Zhen-guo¹, WANG Wen-dong², LU Qiang¹

1. Institute of Zoonoses, Jilin University, Changchun 130062, China;
2. College of Animal Science and Veterinary Medicine, Jilin University, Changchun 130062, China

Received:2013-03-11 Online:2013-10-20 Published:2013-12-19

摘要/Abstract

摘要： 本试验以鲤鱼外周血白细胞肿瘤坏死因子受体相关因子6(tumor necrosis factor receptor-associated factor 6,TRAF6)EST序列为基础,经地高辛标记后作为探针,对有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库进行核酸杂交筛选,从重组噬菌体中经过两轮筛选获得阳性克隆。序列分析结果显示,该序列包含有5'-非编码区(5'-UTR) 25 bp;3'-非编码区(3'-UTR) 535 bp,存在2个mRNA不稳定基序ATTTA;开放阅读框ORF长1632 bp,编码543个氨基酸。预测蛋白质等电点为5.88,分子质量大小为61.773 ku。序列同源性比对结果表明,所获得的序列与GenBank上登录的鲤鱼TRAF6a基因同源性达99%。蛋白质序列分析结果发现,其具有TRAF家族的典型序列特征。

关键词: 鲤鱼; 肿瘤坏死因子受体相关因子6; 克隆; 序列分析

Abstract: The common carp tumor necrosis factor receptor-associated factor 6 (TRAF6) EST sequence was picked out from the cDNA library of peripheral blood leukocytes that was constructed. The cDNA library were separated from carp and stimulated with mitogen was screened by a probe labeled with DIG. The full-length TRAF6 cDNA was cloned from recombinant phages. Sequence analysis indicated that it encompasses with a 25 bp 5'-UTR and a 535 bp 3'-UTR,the open reading frame (ORF) of which was 1632 bp putatively coding 543 amino acids,and there were two motifs for mRNA instability ATTTA in the 3'-untranslated region. The predicted theoretical isoelectric point and molecular weight were 5.88 and 61.773 ku,respectively. Its nucleotide homology with carp TRAF6 from GenBank was up to 99%.The protein sequence analysis showed that it shared typical sequence features of the TRAF family.

Key words: common carp; TRAF6; clone; sequence analysis

中图分类号:

Q785

贾生美, 孙真, 冯祥汝, 陈义龙, 沈雪飞, 翟新新, 张俊辉, 杨振国, 王文东, 卢强. 鲤鱼肿瘤坏死因子受体相关因子6全长cDNA克隆及序列分析[J]. , 2013, 40(10): 42-46.

JIA Sheng-mei, SUN Zhen, FENG Xiang-ru, CHEN Yi-long, SHEN Xue-fei, ZHAI Xin-xin, ZHANG Jun-hui, YANG Zhen-guo, WANG Wen-dong, LU Qiang. Clonging and Sequence Analysis of Tumor Necrosis Factor Receptor-associated Factor 6 Full-length cDNA from Common Carp[J]. , 2013, 40(10): 42-46.

参考文献

1 孔鹏. 大黄鱼Toll样受体免疫信号传导通路相关基因克隆与表达[D]. 保定:河北大学, 2008.
2 卢强, 丰培金, 李莲瑞, 等.有丝分裂原刺激的鲤鱼外周血白细胞cDNA文库的构建[J].中国兽医学报, 2004, 24(6):568~570.
3 许国莹, 周红. 信号分子TRAF6的研究进展[J]. 细胞与分子免疫学杂志, 2010, 26(12):1326~1328.
4 陈怀清. 从比较免疫学看鱼类的免疫特性[J].动物学杂志, 1994, 29(4):56~60.
5 赵晓,何江帅,冯祥汝,等. 鲤鱼肿瘤坏死因子α1基因cDNA的克隆及序列分析[J]. 中国畜牧兽医, 2011, 38(7): 114~118.
6 Cao Z, Xiong J, Takeuchi M, et al. TRAF6 is a signal transducer for interleukin-1[J]. Nature, 1996, 383(6599):443~446.
7 He L, Wu X, Siegel R, et al. TRAF6 regulates cell fate decisions by inducing caspase 8-dependent apoptosis and the activation of NF-κB[J].J Biol Chem, 2006, 281(16):11235~112349.
8 Häcker H, Vabulas R M, Takeuchi O, et al. Immune cell activation by bacterial CpG-DNA through myeloid differentiation marker 88 and tumor necrosis factor receptor-associated factor (TRAF) 6[J].J Exp Med, 2000, 192(4):595~600.
9 Ishida T, Mizushima S, Azuma S, et al. Identification of TRAF6, a novel tumor necrosis factor receptor-associated factor protein that mediates signaling from an amino-terminaldomain of the CD40 cytoplasmic region[J]. J Biol Chem, 1996, 271(46):28745~28748.
10 Lutgens E, Lievens D, Beckers L, et al. Deficient CD40-TRAF6 signling in leukocytes prevents atherosclerosis by skewing the immune response toward an antiinflammatory profile[J].J Exp Med, 2010, 207(2):391~404.
11 Lomaga M A, Yeh W C, Sarosi I, et al. TRAF6 deficiency results in osteopetrosis and defective interleukin-1, CD40, and LPS signaling[J]. Genes Dev, 1999, 13(8):1015~1024.
12 Magnadóttir B. Innate immunity of fish(overview)[J]. Fish Shellfish Immunol,2006, 20(2):137~151.
13 Yoshida H, Jono H, Kai H, et al. The tumor suppressor cylindromatosis (CYLD) acts as a negative regulator for toll-like receptor 2 signaling via negative cross-talk with TRAF6 and TRAF7[J]. J Biol Chem, 2005, 280(49):41111~41121.

[1]	焦琳琳, 成玉婷, 吴庆国, 吴双, 吴植, 朱善元, 钱莺娟. 鸭坦布苏病毒Capsid蛋白原核表达及多克隆抗体制备[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2395-2402.
[2]	欧云文, 潘琴, 汪洋, 代军飞, 任绍科, 张洋, 张杰. 猪细小病毒6型ORF2基因的截短表达及多克隆抗体制备[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(6): 2487-2495.
[3]	刘佳隆, 张译文, 张悦然, 孙奇娟, 陈建, 何雷, 贾艳艳, 丁轲, 余祖华. 鸡ELAVL1基因克隆、原核表达及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1807-1817.
[4]	王雪平, 张孝俊, 李晓月, 王国栋, 张福良, 宋玉伟, 张明亮, 马磊. 高致病性禽腺病毒血清4型Hexon蛋白的原核表达及多克隆抗体的制备[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 2053-2060.
[5]	范冰峰, 李文, 刘理想, 赵向远, 邵静, 林乐丰, 孙慧敏, 张旭林, 许保增. 水貂AANAT基因克隆及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1307-1318.
[6]	刘红润, 朱思燃, 奉玲丽, 张坤, 颜港, 王钰滨, 张帅, 江山, 许迪, 兰干球, 梁晶. 大白猪CDO1基因克隆、生物信息学分析及组织表达定位[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1352-1363.
[7]	胡乐玉, 胡欣瑶, 李颖, 赵盛淼, 沈凤臻, 王长法, 李亮亮, 王彤彤, 任慧英. 德州驴HO-1基因生物信息学分析及多克隆抗体制备[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1499-1510.
[8]	王文婕, 茹鹏辉, 郁川, 杜付熙, 陈松彪, 尚珂, 张春杰, 程相朝. 猫细小病毒洛阳分离株VP2蛋白原核表达及多克隆抗体制备[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1511-1521.
[9]	张永杰, 隋志远, 张志帅, 王晨光, 李孝君, 邢凤. 多浪羊NPTX1基因克隆、生物信息学分析及在初情期的表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 1048-1058.
[10]	牛小杰, 徐明国, 肖莉, 刘文豪, 陈创夫, 王勇. 鸡白痢沙门氏菌IPAJ蛋白的表达纯化、多克隆抗体制备及ELISA方法的建立[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 1218-1228.
[11]	侯浩宇, 郑南南, 吴宏举, 陈寅龙, 李潮, 张昂克, 姬鹏超, 万博, 杜永坤, 张改平. 非洲猪瘟病毒p30蛋白单克隆抗体制备和鉴定[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 1241-1249.
[12]	韦义荣, 郑自华, 张叁保, 宋颖, 蒋海玉, 孙雯玥, 程鹏飞, 刘雨帆, 邹剑伟, 黄艳娜, 潘艳, 蒋钦杨. 努比亚山羊UCP1基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(2): 440-450.
[13]	吕双飞, 马勋, 王静, 孔翠莲, 寇丽君, 刘彩霞, 史唯地, 康立超, 任慧杰. 炭疽芽孢杆菌PA-LF1融合蛋白的原核表达及其反应原性研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(2): 674-683.
[14]	张梦杨, 何健, 刘阳坤, 姚伦广. 非洲猪瘟病毒p37蛋白生物信息学分析及其多克隆抗体制备[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(1): 300-309.
[15]	朱丽霖, 王后坤, 陈雪阳, 刘晶, 梁雄燕, 方春, 杨玉莹. 鸡IFIT5对J亚群禽白血病病毒在DF-1细胞内复制的影响[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(1): 310-316.