1型鸭疫里氏杆菌的分离鉴定及其ompA基因B细胞表位预测

›› 2012, Vol. 39 ›› Issue (12): 51-55.

1型鸭疫里氏杆菌的分离鉴定及其ompA基因B细胞表位预测

余波, 徐景峨, 王璇, 谭诗文

贵州省畜牧兽医研究所,贵州贵阳 550005

收稿日期:2012-05-14 出版日期:2012-12-20 发布日期:2012-12-19
通讯作者: 徐景峨(1981-),女,助理研究员,硕士,主要从事兽医微生物研究。E-mail:xje0809@163.com E-mail:xje0809@163.com
作者简介:余波(1981-),男,四川人,助理研究员,硕士,主要从事兽医微生物研究。
基金资助:
贵州省科学技术基金项目(黔科合J字(2008)2136);贵州省农业攻关项目(黔科合NZ字(2012)3026号);贵州省畜禽健康养殖技术创新能力建设项目(黔科合院所创能(2010)4004);中央补助地方科技基础条件专项基金项目(黔科条中补(2010)4001)。

Isolation and Identification of Riemerella anatipestifer Serotype 1 and Prediction of Epitopes on B Cell of ompA Gene

YU Bo, XU Jing-e, WANG Xuan, TAN Shi-wen

Guizhou Institute of Animal Husbandry and Veterinary Medicine,Guiyang 550005,China

Received:2012-05-14 Online:2012-12-20 Published:2012-12-19

摘要/Abstract

摘要： 本研究从贵州发病鸭中分离到1株致病菌,经生化试验、16S rRNA序列分析、血清学试验和动物回归试验,鉴定为1型鸭疫里氏杆菌(RA),药敏试验结果表明,其对头孢拉定、头孢曲松钠、头孢噻肟和氟苯尼考高度敏感;同时根据GenBank中鸭疫里氏杆菌ompA基因序列,设计1对引物,成功克隆出鸭疫里氏杆菌ompA基因,扩增产物大小为1149 bp。采用DNAStar Protean程序,综合运用二级结构、亲水性、可塑性和抗原性指数等参数,对鸭疫里氏杆菌ompA基因的氨基酸序列进行了B细胞表位预测,为进一步研究鸭疫里氏杆菌表位疫苗和分子诊断技术的建立奠定基础。

关键词: 鸭疫里氏杆菌; ompA基因; B细胞表位预测

Abstract: One bacterium strain was isolated from incidence duck in Guizhou,tested by physiological and biochemical characteristics,16S rRNA gene sequencing,recursive infection experiment and antibiotic sensitivity as RA serotype 1.According to the gene sequences in GenBank of RA,one pairs of specific primer was designed for amplifying the specific fragments of ompA.The specific bands of 1149 bp were amplified. Using DNAStar Protean software,the amino acid sequence encoded by ompA gene of RA was analyzed in secondary structure,hydrophilicity,flexibility and antigenic indexes to predict B cell epitopes,which was to lay the foundation for further study RA epitope vaccines and molecular diagnostic techniques to establish.

Key words: Riemerella anatipestifer; ompA gene; B cell epitope prediction

中图分类号:

余波, 徐景峨, 王璇, 谭诗文. 1型鸭疫里氏杆菌的分离鉴定及其ompA基因B细胞表位预测[J]. , 2012, 39(12): 51-55.

YU Bo, XU Jing-e, WANG Xuan, TAN Shi-wen. Isolation and Identification of Riemerella anatipestifer Serotype 1 and Prediction of Epitopes on B Cell of ompA Gene[J]. , 2012, 39(12): 51-55.

参考文献

1 王璇,徐景峨,潘淑惠,等. 鸭疫里氏杆菌PCR快速检测方法的建立[J]. 中国畜牧兽医,2011,38(12):100~102.
2 张大丙,郭玉璞.不同血清型鸭疫里氏杆菌分离株的部分特性比较[J].中国兽医杂志,1999,10(25):13~15.
3 苏敬良,郭玉璞,吕艳丽,等.鸭疫里默氏杆菌外膜蛋白免疫原性的研究[J].畜牧兽医学报,1999,30(5):444~448.
4 周祖涛,陈芬芬,李自力,等.鸭疫里默氏杆菌OmpA基因的克隆与表达[J].中国兽医学报,2008,28(1):20~23.
5 郭玉璞,陈德威,范国雄,等.北京鸭传染性浆膜炎的调查研究[J].畜牧兽医学报,1982,13(2):107~112.
6 程安春,汪铭书,陈孝跃,等.我国鸭疫里默氏杆菌血清型调查及新血清型的发现和病原特性[J].中国兽医学报,2003,23(4):320~323.
7 谢永平,陈泽祥,许力干,等.鸭疫里默氏杆菌的分离鉴定及耐药性研究[J].广西农业科学,2010,7(41):729~731.
8 廖永洪,邵璐璐,邵华斌,等.湖北1型鸭疫里默氏杆菌的分离与鉴定[J].湖北农业科学,2010,49(12):3127~3128.
9 Chou P Y,Fasman G D. Prediction of the secondary structure of proteins from their amino acid sequence[J].Adv Enzymol Relat Areas Mol Biol,1978,47:45~148.
10 Emini E A, Hughes J V, Perlow D S, et al. Induction of hepatitis A virus-neutralizing antibody by a virus-specific synthetic peptide[J].J Virol,1985,55(3):836~839.
11 Garnier J, Osguthorpe D J,Robson B. Analysis of the accuracy and implications of simple methods for predicting the secondary structure of globular proteins[J].J Mol Biol,1978,120(1):97~120.
12 Huang B,Tan H M,Subramaniam S,et al.Molecular fingerprinting of Riemerella anatipestifer by repetitive sequence PCR[J].Vet Microbiol,1999,67(3):213~219.
13 Jameson B A, Wolf H.The antigenic index:A novel algorithm for predicting antigenic determinants[J].Comput Appl Biosci, 1988,4(1):181~186.
14 Karplus P A, Schulz G E. Prediction of chain flexibility in proteins[J].Immunology,1985,72(2):212~213.
15 Kyte J,Doolittle R F. A simple method for displaying the hydropathic character of a protein[J].J Mol Biol, 1982,157(1):105~132.
16 Sandhu T. Immunization of white pekin duck lings against pasteurlla anatipestifer infection[J].Avian Disease,1979,23(3):662~669.

[1]	陈栋, 张言浩, 张阳, 李森, 周祖涛, 李自力. 3株鸭疫里氏杆菌的分离鉴定与药敏试验[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 1250-1258.
[2]	徐景峨, 李婷, 陈汝佳, 余波, 张亚楠, 杨莉, 赵滨, 蒲龄. 鸭疫里氏杆菌二价灭活疫苗制备及免疫效力研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(1): 290-299.
[3]	雍燕, 刘国昌, 方炳虎, 乔妍红. 不同地区鸭疫里氏杆菌的分离鉴定与药敏试验[J]. 《中国畜牧兽医》, 2017, 44(1): 242-247.
[4]	李春业. 鸭疫里氏杆菌病病原的分离鉴定[J]. 中国畜牧兽医, 2012, 39(9): 95-97.
[5]	王永立;樊淑华;高庚渠. 鸳鸯鸭传染性浆膜炎与大肠杆菌病混合感染的诊治[J]. , 2011, 38(5): 167-169.
[6]	王璇;徐景峨;潘淑惠;吴位珩;杨莉. 鸭疫里氏杆菌PCR快速检测方法的建立[J]. , 2011, 38(12): 100-102.
[7]	杨灵芝;李本科;马景霞;李香云. 鸭疫里氏杆菌液体发酵培养工艺研究[J]. , 2011, 38(12): 232-234.
[8]	陈红梅;施少华;程龙飞;傅光华;万春和;黄瑜. 一起鸭疫里氏杆菌与大肠杆菌混合感染的诊治[J]. , 2010, 37(11): 164-165.
[9]	金尔光;陈洁;钱运国;陈橙;曾新华;宫时玉;华娟. 黄芪多糖佐剂对Ⅰ型鸭疫里氏杆菌灭活疫苗的作用研究[J]. , 2009, 36(3): 151-152.