狂犬病口服疫苗SRV9毒株基因序列的生物信息学分析

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2015.06.005

《中国畜牧兽医》---唯一指定的官方网站 ›› 2015, Vol. 42 ›› Issue (6): 1355-1361.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2015.06.005

狂犬病口服疫苗SRV₉毒株基因序列的生物信息学分析

古丽麦拉·卡日, 简子健, 夏婷婷, 苏晓慧, 魏玉圆, 王伟, 吴辉, 毛丽萍, 翟少华

新疆农业大学动物医学学院, 乌鲁木齐 830052

收稿日期:2015-01-14 出版日期:2015-06-20 发布日期:2015-07-23
通讯作者: 翟少华 E-mail:shhzh101@sina.cn
作者简介:古丽麦拉·卡日(1989-),女,柯尔克孜族,新疆克孜勒苏柯尔克孜自治州人,硕士生,研究方向:分子与免疫病理学,E-mail:645748782@qq.com
基金资助:
新疆农业大学前期资助项目(XJAU201217)

Bioinformatics Analysis of Gene Sequence of Oral Rabies Vaccine SRV₉ Strain

Gulmayra kare, JIAN Zi-jian, XIA Ting-ting, SU Xiao-hui, WEI Yu-yuan, WANG Wei, WU Hui, MAO Li-ping, ZHAI Shao-hua

College of Veterinary Medicine, Xinjiang Agricultural University, Urumqi 830052, China

Received:2015-01-14 Online:2015-06-20 Published:2015-07-23

摘要/Abstract

摘要： 为了解狂犬病口服疫苗SRV₉毒株的基因序列与生物学特性的关系,并就其主要抗原位点与国内外现用狂犬病疫苗生产毒株进行比较,明确其作为口服疫苗株的分子基础,本试验通过RT-PCR方法对狂犬病口服疫苗SRV₉毒株的N、P、M、G、L基因分别进行克隆,并分别连接于pMD19-T载体,经酶切、测序鉴定后,用DNAStar软件对全基因序列进行分析,并与11株目前生产用狂犬病疫苗株进行基因序列比对分析和主要抗原位点的比较.狂犬病口服疫苗SRV₉毒株N、P、M、G、L基因序列与其他毒株的序列同源性为81.8%~100.0%,由全基因组进化树可知,SRV₉毒株与所有疫苗株在同一个大的分支内,均属于基因Ⅰ型,其中狂犬病口服疫苗SRV₉毒株与ERA、SAD B19、SAG-2等口服疫苗株的进化距离最近,而与疫苗生产毒株aG、RC-HL 之间的进化距离则较远.狂犬病口服疫苗SRV₉毒株与各疫苗株的糖蛋白不同结构区的氨基酸同源性分析表明,狂犬病口服疫苗SRV₉毒株与SAD B19、SAG-2、ERA口服疫苗株的膜外区、跨膜区和膜内区的同源性最高.狂犬病口服疫苗SRV₉毒株的基因组结构和抗原基因位点特征均与目前生产用口服疫苗株相似,这为今后狂犬病口服疫苗的研制和通过分子生物学技术构建基因重组弱毒疫苗株的研究提供了试验依据.

关键词: 狂犬病病毒; SRV₉毒株; 全基因组; 序列分析

Abstract: The study was aimed to understand the relationship between the gene sequence of SRV₉ strain of oral rabies vaccine and biological characteristics,compare its major antigen site with other domestic and overseas strains of rabies vaccine,and clear the molecular basis as oral vaccine strain.The SRV₉ N,P,M,G and L genes were cloned by RT-PCR,and connected into the pMD19-T vector,respectively,identified by enzyme digestion,sequenced by DNAStar software,and compared its sequences and the main antigen sites with other 11 strains.The results showed that the sequence homologies of SRV₉ N,P,M,G and L genes with others were 81.8% to 100.0%,the whole genome phylogenetic tree showed that,all in the same big branch,they were belonged to genotypeⅠ,the evolutionary distance among SRV₉ and ERA,SAD B19,SAG-2 were near,and were far among SRV₉,aG and RC-HL.The amino acid homology analysis showed that the homology was high among SRV₉ and SAD B19,SAG-2,ERA in extramembrance,transmembrane and intramembrane regions.The results would provide experimental basis for the study of gene recombinant attenuated vaccine strain by molecular biology techniques and development of oral rabies vaccine.

Key words: rabies virus; SRV₉ strain; genome; sequence analysis

中图分类号:

R392

古丽麦拉·卡日, 简子健, 夏婷婷, 苏晓慧, 魏玉圆, 王伟, 吴辉, 毛丽萍, 翟少华. 狂犬病口服疫苗SRV₉毒株基因序列的生物信息学分析[J]. 《中国畜牧兽医》---唯一指定的官方网站, 2015, 42(6): 1355-1361.

Gulmayra kare, JIAN Zi-jian, XIA Ting-ting, SU Xiao-hui, WEI Yu-yuan, WANG Wei, WU Hui, MAO Li-ping, ZHAI Shao-hua. Bioinformatics Analysis of Gene Sequence of Oral Rabies Vaccine SRV₉ Strain[J]. , 2015, 42(6): 1355-1361.

参考文献

[1] 王付民,廖庆祥,谢远崧,等.野生动物口服疫苗的研究概况[J].野生动物,2007,3:54-57.

[2] 王净.狂犬病病毒分子特征与检测技术的研究进展[J].中国畜牧兽医,2013,40(5):199-202.

[3] 陈焰,张敏,魏玉荣.动物用狂犬病新型疫苗研究现状及应用前景[J].吉林畜牧兽医,2007,10:17-19.

[4] 刘娟,王学林,郭恒,等.狂犬病口服疫苗研究进展[J].兽医导刊,2010,6:37-39.

[5] 鞠美芳,殷相平,焦文强,等.狂犬病病毒分子生物学研究进展[J].中国畜牧兽医,2012,39(2):159-163.

[6] 崔颖杰,刘照惠.犬用口服狂犬病疫苗与狂犬病的预防控制[J].中国公共卫生管理,2003,6:520-521.

[7] 扈荣良.狂犬病理论、技术与防治[M].北京:科学出版社,2007.

[8] 国务院办公厅关于印发国家中长期动物疫病防治规划(2012—2020年)的通知[J].中华人民共和国国务院公报,2012,16:5-13.

[9] Baer G M,Broderson J R,Yager P A.Determination of the site of oral rabies vaccination[J].American Journal of Epidemiology,1975,101(2):160-164.

[10] Follmann E H,Ritter D G,Baer G M.Oral rabies vaccination of arctic foxes (Alopex lagopus) with an attenuated vaccine[J].Vaccine,1992,10(5):305-308.

[11] Orciari L A,Niezgoda M,Hanlon C A.Rapid clearance of SAG-2 rabies virus from dogs after oral vaccination[J].Vaccine,2001,19(31):4511-4518.

[12] Knobel D L,Liebenberg A,Du Toit J T.Seroconversion in captive African wild dogs (Lycaon pictus) following administration of a chicken head bait/SAG-2 oral rabies vaccine combination[J].Onderstepoort J Vet Res,2003,70(1):3-7.

[13] 赵忠鹏,夏咸柱,扈荣良,等.表达狂犬病毒糖蛋白抗原的重组犬2型腺病毒的构建及鉴定[J].微生物学报,2007,2:335-339.

[14] 林放涛,于恩庶.狂犬病学[M].福州:福建科学技术出版社,1992.

[15] 郑海发.口服狂犬病疫苗[J].微生物学免疫学进展,1995,3:158-162.

[16] 金宁一,郭志儒,赵怀龙,等.狂犬病毒CTN株糖蛋白重组鸡痘病毒与核酸疫苗的联合免疫[J].免疫学杂志,2004,4:277-280.

[17] 朱家鸿,温冷,沙健,等.中国狂犬病毒疫苗株(5aG)糖蛋白基因在痘苗病毒中的表达及免疫效果观察[J].中华实验和临床病毒学杂志,1995,3:195-197.

[18] 孙程龙.狂犬病病毒SRV9株糖蛋白333位氨基酸变异对免疫原性的影响[D].长春:吉林大学,2012.

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Bioinformatics Analysis of Gene Sequence of Oral Rabies Vaccine SRV₉ Strain

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[1]	余大新, 刘文静, 刘大鹏, 刘同, 张鹤, 盖凯, 李姝楠, 张贝贝, 侯水生, 周正奎. 鸭胸肌矿物元素含量全基因组关联分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1287-1295.
[2]	王乐平, 潘艳, 谭奕舟, 李磊, 韩凯欧, 曹雅洁, 李军, 周雨晴, 廖玉英, 马东鑫, 龚俞, 彭昊, 王晓晔. 1株大肠杆菌噬菌体vB_EcoP_GN07的分离鉴定及全基因组分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1522-1531.
[3]	李翠函, 曲志娜, 高玉斌, 李彦, 王娟, 段笑笑, 王琳, 张喜悦, 赵格, 黄秀梅, 赵建梅, 张青青, 王君玮, 黄保续, 刘俊辉. 三类禽源碳青霉烯类耐药大肠杆菌流行病学调查及全基因组测序分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1653-1662.
[4]	黄巧辰, 廖彬如, 余春燕, 莫玉鹏, 黄炜乾, 李磊, 韩凯欧, 王乐平, 李珣, 王晓晔. 1株大肠杆菌噬菌体EP_H11的分离鉴定及生物学特性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1684-1694.
[5]	张婧旭, 徐玉, 梁海英, 曾智勇, 汤德元, 王彬, 徐松平, 万娟, 祝羊. 伪狂犬病病毒贵州分离株与疫苗株遗传进化和抗原表位分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 1093-1106.
[6]	刘可欣, 王超, 张傲, 刘佳利, 谭斌, 张淑琴. 牛病毒性腹泻病毒LN-1株的分离鉴定及基因组序列分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 1150-1159.
[7]	翟新国, 郑培培, 苏金辉, 李庆阳, 焦贺静, 张若冰, 李朋辉. 猪流行性腹泻病毒HB/HEBEU/2020株全基因组遗传变异与重组分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(8): 3140-3150.
[8]	周雨晴, 马东鑫, 吴洁, 王晓晔. 宽谱大肠杆菌O157∶H7 CVCC4050噬菌体vB_EcoM_GXBP08的分离鉴定及特性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(7): 2735-2745.
[9]	何金明, 孙智禹, 刘玉玲, 徐凯, 牛庆生. 新疆黑蜂基因组选择信号分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(5): 1786-1795.
[10]	谢思豪, 勾红潮, 卞志标, 李斌, 蔡汝健, 臧莹安, 李春玲. MLKL基因敲除对猪伪狂犬病病毒复制的影响[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(5): 1934-1941.
[11]	宋春, 王柏林, 李梅, 文明, 王开功, 陈常秀, 程振涛. 鸡滑液囊支原体贵州株的分离鉴定及VlhA基因序列分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(4): 1516-1523.
[12]	韦云芳, 李飞翔, 星云, 黄庆国, 李居东, 万九生, 陈方良. 昆明犬IGF2基因克隆、生物信息学分析及其时空表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(3): 866-875.
[13]	何献铭, 任广彩, 叶俊贤, 兰虹, 刘郁夫, 熊挺, 杨泽坤, 徐婷, 陈瑞爱. 1株传染性法氏囊病病毒的分离鉴定及VP2基因序列分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(3): 1005-1014.
[14]	蔡杰, 吴佳怡, 潘苑霞, 呼高伟, 张林州. 1株大黄鱼源金黄杆菌的分离鉴定和耐药性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(3): 1135-1143.
[15]	胡晓冰, 林标声, 王振伟, 郑黎静. 1株利用乳酸的猪源丁酸梭菌的分离鉴定及基因组序列分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(2): 569-578.