鸭甲肝病毒GX株全基因组序列测定及VP1蛋白生物信息学分析

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2015.05.001

›› 2015, Vol. 42 ›› Issue (5): 1039-1047.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2015.05.001

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鸭甲肝病毒GX株全基因组序列测定及VP1蛋白生物信息学分析

黄云秀^1,2, 李传峰², 孟春春², 陈宗艳², 李露², 宋凯杰^2,3, 刘光清², 韦天超¹

1. 广西大学动物科学技术学院, 南宁 530005;
2. 中国农业科学院上海兽医研究所, 上海 200241;
3. 西北农林科技大学动物医学院, 杨凌 712100

收稿日期:2014-11-21 出版日期:2015-05-20 发布日期:2015-06-02
通讯作者: 刘光清, 韦天超 E-mail:liugq@shvri.ac.cn;tcwei88@126.com
作者简介:黄云秀(1989-),女,山东安丘人,硕士生,研究方向:禽病防治与病原分子生物学,E-mail:huangyunxiu1989@163.com
基金资助:
国家自然科学基金项目(31270194、31101848、31300141);"863"计划(2011AA10A200);广西大学科研基金资助项目(XB2100113)

Determination of the Complete Genome of DHAV GX Strain and Bioinformatics Analysis of VP1 Protein

HUANG Yun-xiu^1,2, LI Chuan-feng², MENG Chun-chun², CHEN Zong-yan², LI Lu², SONG Kai-jie^2,3, LIU Guang-qing², WEI Tian-chao¹

1. College of Animal Science and Technology, Guangxi University, Nanning 530005, China;
2. Shanghai Veterinary Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Shanghai 200241, China;
3. College of Veterinary Medicine, Northwest A&F University, Yangling 712100, China

Received:2014-11-21 Online:2015-05-20 Published:2015-06-02

摘要/Abstract

摘要： 为探讨鸭甲肝病毒(DHAV)GX株基因分型特点及主要衣壳蛋白(VP1)的生物学特性,本试验对其进行全基因组序列测定,并应用分子生物学软件将DHAV GX株与DHAV 3个血清型参考毒株进行序列比对分析。结果显示,其基因组全长7 800 bp,由5'和3'非编码区(UTR)和一个大开放阅读框(ORF)组成。其中,5'UTR和3'UTR的长度分别为652和369 bp;ORF长度为6 756 bp,编码2 251个氨基酸长的多聚蛋白,其编码产物至少有12个(VP0/VP3/VP1/2A1/2A2/2A3/2B/2C/3A/3B/3C/3D);在分类地位上DHAV GX株属于DHAV-3,其与DHAV-3参考株核苷酸、氨基酸同源性最高;与DHAV-3 FS株亲缘关系最近,在同一较小分支上。DHAV GX株结构蛋白VP1以第195—201、211—221位氨基酸区段为B细胞优势表位的可能性较大。提示,VP1基因可作为研制DHAV基因工程疫苗的优势候选基因。

关键词: 鸭甲肝病毒; 全基因组; 序列分析; VP1蛋白; B细胞抗原表位

Abstract: In order to investigate the genotypic characteristics and biological characteristics of major capsid protein (VP1) of duck hepatitis A virus (DHAV) GX strain, the whole genome of GX strain was sequenced and compared with 3 serotypes reference strains of DHAV by the molecular biology software.The results showed that the full-length genome of DHAV GX strain was 7 800 bp, including 5'UTR (652 bp), 3'UTR (369 bp) and ORF (6 756 bp) encoding 2 251 aa and its coding products were 12 (VP0/VP3/VP1/2A1/2A2/2A3/2B/2C/3A/3B/3C/3D) at least.Sequence analysis showed that DHAV GX strain could be ranked DHAV 3 style.This strain shared the highest homology with DHAV-3 reference strains; Furthermore, GX strain and DHAV-3 FS strain were in the same cluster, might come from the same ancestor.Amino acid segments locating in 195 to 201 and 211 to 221 aa could be larvaceous dominant B-cell linear epitopes.It suggested that VP1 gene could be used as a candidate gene for the development of genetic engineering vaccine of DHAV.

Key words: duck hepatitis A virus; complete genome; sequence analysis; VP1 protein; B cell epitope

中图分类号:

S852.65⁺9.6

黄云秀, 李传峰, 孟春春, 陈宗艳, 李露, 宋凯杰, 刘光清, 韦天超. 鸭甲肝病毒GX株全基因组序列测定及VP1蛋白生物信息学分析[J]. , 2015, 42(5): 1039-1047.

HUANG Yun-xiu, LI Chuan-feng, MENG Chun-chun, CHEN Zong-yan, LI Lu, SONG Kai-jie, LIU Guang-qing, WEI Tian-chao. Determination of the Complete Genome of DHAV GX Strain and Bioinformatics Analysis of VP1 Protein[J]. , 2015, 42(5): 1039-1047.

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