吴运谱1,2,赵晓彤1,2,薛树山1,2,石霖1,2,何利昆1,2,张晓华3,曹明慧4,顾贵波1,2,谷志大1,2,魏澍1,2,曹东1,2
(1.辽宁省动物疫病预防控制中心,辽宁沈阳 110164;2.辽宁省动物医学研究院,辽宁沈阳 110164;3.辽宁省畜牧兽医局,辽宁沈阳 110001;4.中国兽医药品监察所,北京 100081)
WU Yun-pu1,2, ZHAO Xiao-tong1,2, XUE Shu-shan1,2, SHI Lin1,2, HE Li-kun1,2, ZHANG Xiao-hua3, CAO Ming-hui4, GU Gui-bo1,2, GU Zhi-da1,2, WEI Shu1,2, CAO Dong1,2
(1.Liaoning Center for Animal Disease Control and Prevention, Shenyang 110164, China;2.Liaoning Veterinary Medicine Academy, Shenyang 110164, China;3. Liaoning Province Bureau of Animal Health and Production, Shenyang 110001, China;4.China Institute of Veterinary Drug Control, Beijing 100081, China)
摘要: 为了研究Ⅶ型新城疫病毒(Newcastle disease virus,NDV)CY1株的进化情况,分析其遗传变异和基因功能,试验应用RT-PCR扩增NDV辽宁分离株CY1株的融合蛋白(fusion,F)基因,进行测序分析,构建系统进化树,并用生物信息软件对蛋白结构功能进行分析。结果显示,NDV F基因全长1662 bp,编码553个氨基酸。生物信息学分析结果表明,F蛋白的分子质量为58991.0 u,理论等电点为8.48,半衰期为30 h(哺乳动物类网状细胞),不稳定系数31.62,脂肪指数为108.12,总平均疏水性0.174,最大疏水性为3.078,最小疏水性为-2.578,信号肽序列为第1-31位氨基酸残基,跨膜区结构分析结果表明该蛋白为跨膜蛋白,预测可能含有6个N-糖基化作用位点、9个酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化位点、7个蛋白激酶C磷酸化位点、14个N-豆蔻酰化位点、1个酰胺化位点、1个亮氨酸拉链、1个微体C端靶信号位点、1个双向核定位信号。系统进化分析结果表明,NDV CY1株与zj1株进化距离最近。