高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒JL株 Nsp10基因生物信息学分析

›› 2012, Vol. 39 ›› Issue (1): 6-10.

高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒JL株 Nsp10基因生物信息学分析

周思旋¹, 徐健², 周碧君³, 王开功³

1. 贵州省畜牧兽医研究所,贵州贵阳 550005;2. 贵州省贵阳市农业委员会,贵州贵阳 550081;3. 贵州大学动物科学学院,贵州贵阳 550025

收稿日期:2011-06-23 修回日期:1900-01-01 出版日期:2012-01-20 发布日期:2012-01-20
通讯作者: 徐健

Bioinformatics Prediction of the Nsp10 Gene of Highly Pathogenic PRRSV JL Strain

ZHOU Si-xuan¹, XU Jian², ZHOU Bi-jun³, WANG Kai-gong³

1. Guizhou Institute of Animal and Veterinary Science,Guiyang 550005,China;2. Guiyang Agricultural Committee,Guiyang 550081,China;3. College of Animal Science,Guizhou University,Guiyang 550025,China

Received:2011-06-23 Revised:1900-01-01 Online:2012-01-20 Published:2012-01-20

摘要/Abstract

摘要： 本研究旨在对高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒(porcine reproductive and respiratory syndrome virus,PRRSV)贵州JL株Nsp10基因(GenBank登录号:EU886322)进行生物信息学分析,了解其生物学特征,为下一步Nsp10的表达和ELISA检测方法的建立奠定基础。应用BioEdit、DNAStar、PsortⅡ、SignalP、TMHMM、ProtFun、Clustal_1.81、Mega等软件对Nsp10蛋白的理化参数、信号肽、跨膜区域、亲水性、表面可及性、抗原性、二级结构、亚细胞定位及与其他PRRSV毒株相应片段同源性等进行分析和预测。该蛋白理论分子质量为26.38 ku,pI为8.93,为稳定蛋白,不含信号肽,无跨膜结构,具有良好的形成抗原表位的条件。亚细胞定位结果表明,该蛋白极有可能位于细胞质,其编码氨基酸序列与参考毒株同源性为97.4%~100%。该蛋白保守性较高,是可溶性蛋白,有良好的抗原性,具备作为靶蛋白建立免疫方法的条件。

关键词: 高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒JL株; Nsp10基因; 生物信息学分析

Abstract: The biocharacteristics of Nsp10 of HP-PRRSV were analyzed which in basis to express it and establish the ELISA method. BioEdit,DNAStar,PsortⅡ,SignalP,TMHMM,ProtFun,Clustal_1.81,Mega software packages were used to predict the physical and chemical properties,hydrophilicity,signal peptide,transmembrane,surface probability plot,antigenic index,secondary structure,subcellular localization and homology within the amino acid sequences of Nsp10. The predicted molecular weight was 26.38 ku and pI was 8.93. It was a stable protein and had no signal peptide and transmembrane. The study showed that Nsp10 possessed potential antigenicity and it mainly exerted the biological effects in the cytoplasm. The results showed that Nsp10 protein had highly homology with other PRRSV strain which selected. Nsp10 protein was a soluble protein with good conservatism and antigenicity. It can be a target protein used as coating antigen for ELISA detection.

Key words: highly pathogenic PRRSV JL strain; Nsp10 gene; bioinformatics prediction

中图分类号:

周思旋;徐健;周碧君;王开功. 高致病性猪繁殖与呼吸综合征病毒JL株 Nsp10基因生物信息学分析[J]. , 2012, 39(1): 6-10.

ZHOU Si-xuan;XU Jian;ZHOU Bi-jun;WANG Kai-gong. Bioinformatics Prediction of the Nsp10 Gene of Highly Pathogenic PRRSV JL Strain[J]. China Animal Husbandry & Veterinary Medicine, 2012, 39(1): 6-10.

[1]	赵文卿, 薄新文, 普娜, 张玉霞, 陈旭珂, 张艳艳, 孙艳, 齐萌, 王正荣. 细粒棘球绦虫EgBAL蛋白的生物信息学分析及原核表达[J]. 中国畜牧兽医, 2025, 52(2): 801-810.
[2]	闫尊强, 梁毓豪, 宋科林, 滚双宝, 王鹏飞. 合作猪SIRT3基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2024, 51(4): 1390-1399.
[3]	袁冬冬, 宋国华, 陈孟娟, 王智通, 柏中峰, 蔡含芳, 李明, 许会芬. 新西兰白兔CTSB、CTSS基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(9): 3499-3509.
[4]	刘佳隆, 张译文, 张悦然, 孙奇娟, 陈建, 何雷, 贾艳艳, 丁轲, 余祖华. 鸡ELAVL1基因克隆、原核表达及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1807-1817.
[5]	卓娜, 朱忠武, 李静, 胡世享, 王建昌, 林华, 陈朝林, 韩佃刚, 艾军, 陈培富. 猪源戊型肝炎病毒ORF2蛋白生物信息学分析及真核表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1959-1970.
[6]	范冰峰, 李文, 刘理想, 赵向远, 邵静, 林乐丰, 孙慧敏, 张旭林, 许保增. 水貂AANAT基因克隆及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1307-1318.
[7]	贾新月, 马静, 张艳艳, 马勋, 王正荣, 薄新文. 细粒棘球绦虫EGR-07243和EGR-07244基因生物信息学分析及原核表达[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 847-858.
[8]	韦义荣, 郑自华, 张叁保, 宋颖, 蒋海玉, 孙雯玥, 程鹏飞, 刘雨帆, 邹剑伟, 黄艳娜, 潘艳, 蒋钦杨. 努比亚山羊UCP1基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(2): 440-450.
[9]	甘露, 郑会珍, 诺明达来, 刘燕, 金敏, 何文文, 温丽翠, 李永畅, 巴音查汗·盖力克. 伊氏锥虫伊犁株扩繁及其PFR基因克隆表达和生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(2): 469-478.
[10]	张昕沛, 吴家乐, 吴飞, 狄生伟. hsa-miR-21-5p靶基因预测及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(11): 4349-4358.
[11]	唐井玉, 杜汉宇, 孟春春, 刘光清. 山羊干扰素刺激基因15克隆、生物信息学分析及亚细胞定位[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(8): 2843-2854.
[12]	付永智, 马晓君, 王茂晗, 李哲, 陈芝媛, 权伟, 赵涵, 苏咏梅, 吴建华, 朱文进. 阳原驴MSTN基因生物信息学分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(8): 2910-2919.
[13]	邹剑伟, 邹菊红, 申玉建, 韦一, 张叁保, 连子童, 徐建建, 宋颖, 黄艳娜, 韦英明, 蒋钦杨, 郑自华. 努比亚山羊LMCD1基因生物信息学分析、真核表达载体的构建及表达[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(6): 2033-2042.
[14]	张丽萌, 刘爱菊, 李闰婷, 李玉华, 李林, 聂晓宁, 王林青, 陈龙欣. 绵羊CREBRF基因克隆、生物信息学及组织表达分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(5): 1599-1609.
[15]	王宝宝, 金行, 鲜钰涵, 冯宏盛, 高凤山. 猪肾上皮细胞SLA-1基因的克隆及分子结构特征分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(5): 1671-1678.