牦牛病毒性腹泻病毒全基因测序及生物信息学分析

›› 2013, Vol. 40 ›› Issue (3): 33-37.

牦牛病毒性腹泻病毒全基因测序及生物信息学分析

王研, 刘亚刚, 王荣, 孙凯

西南民族大学生命科学与技术学院,四川成都 610041

收稿日期:2012-08-16 出版日期:2013-03-20 发布日期:2013-03-19
通讯作者: 刘亚刚(1959-),男,四川人,博士,教授,研究方向:兽医免疫学。E-mail:LYG_068@163.com E-mail:LYG_068@163.com
作者简介:王研(1985-),女,河南人,硕士生,研究方向:兽医免疫学。
基金资助:
四川省科技厅攻关项目(04JY029-006-04);国家民委项目(07XN03)。

Genome Sequencing and Bioinformatics Analysis of Bovine Viral Diarrhea Virus Strain Yak 

WANG Yan, LIU Ya-gang, WANG Rong, SUN Kai

School of Life Science and Technology, Southwest University for Nationalities, Chengdu 610041, China

Received:2012-08-16 Online:2013-03-20 Published:2013-03-19

摘要/Abstract

摘要： 从牦牛(Yak)体内分离出牛病毒性腹泻/黏膜病病毒(BVDV/MDV),参考GenBank中已收录的BVDV-Ⅰ型的全基因组序列,设计了19对引物,通过RT-PCR方法,对牛病毒性腹泻病毒牦牛株进行克隆及测序,得到其全基因组序列(GenBank登录号:JQ799141),序列全长12214 nt,其中5'-UTR长288 nt,3'-UTR长232 nt。将牦牛株BVDV全基因序列与GenBank中登录的其他8株BVDV病毒全基因序列进行同源性比对及系统进化分析,结果表明,牦牛株BVDV与BVDV-Ⅰ型毒株出于同一分支,但与其他8株BVDV毒株全基因序列同源性均不高,有可能属于新的独立基因型或基因亚型,仍需进一步研究证实。

关键词: 牦牛病毒性腹泻病毒; 全基因序列分析; 生物信息学分析

Abstract: In this study, the bovine viral diarrhea virus (BVDV) strain Yak was used as material to sequence the complete genome.Nineteen pairs of primers were designed according to the complete genome sequence of BVDV-Ⅰ virus, the whole genome of BVDV strain Yak was cloned and sequenced. Sequence analysis showed that the genome was 12214 nucleotides (nt) in length, which contained a 288 nt 5'-untranslated region (UTR) and a 232 nt 3'-UTR. The complete genomic sequence of BVDV strain Yak had already submitted into GenBank (GenBank accession NO: JQ799141). Homologous analysis showed that homology of the whole genome sequence was low between BVDV strain Yak whole genome sequence and other 8 strains of BVDV whole genome sequences. Evolutionary tree results showed that the genetic evolution relationship was farther between BVDV strain Yak and other 8 strains of BVDV.

Key words: bovine viral diarrhea virus of yak; whole genome sequence analysis; bioinformatics analysis

中图分类号:

王研, 刘亚刚, 王荣, 孙凯. 牦牛病毒性腹泻病毒全基因测序及生物信息学分析[J]. , 2013, 40(3): 33-37.

WANG Yan, LIU Ya-gang, WANG Rong, SUN Kai. Genome Sequencing and Bioinformatics Analysis of Bovine Viral Diarrhea Virus Strain Yak [J]. , 2013, 40(3): 33-37.

参考文献

1 于吉峰.牦牛病毒性腹泻病毒5'-UTR、E0基因的克隆与序列分析及E0基因的原核表达与抗原性检测.成都:西南民族大学,2009.
2 王丹娜,吴明福,王君伟.牛病毒性腹泻疫苗的研究进展[J].畜牧与兽医,2006,38(7):51～53.
3 王文伯,刘亚刚,胡炳峰,等.牦牛病毒性腹泻病毒E1基因的克隆及生物信息学分析[J].中国畜牧兽医,2010,37(3):94～98.
4 王新平,刘红,宣华,等.绵羊感染牛病毒性腹泻病毒的调查研究[J].兽医大学学报,1993,13(3):219～221.
5 王新平,宣华,朱维正,等.鹿感染牛病毒性腹泻-黏膜病病毒的调查[J].中国畜禽传染病,1995,83(4):45～46.
6 西南民族学院"拉稀病"课题组.牦牛病毒性腹泻/黏膜病的研究[J].西南民族学院学报(畜牧兽医版),1984,40:1～7.
7 殷震,刘景华.动物病毒学[M].北京:科学出版社,1985.
8 Collett M S,Larson R,Belzer S K,et al.Proteins encoded by bovine viral diarrhea virus:The genomic organization of a pestivirus[J].Virology,1988,165(1):200～208.
9 Collett M,Larson R,Gold C,et al.Molecular cloning and nucleotide sequence of the pestivirus bovine viral diarrhea virus [J].Virus Res,2004,99(2):191～199.
10 Heuer C,Healy A,Zerbinbi C.Economic effects of exposure to bovine viral diarrhea virus on dairy herds in New Zealand[J].J Dairy Sci,2007,90:5418～5438.
11 Kalaycioglu A T.Bovine viral diarrhea virus(BVDV) diversity and vaccination.A review[J].Vet Q,2007,29(2):60～67.
12 Lindberg A,Brownlie J,Gunn G J,et al.The control of bovine viral diarrhea virus in Europe:Today and in the future[J].Rev Sci Tech,2006,25(3):961～979.
13 Massimo G,Ry H,Laura W,et al.Genoepidemiological evaluation of bovine viral diarrhea virus 2 species based on secondary structures in the 5'untranslated region[J].J Vet Med Sci,2008,70(6):571～580.
14 Moenning V,Frey H R,Lieber E,et al.Reproduction of mucosal disease with cytopathogenic bovine viral diarrhea virus selected in vitro[J].Vet Rec,1990,127:200～203.
15 Wengler G,Bradley D W,Collett M S,et al.Flaviviridea[M].Murphy F A,Fauquent C W,Bishiop D H L,et al.Virus taxonomy:Sixth report of the international committee on taxonomy of viruses.New York:Springer Verlag,1995.
16 Wensvoort G,Terpstra C.Bovine viral diarrhea virus infections in piglets born to sows vaccinated against swine fever with a contaminated vaccines [J].Res Vet Sci,1988,45:143～148.

[1]	刘佳隆, 张译文, 张悦然, 孙奇娟, 陈建, 何雷, 贾艳艳, 丁轲, 余祖华. 鸡ELAVL1基因克隆、原核表达及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1807-1817.
[2]	卓娜, 朱忠武, 李静, 胡世享, 王建昌, 林华, 陈朝林, 韩佃刚, 艾军, 陈培富. 猪源戊型肝炎病毒ORF2蛋白生物信息学分析及真核表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(5): 1959-1970.
[3]	范冰峰, 李文, 刘理想, 赵向远, 邵静, 林乐丰, 孙慧敏, 张旭林, 许保增. 水貂AANAT基因克隆及生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(4): 1307-1318.
[4]	贾新月, 马静, 张艳艳, 马勋, 王正荣, 薄新文. 细粒棘球绦虫EGR-07243和EGR-07244基因生物信息学分析及原核表达[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(3): 847-858.
[5]	韦义荣, 郑自华, 张叁保, 宋颖, 蒋海玉, 孙雯玥, 程鹏飞, 刘雨帆, 邹剑伟, 黄艳娜, 潘艳, 蒋钦杨. 努比亚山羊UCP1基因克隆、生物信息学分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(2): 440-450.
[6]	甘露, 郑会珍, 诺明达来, 刘燕, 金敏, 何文文, 温丽翠, 李永畅, 巴音查汗·盖力克. 伊氏锥虫伊犁株扩繁及其PFR基因克隆表达和生物信息学分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(2): 469-478.
[7]	唐井玉, 杜汉宇, 孟春春, 刘光清. 山羊干扰素刺激基因15克隆、生物信息学分析及亚细胞定位[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(8): 2843-2854.
[8]	付永智, 马晓君, 王茂晗, 李哲, 陈芝媛, 权伟, 赵涵, 苏咏梅, 吴建华, 朱文进. 阳原驴MSTN基因生物信息学分析及组织表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(8): 2910-2919.
[9]	邹剑伟, 邹菊红, 申玉建, 韦一, 张叁保, 连子童, 徐建建, 宋颖, 黄艳娜, 韦英明, 蒋钦杨, 郑自华. 努比亚山羊LMCD1基因生物信息学分析、真核表达载体的构建及表达[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(6): 2033-2042.
[10]	张丽萌, 刘爱菊, 李闰婷, 李玉华, 李林, 聂晓宁, 王林青, 陈龙欣. 绵羊CREBRF基因克隆、生物信息学及组织表达分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(5): 1599-1609.
[11]	王宝宝, 金行, 鲜钰涵, 冯宏盛, 高凤山. 猪肾上皮细胞SLA-1基因的克隆及分子结构特征分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(5): 1671-1678.
[12]	雷行, 李天峰, 李嘉昊, 满欣, 白素英. 麝鼠香腺Elovl1基因生物信息学分析及表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(4): 1201-1212.
[13]	申祥, 陈伶慧, 姚竞杰, 王三虎, 白跃宇, 张晓建. 牛源CCR7基因克隆、生物信息学及表达分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(4): 1244-1252.
[14]	张明亮, 耿亚春, 连凯琪, 马磊, 常莹, 王双山, 张福良. 猪流行性腹泻病毒截短M基因克隆、生物信息学分析及其截短片段表达[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(4): 1479-1487.
[15]	石雨竹, 罗儒唐, 陈超, 吴旭, 李昂. 番鸭GDF9基因克隆、生物信息学及组织表达分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(3): 817-829.