一株诺如病毒的3’RACE扩增及基因序列分析

›› 2008, Vol. 1 ›› Issue (8): 36-40.

一株诺如病毒的3’RACE扩增及基因序列分析

李雅静1,2，林祥梅2，吴绍强2，刘建2，梅琳2

1.河北师范大学生命科学学院，石家庄 050016； 2.中国检验检疫科学研究院动植物检疫研究所，北京 100029

收稿日期:1900-01-01 修回日期:1900-01-01 出版日期:2008-08-20 发布日期:2008-08-20

3’RACE Amplification and Sequence Analysis of a Strain of Norovirus

LI Ya-ing1,2, LIN Xiang-mei2, WU Shao-qiang2, LIU Jian2,MEI Lin2

1.College of Life Science, Hebei Normal University, Shijiazhuang 050016,China; 2.Institute of Animal and Plant Quarantine, Chinese Academy of Inspection and Quarantine, Beijing 100029,China

Received:1900-01-01 Revised:1900-01-01 Online:2008-08-20 Published:2008-08-20

摘要/Abstract

摘要： 诺如病毒是严重危害人类健康的重要食源性病原。作者应用3’RACE(rapid amplification of cDNA 3’ends）技术对一株诺如病毒分离株的基因组3’末端进行扩增，并对其核苷酸序列进行比较分析，从而可为该病的分子生物学检测提供阳性物质，并从分子水平上推测该病的来源。经过提取病毒总RNA、以3’RACE锚定引物进行反转录、用特异引物进行3’RACE，琼脂糖凝胶电泳检测结果表明成功扩增了诺如病毒基因组约3282 bp的基因片段，测序及序列BLAST分析证实该分离株属GⅡ4型，与日本分离株同源。3’RACE扩增序列为诺如病毒的实验室检测及深入研究奠定了基础。

关键词: 诺如病毒; 3’RACE; 序列分析; 起源

Abstract: Norovirus is an important zoonotic pathogen threatening human health. To serve as positive control for the molecular biological examination of norovirus infection and facilitate deducing the origin of this isolate, the total RNA of a feces sample was extracted and used as template for reverse transcription. The first strand cDNA was amplified by 3’RACE (rapid amplification of cDNA 3’ends) using gene specific primer JV12 as forward inner primer and 3’RACE backward inner primer. The amplicon was 3282 bp in length judged from agarose electrophoresis. The amplicon was ligated to the Promega Teasy vector and sequence determined. The determined nucleotide sequence was then analyzed by blast online. Sequence analysis indicated that 〖JP2〗the isolated virus strain belonged to Norovirus GⅡ4 cluster and has the same origin with the isolate in Japan. 3’RACE 〖JP〗amplification established a basis for experimental detection and further research of Norovirus.

Key words: norovirus; 3’RACE; sequence analysis; origin

中图分类号:

Q785

李雅静;林祥梅;吴绍强;刘建;梅琳. 一株诺如病毒的3’RACE扩增及基因序列分析[J]. , 2008, 1(8): 36-40.

LI Ya-ing;LIN Xiang-mei;WU Shao-qiang;LIU Jian;MEI Lin. 3’RACE Amplification and Sequence Analysis of a Strain of Norovirus[J]. , 2008, 1(8): 36-40.

[1]	施海娜, 王永杰, 梁万鹏, 耿智广, 李世恩, 徐振飞, 刘刚, 刘哲. 庆阳驴mtDNA D-loop区遗传多样性及起源分析[J]. 中国畜牧兽医, 2024, 51(2): 601-613.
[2]	窦俊峰, 汪最, 李丽, 卢琴, 金鑫鑫, 凌小淳, 罗青平, 翟新国. A、B、J亚群禽白血病病毒混合感染的鉴定及gp85基因序列分析[J]. 中国畜牧兽医, 2024, 51(1): 302-311.
[3]	康丹菊, 彭秋云, 周嘉欣, 陈进军, 林红英, 周光现. 黄麻羽肉鸡β-防御素基因AvBD1和AvBD2克隆、生物信息学分析及组织表达[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(11): 4325-4337.
[4]	邢天琦, 许迪, 颜港, 王钰滨, 王梦影, 梁晶, 兰干球. 巴马小型猪ABCD4基因序列分析、真核表达载体构建及组织表达分析[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(11): 4338-4348.
[5]	李楠, 孟锦昕, 王建聂, 何于雯, 杨绍昌, 吕顺燕, 王静林. 牛结节性皮肤病病毒检测及蠓、蚊携带病毒调查[J]. 中国畜牧兽医, 2023, 50(10): 4179-4187.
[6]	宋春, 王柏林, 李梅, 文明, 王开功, 陈常秀, 程振涛. 鸡滑液囊支原体贵州株的分离鉴定及VlhA基因序列分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(4): 1516-1523.
[7]	韦云芳, 李飞翔, 星云, 黄庆国, 李居东, 万九生, 陈方良. 昆明犬IGF2基因克隆、生物信息学分析及其时空表达研究[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(3): 866-875.
[8]	何献铭, 任广彩, 叶俊贤, 兰虹, 刘郁夫, 熊挺, 杨泽坤, 徐婷, 陈瑞爱. 1株传染性法氏囊病病毒的分离鉴定及VP2基因序列分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(3): 1005-1014.
[9]	蔡杰, 吴佳怡, 潘苑霞, 呼高伟, 张林州. 1株大黄鱼源金黄杆菌的分离鉴定和耐药性分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(3): 1135-1143.
[10]	胡晓冰, 林标声, 王振伟, 郑黎静. 1株利用乳酸的猪源丁酸梭菌的分离鉴定及基因组序列分析[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(2): 569-578.
[11]	寇美玲, 苗海生, 李乐, 谢佳芮, 李华春, 宋建领. 云南边境地区帕利亚姆血清群中山病病毒的分离与鉴定[J]. 中国畜牧兽医, 2022, 49(11): 4401-4409.
[12]	汪志艳, 孙玉洁, 徐鑫, 黄柏成, 田克恭. 猪δ冠状病毒HeN10株的分离鉴定及致病性研究[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(8): 2982-2989.
[13]	房瑞新, 田雪琪, 邹晨, 董依萌, 李洋, 邢秀梅, 刘欣. 利用Y染色体SRY基因分析马鹿的父系起源和遗传多样性[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(7): 2457-2466.
[14]	刘健, 白艺兰, 鞠厚斌, 潘子豪, 俞向前, 杨显超, 朱晓英, 葛菲菲, 葛杰, 于讳茹, 陶田谷晟, 王建, 赵洪进. 犬瘟热病毒SH202003株全基因组序列分析[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(7): 2559-2568.
[15]	李广祯, 马志杰, 陈生梅, 尕布藏, 李瑞哲. 基于mtDNA D-loop序列探究门源白牦牛与天祝白牦牛间的遗传差异[J]. 中国畜牧兽医, 2021, 48(5): 1647-1654.