绵羊痘病毒固原株L2R基因的克隆与生物信息学分析

doi:10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.01.028

《中国畜牧兽医》 ›› 2017, Vol. 44 ›› Issue (1): 201-207.doi: 10.16431/j.cnki.1671-7236.2017.01.028

绵羊痘病毒固原株L2R基因的克隆与生物信息学分析

李杨¹, 颜新敏¹, 吴国华¹, 李健¹, 叶奕优², 赵志荀¹, 朱海霞¹, 张强¹

1. 中国农业科学院兰州兽医研究所, 家畜疫病病原生物学国家重点实验室, 兰州 730046;
2. 深圳出入境检验检疫局, 动植物检验检疫技术中心, 深圳 518045

收稿日期:2016-06-06 出版日期:2017-01-20 发布日期:2017-01-19
通讯作者: 颜新敏, 张强 E-mail:yanxinmin83@hotmail.com;qzhang1616@sohu.com
作者简介:李杨(1990-),男,辽宁锦州人,硕士生,研究方向:分子免疫与环境控制,E-mail:843290952@qq.com
基金资助:
国家重点研发计划课题（2016YFD0500907）；甘肃省国际科技合作专项（1604WKCA012）；甘肃省国际科技合作专项（1504WKCA055）

Cloning and Bioinformatics Analysis of L2R Gene of Sheeppox Virus GY Strain

LI Yang¹, YAN Xin-min¹, WU Guo-hua¹, LI Jian¹, YE Yi-you², ZHAO Zhi-xun¹, ZHU Hai-xia¹, ZHANG Qiang¹

1. State Key Laboratory of Veterinary Etiological Biology, Lanzhou Veterinary Research Institute, Chinese Academy of Agricultural Sciences, Lanzhou 730046, China;
2. Animal and Plant Inspection and Quarantine Technology Center, Shenzhen Entry-exit Inspection and Quarantine Bureau, Shenzhen 518045, China

Received:2016-06-06 Online:2017-01-20 Published:2017-01-19

摘要/Abstract

摘要：

为分析绵羊痘病毒L2R蛋白的分子特征，本试验提取了绵羊痘病毒固原株（GY）的基因组DNA，设计L2R基因引物，对L2R基因进行扩增，将扩增的基因连接到pGEM-T Easy载体后转化到大肠杆菌Trans 5α感受态细胞，筛选阳性克隆，进行序列测序。利用生物信息学软件对L2R基因序列进行预测分析。结果显示，L2R基因序列含有一个由279个核苷酸组成的开放阅读框，编码92个氨基酸残基组成的多肽，蛋白质分子质量理论值为10.92 ku，理论等电点为6.56。该蛋白质二级结构组成分别是α-螺旋占69.57%，β-折叠占9.78%，无规则卷曲占8.70%，延伸链占11.96%。多序列比对分析结果显示，不同羊痘病毒分离株L2R序列高度保守。进化树分析结果显示，GY株与NK、TU及SA株在一个分支，表明它们之间亲缘关系较近。本试验结果为进一步研究L2R蛋白的生物学功能和羊痘病毒早期蛋白的分子相互作用奠定了基础。

关键词: 羊痘病毒; L2R基因; 基因克隆; 生物信息学

Abstract:

To explore the molecular characteristics of protein L2R from sheeppox virus(SPPV), genomic DNA was extracted from SPPV GY strain. The specific primers were designed and used to amplify the L2R gene from the genomic DNA by PCR. Then the PCR product was ligated into pGEM-T Easy vector. After transformation into E. coli Trans 5α, the positive clones were sequenced and the sequences were analyzed by the bioinformatic softwares. The result showed that L2R gene sequence contained an open reading frame (ORF) of 279 nucleotides and deduced protein consisted of 92 amino acids with the theoretical molecular weight of 10.92 ku and isoelectric point was 6.56. Analysis of secondary structure of protein L2R revealed that α-helix, β-strand, random coil and extended strand were 69.57%,9.78%,8.70% and 11.96%,respectively. Analysis of multiple sequence alignment showed that L2R gene from different capripox virus isolates were highly conserved, phylogenetic analysis showed that GY and NK, TU and SA was in a branch, indicating with a close genetic relationship among them. The present results laid a foundation for further studies of biological functions of protein L2R and interaction among the early proteins of capripox virus.

Key words: capripox virus; L2R gene; gene cloning; bioinformatics

中图分类号:

S852.65⁺4

李杨, 颜新敏, 吴国华, 李健, 叶奕优, 赵志荀, 朱海霞, 张强. 绵羊痘病毒固原株L2R基因的克隆与生物信息学分析[J]. 《中国畜牧兽医》, 2017, 44(1): 201-207.

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Cloning and Bioinformatics Analysis of L2R Gene of Sheeppox Virus GY Strain

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